Χαρτογράφηση του γονιδιώματος της τσιπούρας (Sparus aurata) και σύγκριση αυτούμε το γονιδίωμα του medaka (Oryzias latipes)
Η τσιπούρα Sparus aurata (Linnaeus 1758) ανήκει στα Περκόµορφα (Οικογένεια Sparidae), την πολυπληθέστερη τάξη ανάµεσα στους τελεόστεους, οι οποίοι συµπεριλαµβάνουν σχεδόν τα µισά από όλα τα υπάρχοντα σπονδυλωτά. Είναι ένα σηµαντικό θαλάσσιο ψάρι για τις υδατοκαλλιέργειες της Μεσογείου γενικότερα και...
Αποθηκεύτηκε σε:
| Κύριος συγγραφέας: | |
|---|---|
| Άλλοι συγγραφείς: | |
| Γλώσσα: | Greek |
| Δημοσίευση: |
2015
|
| Θέματα: | |
| Διαθέσιμο Online: | https://catalog.lib.aegean.gr/iguana/www.main.cls?surl=search&p=ed763fb5-024d-4d04-a952-e71cbf110eaa#recordId=1.106038 http://hdl.handle.net/11610/6996 |
| Ετικέτες: |
Προσθήκη ετικέτας
Δεν υπάρχουν, Καταχωρήστε ετικέτα πρώτοι!
|
| _version_ | 1828461448411480064 |
|---|---|
| author | Νουσδίλη, Δήμητρα |
| author2 | Κουτσούμπας, Δρόσος |
| author_sort | Νουσδίλη, Δήμητρα |
| collection | DSpace |
| description | Η τσιπούρα Sparus aurata (Linnaeus 1758) ανήκει στα Περκόµορφα (Οικογένεια Sparidae), την πολυπληθέστερη τάξη ανάµεσα στους τελεόστεους, οι οποίοι συµπεριλαµβάνουν σχεδόν τα µισά από όλα τα υπάρχοντα σπονδυλωτά. Είναι ένα σηµαντικό θαλάσσιο ψάρι για τις υδατοκαλλιέργειες της Μεσογείου γενικότερα και της Ελλάδας ειδικότερα. Ο πρόσφατος χαρακτηρισµός ως ανερχόµενο είδος- στόχος συνέβαλε ώστε να αποτελέσει έναν από τους βασικούς στόχους του Ευρωπαϊκού προγράµµατος BRIDGEMAP που αφορούσε στη χαρτογράφηση του γονιδιώµατός της. Συνεπώς, παρόλο που δεν θεωρείται είδος – µοντέλο, η τσιπούρα πληρεί σήµερα τις κατάλληλες προϋποθέσεις για να αποτελέσει πειραµατικό µοντέλο για γενωµικές µελέτες. Είναι πρότυπο για γονιδιακές πληροφορίες άλλων καλλιεργούµενων ειδών, όπως είναι τα άλλα εµπορικά είδη της τσιπούρας και τα είδη του λαυρακιού. Η συνδυασµένη γνώση για την τσιπούρα έχει σηµαντικές οικολογικές και εξελικτικές εφαρµογές. Το ενδιαφέρον στην σύγκριση της εξέλιξης των γονιδιωµάτων των σπονδυλωτών στην παρούσα µελέτη, οδήγησε στη χρήση ενός υβριδικού χάρτη υψηλής ανάλυσης και στον οποίο η τσιπούρα κατατάσσεται ανάµεσα στα ψάρια- µοντέλα όπως π.χ. το ‘zebrafish’, το ‘medaka’ και το ‘tetraodon’. Η ένταξη της τσιπούρας στον χάρτη αυτό παρέχει επίσης σηµαντικές πληροφορίες στους θαλάσσιους βιολόγους και τους εκτροφείς. Τα αποτελέσµατα φυλογενετικών µελετών που είχαν γίνει µέχρι τώρα έδειξαν ότι η τσιπούρα (Sparus aurata) βρίσκεται στο φυλογενετικό δένδρο πιο κοντά στο ‘medaka’ (Oryzias latipes) σε σχέση µε το ‘tetraodon’ (Tetraodon nigroviridis) και το µακρινότερο ‘zebrafish’ (Danio rerio). Λόγω της µεγαλύτερης φυλογενετικής συγγένειας µεταξύ της τσιπούρας