| Description: |
The work is devoted to the study of DNA double-strand break repair using molecular biological methods using the Drwhite/I-Sce genetic system and Sanger sequencing to visualize repair events, as well as to optimize the process of DNA isolation, purification and sequencing. Research objectives: 1. Isolate total DNA from Drosophila melanogaster lines containing the Drwhite/I-Sce genetic system, mutant for the RAD51D gene. 2. Carry polymerase chain reaction out in the insertion region. 3. Carry sequencing out using the terminal nucleotide method. 4. To assess the involvement of the RAD51D gene in the process of homologous recombination. The work was carried out at the National Research Center "Kurchatov Institute" - PNPI in the Laboratory of Experimental Genetics of the Department of Molecular and Radiation Biophysics. In the work, Drosophila melanogaster individuals with wild and mutant variants of the RAD51D gene were used. DNA was isolated by the phenol-chloroform method, and a polymerase chain reaction was carried out with the samples, after optimizing the protocol. DNA was sequenced, and the difference in repair events with the wild and mutant variants of the RAD51D gene was shown. When performing a literature review, the following were used: eLIBRARY.RU, ScienceDirect, Scopus, PubMed and websites of commercial companies. To perform sequence analysis on the Nanofor 05 device, the computer program of the same name was used. The chromas program was used to read the raw signal. The Mutation Surveyor V5.1.2 (Release) program was used to analyze the resulting nucleotide sequences.
Работа посвящена исследованию репарации двойных разрывов ДНК молекулярно-биологическими методами при помощи генетической системы “Drwhite/I-Sce” и секвенирования по Сэнгеру для визуализации репарационных событий, а также оптимизации процесса выделения, очистки и секвенирования ДНК. Задачи исследования: 1. Выделить тотальную ДНК из линий Drosophila melanogaster, содержащих генетическую систему “Drwhite/I-Sce”, мутантных по гену RAD51D. 2. Провести полимеразную цепную реакцию в области вставки. 3. Провести секвенирование методом терминальных нуклеотидов. 4. Оценить вовлеченность гена RAD51D в процесс гомологичной рекомбинации. Работа проведена в НИЦ «Курчатовском институте»-ПИЯФ в лаборатории экспериментальной генетики отделения молекулярной и радиационной биофизики. В работе использовались особи Drosophila melanogaster с диким и мутантным вариантом гена RAD51D. Было выделено ДНК фенол-хлороформным методом, с образцами провели полимеразную цепную реакцию, предварительно оптимизировав протокол проведения. ДНК было отсеквенровано, показано отличие репарационных событий с диким и мутантным вариантом гена RAD51D. При выполнении литературного обзора использовались: eLIBRARY.RU, ScienceDirect, Scopus, PubMed и сайты коммерческих компаний. Для проведения сиквенсного анализа на приборе Нанофор 05 использовалась одноимённая компьютерная программа. Для прочтения сырого сигнала использовалась программа chromas. Для анализа получившихся нуклеотидных последовательностей использовалась программа Mutation Surveyor V5.1.2 (Release). |