Ομαδοποίηση στελεχών γαλακτικών βακτηρίων απομονωθέντων απο τυριά μέσω της τεχνικής REP-PCR και ταυτοποίηση τους μέσω αλληλούχησης του 16s rDNA : - Αλεξοπούλου, Αικατερίνη (2014)
Στα μικρά τυροκομεία, όπως αυτά της Λήμνου, οι παραγωγοί εκμεταλλεύονται την παρουσία της ενδογενούς μικροχλωρίδας του γάλακτος για την παρασκευή τυριών, χωρίς τη χρήση εναρκτήριων καλλιεργειών. Αποτέλεσμα της συγκεκριμένης πρακτικής είναι να προκύπτουν τυριά τα οποία χαρακτηρίζονται από ιδιαίτερα, πιο έντονα και ευχάριστα οργανοληπτικά χαρακτηριστικά. Αντικείμενο της συγκεκριμένης έρευνας αποτέλεσε η ταυτοποίηση και ο χαρακτηρισμός 112 οξυγαλακτικών βακτηριακών στελεχών μέσω της γενετικής ταυτοποίησης της μικροχλωρίδας δύο παραδοσιακών τυριών της νήσου Λήμνου, το Καλαθάκι και το Μελίχλωρο.Στη παρούσα εργασία έγινε γενετική ταυτοποίηση των οξυγαλακτικών βακτηριακών στελεχών που απομονώθηκαν από επτά δείγματα τυριών από τέσσερα τυροκομεία σε διαφορετικές γεωγραφικές περιοχές του νησιού. Αρχικά, στα παραπάνω οξυγαλακτικά στελέχη πραγματοποιήθηκε ομαδοποίηση με τη μέθοδο της rep-PCR και τη χρήση του εκκινητή BOXAIR, που ενισχύει παλλίνδρομες διασκορπισμένες αλληλουχίες στο γονιδίωμα των οξυγαλακτικών βακτηρίων. Μέσω των φωτογραφιών των ηλεκτροφορήσεων μπόρεσαν να εξαχθούν συμπεράσματα για την ομαδοποίησητων στελεχών, με χρήση του προγράμματος BioΝumerics. Κατόπιν, με την ενίσχυση της αλληλουχίας 16S-rDNA επιλεγμένων στελεχών, έγινε ταυτοποίηση σε επίπεδο είδους με τη χρήση του προγράμματος BLAST της βάσης δεδομένων του NCBI.Καταληκτικά επιτεύχθηκε ο χαρακτηρισμός και ο διαχωρισμός των στελεχών που συμμετέχουν στην οξυγαλακτική χλωρίδα των τυριών του κάθε παραγωγού. Τα αποτελέσματα αλληλούχησης των γονιδιωμάτων έδειξαν πως τα γαλακτικά βακτήρια για την παραγωγή τυριού Καλαθάκι, φαίνεται να αποτελούνται κατα πλειοψηφία βακτήρια της οικογένειας Enterococaceae του γένους Enteroccocus και είδους faecium. Επίσης ανιχνεύθηκαν και τα στελέχη P. pentosaceus, Lb. paracasei, L. garviae, E. gilvus, E. faecalis, P. acidilactici, Leuc. mesenderoides, Lb. acidipiscis, L. lactis και E. hirae σε μικρότερες αναλογίες. Αντίστοιχα, τα τυριά Μελίχλωρο περιλάμβαναν βακτήρια των οικογενειών Enterococaceae, Lactobacillaceae και Leuconostoccocaceae, με κυρίαρχα τα είδη E. faecium, P. pentosaceus, Lb. brevis και Leuc. mesenderoides για την κάθε οικογένεια αντίστοιχα. Επίσης ανιχνεύθηκαν και στελέχη απο τα είδη E. pseudoavium, Ε. avium και L. lactis σε μικρότερα ποσοστά. Σύμφωνα με τα αποτελέσματα αυτά, οδηγούμαστε στο συμπέρασμα πως τα γαλακτικά βακτήρια με πιθανή προέλευση την αυτόχθονη μικροχλωρίδα του γάλακτος αλλά και την ενδογενή μικροχλωρίδα των χώρων τυροκόμησης και του εξοπλισμού εντός αυτών, φαίνεται να είναι υπεύθυνα για τη γαλακτική ζύμωση και τα οργανοληπτικά χαρακτηριστικά στα τυριά που μελετήθηκαν. Επιλεγμένα στελέχη της μελέτης αυτής θα μπορούσαν να μελετηθούν περεταίρω για τη χρήση τους, ειδικά, ως εναρκτήριες καλλιέργειες για την παραγωγή των τυριών Καλαθάκι και Μελίχλωρο, όπως και γενικότερα για τη χρήση τους ως εναρκτήριες ή συμπληρωματικές καλλιέργειες γενικότερα στη ζύμωση των τροφίμων.