Dissertation/ Thesis
Towards a permanent observatory for quality of software in Life Sciences
| Τίτλος: | Towards a permanent observatory for quality of software in Life Sciences |
|---|---|
| Συγγραφείς: | Martín del Pico, Eva |
| Συνεισφορές: | University/Department: Universitat de Barcelona. Departament de Bioquímica i Biomedicina Molecular |
| Thesis Advisors: | Capella Gutiérrez, Salvador Jesús, 1985-, Gelpi Buchaca, Josep Lluís |
| Πηγή: | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Στοιχεία εκδότη: | Universitat de Barcelona, 2025. |
| Έτος έκδοσης: | 2025 |
| Φυσική περιγραφή: | 222 p. |
| Θεματικοί όροι: | Bioinformàtica, Bioinformática, Bioinformatics, Programari, Software, Computer software, Ciències de la vida, Ciencias de la vida, Life sciences, Dades massives, Datos masivos, Big data, Ciències Experimentals i Matemàtiques |
| Περιγραφή: | Programa de Doctorat en Biomedicina |
| Description (Translated): | [eng] Over the past decade, the life sciences have undergone a dramatic transformation driven by advances in computational tools and the integration of large-scale data analytics. This shift towards Big Science has redefined not only the nature of scientific inquiry but also the infrastructure required to support rigorous research practices. As experimental complexity increases and software becomes an indispensable component of research activities, ensuring the quality, reproducibility, and reusability of computational tools is essential for maintaining scientific integrity and enabling effective peer review. However, the rapid pace of these changes has outpaced traditional quality control mechanisms, creating a growing need for robust frameworks to monitor and assess the software used in such research activities. This thesis addresses these needs by developing a research software observatory—a platform designed to systematically evaluate software quality, promote good practices, and support the evolving needs of large-scale collaborative research. [cat] En l’última dècada, les ciències de la vida han experimentat una transformació profunda i significativa, fruit de l’impacte dels avenços tecnològics en l’àmbit computacional i l’aplicació creixent d’anàlisi de dades a gran escala, també coneguda com a Big Data. Aquesta revolució tecnològica i metodològica ha canviat no només la manera en què s’aborden les qüestions científiques, sinó també la infraestructura i els processos que fan possible una recerca rigorosa i fiable. En particular, la complexitat dels experiments i la dependència creixent de programari especialitzat en les fases de processament, anàlisi i modelatge de dades han esdevingut una característica central del panorama cien-tífic actual. Aquest canvi ha generat una necessitat imperiosa de garantir la qualitat, la reproductibilitat i la reutilització de les eines computacionals emprades en la recerca científica. La qualitat del programari és essencial per assegurar que els resultats obtinguts siguin fiables i replicables, permetent que altres investigadors puguin reproduir els experiments i validar les conclusions obtingudes. No obstant això, els mecanismes tradicionals de control i avaluació de la qualitat del programari sovint no han evolucionat al mateix ritme que les necessitats derivades d’aquesta nova era de la recerca, deixant un buit important en la supervisió i la certificació d’aquestes eines. A més, la transició cap a un model de Big Science —on la recerca es caracteritza per grans col·laboracions interdisciplinàries, l’ús intensiu de dades massives i infraestructures compartides— exigeix noves estratègies per garantir la transparència, l’eficiència i la responsabilitat en la gestió del programari científic. En aquest context, les bones pràctiques en el desenvolupament, documentació i manteniment del programari adquireixen un paper cabdal per evitar errors, garantir la seguretat i facilitar la reutilització dels recursos. La tesi que aquí es presenta aborda aquestes problemàtiques desenvolupant un observatori de programari, una plataforma integral i sistemàtica dissenyada per monitoritzar i avaluar la qualitat del programari utilitzat en la recerca en ciències de la vida. Aquesta plataforma permet no només identificar indicadors objectius de qual-itat sinó també promoure la implementació de bones pràctiques i facilitar la interoperabilitat i la reutilització entre equips i projectes diferents. L’observatori integra diferents mòduls que automatitzen l’extracció i anàlisi de metadades, realitzen controls de qualitat basats en estàndards establerts i proporcionen un sistema de feedback i classificació, que ajuda els desenvolupadors i investigadors a millorar contínua-ment els seus productes de programari. A més, el sistema està pensat per facilitar la revisió per parells, incrementant així la transparència i la confiança en els resultats científics obtinguts amb el suport de programari computacional. En la metodologia de la tesi, s’han combinat tècniques de mineria de dades, anàlisi estadística i desenvolupament de software, aplicant-les sobre conjunts de dades reals extretes de repositoris públics i projectes de recerca col·laborativa. Això ha permès validar el sistema en escenaris pràctics i ajustar els criteris d’avaluació segons les particularitats de diferents àrees dins de les ciències de la vida, com ara la genòmica, la proteòmica o la bioinformàtica. Les contribucions principals d’aquest treball inclouen, per tant, el disseny i implementació d’una plataforma escalable i adaptable que respon a les necessitats actuals i futures de la recerca científica, una taxonomia de criteris per avaluar la qualitat del programari científic, i un conjunt de recomanacions i guies de bones pràctiques per a la comunitat científica. Aquestes aportacions no només serveixen per millorar la qualitat de la recerca sinó que també fomenten una cultura de transparència i responsabilitat que és essencial en l’ecosistema de la ciència oberta. Finalment, la tesi reflexiona sobre els desafiaments i oportunitats que presenta la integració de sistemes com l’observatori de programari en la dinàmica de la recerca científica, destacant la importància de mantenir un equilibri entre l’avenç tecnològic i l’adopció de polítiques institucionals i comunitàries que garanteixin la sostenibilitat i l’impacte a llarg termini d’aquestes eines. En resum, aquest projecte contribueix a posar les bases per a una millor governança del programari científic, essencial per afrontar els reptes de la ciència contemporània i assegurar que el coneixement generat sigui sòlid, verificable i útil per a tota la comunitat científica. |
| Τύπος εγγράφου: | Dissertation/Thesis |
| Περιγραφή αρχείου: | application/pdf |
| Γλώσσα: | English |
| Σύνδεσμος πρόσβασης: | https://hdl.handle.net/10803/697787 |
| Rights: | L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ |
| Αριθμός Καταχώρησης: | edstdx.10803.697787 |
| Βάση Δεδομένων: | TDX |
| Η περιγραφή δεν είναι διαθέσιμη |