και του ‘medaka’ ήταν προφανής η επιλογή της σύγκρισης γονιδιωµάτων µεταξύ των 2 αυτών συγκεκριµένων ειδών στα πλαίσια της παρούσας εργασίας καθώς ήταν ευκολότερο να βρεθούν εκκινητές (primers) για συγκριτικές µελέτες µεταξύ αυτών των δύο ειδών. Στα 2 αυτά είδη εφαρµόστηκε η τεχνική γενετικής ανάλυσης (BLAST) (αναζήτηση υβριδικών οµάδων χρωµοσωµάτων της τσιπούρας µε τα χρωµοσώµατα του medaka) από την οποία έγινε δυνατή η κατασκευή ενός νέου γενετικού πίνακα (“Oxford grid”) ο οποίος και επιβεβαίωσε τη στενή γονιδιακή σχέση µεταξύ των δύο αυτών ψαριών. Στα πλαίσια 6 της εργασίας αυτής έγινε επιπρόσθετα, η σύγκριση µεταξύ των υβριδικών οµάδων χρωµοσωµάτων της τσιπούρας και του ‘tetraodon’. Πιο συγκεκριµένα η εφαρµογή της τεχνικής γενετικής ανάλυσης (BLAST) σε ήδη αναπτυγµένους εκκινητές από προηγούµενες επιστηµονικές µελέτες (34 EST δείκτες του tetraodon στο 20ο χρωµόσωµά του) έδωσε την δυνατότητα ώθησης στη χαρτογράφηση ορισµένων από αυτούς (27 από τους 34) µε αποτέλεσµα να καταστεί δυνατή η συγκριτική γονιδιακή µελέτη µεταξύ των συγκεκριµένων ειδών. Συµπερασµατικά, η συγκριτική χαρτογράφηση που έγινε στα πλαίσια αυτής της εργασίας µεταξύ της τσιπούρας και άλλων ειδών ψαριών εκτιµάται ότι συµβάλλει στην περαιτέρω κατανόηση της χρωµοσωµικής εξέλιξης της τσιπούρας και στη βελτίωση των γνώσεων µας για τον γενετικό της χάρτη. Ο γενετικός χάρτης της τσιπούρας αποτελεί ένα ζωτικής σηµασίας εργαλείο για ανάλυση γονιδιακών περιοχών µε διακριτά χαρακτηριστικά (Quantitative Trait Loci – QTL) καθώς αποτελεί ένα αξιόπιστο εργαλείο για τον καθορισµό εκείνων των γονιδιακών περιοχών που παρουσιάζουν εµπορικό ενδιαφέρον. Η χαρτογράφηση γονιδίων- στόχων (genes candidates) για ανίχνευση QTL που εφαρµόστηκε στην παρούσα µελέτη, πιστεύεται ότι θα επεκτείνει την γενωµική συλλογή που είναι διαθέσιµη για µελέτες που αφορούν την βελτιωµένη ανάπτυξη, την αντίσταση στις ασθένειες και τον φυλοκαθορισµό όχι µόνον της τσιπούρας αλλά και άλλων ειδών ψαριών και γενικά θαλάσσιων οργανισµών. |
| id | oai:hellanicus.lib.aegean.gr:11610-6996 |
| institution | Hellanicus |
| language | Greek |
| publishDate | 2015 |
| record_format | dspace |
| title | Χαρτογράφηση του γονιδιώματος της τσιπούρας (Sparus aurata) και σύγκριση αυτούμε το γονιδίωμα του medaka (Oryzias latipes) |
| topic | Ιχυθολογία Τσιπούρα PCR Oryzias latipes Medakas Sparus aurata Fishes |
| url | https://catalog.lib.aegean.gr/iguana/www.main.cls?surl=search&p=ed763fb5-024d-4d04-a952-e71cbf110eaa#recordId=1.106038 http://hdl.handle.net/11610/6996 |
| work_keys_str_mv | AT nousdilēdēmētra chartographēsētougonidiōmatostēstsipourassparusauratakaisynkrisēautoumetogonidiōmatoumedakaoryziaslatipes |