Dissertation/ Thesis
From genomics to imaging: integrative approaches to study chromatin organization and function
| Τίτλος: | From genomics to imaging: integrative approaches to study chromatin organization and function |
|---|---|
| Συγγραφείς: | Fernández Merino, Manuel |
| Thesis Advisors: | Neguembor, Marie Victoire, Cosma, Maria Pia |
| Πηγή: | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Στοιχεία εκδότη: | Universitat Pompeu Fabra, 2026. |
| Έτος έκδοσης: | 2026 |
| Φυσική περιγραφή: | 177 p. |
| Θεματικοί όροι: | Genòmica, Genomics, Genómica, Organització de la cromatina, Chromatin organization, Organización de la cromatina, Modelitzación computacional, Computational modeling, Modelización computacional, Microscòpia de super-resolució, Super-resolution microscopy, Microscopía de super-resolució, Regulació gènica, Gene regulation, Regulación génica |
| Περιγραφή: | La cromatina s’organitza d’una manera jeràrquica que possibilita elevats nivells de compactació, la qual cosa és necessària perquè el genoma complet càpiga dins del nucli. Alhora, la cromatina també es remodela dinàmicament perquè puguin tenir lloc canvis en la regulació gènica, la transcripció i la replicació, entre altres processos. Tot i que s’ha identificat una certa relació entre l’arquitectura de la cromatina i el control de la transcripció, els mecanismes precisos que connecten ambdós fenòmens continuen sense estar completament clars. En aquesta tesi, explorem les tècniques disponibles per estudiar l’organització de la cromatina, que sovint representen un coll d’ampolla en aquest camp científic. Després, presentem una estratègia computacional de modelatge integratiu per evitar algunes de les limitacions d’aquestes tècniques sense sacrificar la qualitat o l’eficiència en les anàlisis de cèl·lules individuals. Combinant el nostre nou mètode amb anàlisis genòmiques i d’imatge a mida, explorem els canvis estructurals del genoma en cèl·lules mare i somàtiques. D’aquesta manera, hem identificat un grup de gens corregulats associats a la pluripotència i en què l’aïllament en diferents dominis de contactes genòmics pot tenir un paper en el control de l’expressió gènica. |
| Description (Translated): | La cromatina se organiza de una manera jerárquica que posibilita elevados niveles de compactación, lo cual es necesario para que el genoma completo quepa dentro del núcleo. A la vez, la cromatina también se remodela dinámicamente para que puedan tener lugar cambios en la regulación génica, transcripción y replicación, entre otros procesos. Aunque se ha identificado cierta relación entre la arquitectura de la cromatina y el control de la transcripción, los mecanismos precisos que conectan ambos fenómenos siguen sin estar completamente claros. En esta tesis, exploramos las técnicas disponibles para estudiar la organización de la cromatina, que a menudo representan un cuello de botella en este campo científico. Después, presentamos una estrategia computacional de modelado integrativo para evitar algunas de las limitaciones de estas técnicas sin sacrificar la calidad o la eficiencia en los análisis de células individuales. Combinando nuestro nuevo método con análisis genómicos y de imagen a medida, exploramos los cambios estructurales del genoma en células madre y somáticas. De esta manera, hemos identificado un grupo de genes corregulados asociados a la pluripotencia y en los que el aislamiento en diferentes dominios de contactos genómicos puede tener un papel en el control de la expresión génica. Chromatin is organized in a hierarchical manner that enables exceptional levels of compaction, allowing the entire genome to fit in the cell nucleus. At the same time, it needs to be dynamically remodeled to ensure changes in gene regulation, transcription and replication, among other processes. While some links have been identified between chromatin architecture and transcriptional control, the precise mechanism connecting shape and function is not clear. In this thesis, we explore the available approaches to probe chromatin organization, often a bottleneck in this scientific field. Next, we propose an integrative modeling computational approach to bypass some of their limitations without sacrificing quality or throughput in single-cell measurements. Combining our newly developed method with custom genomic and imaging experiments, we explore the structural rearrangements of chromatin in stem and somatic cells. Thus, we were able to identify a cluster of coregulated pluripotency-associated genes in which contact domain insulation might be linked to expression control. Universitat Pompeu Fabra. Doctorat en Biomedicina |
| Τύπος εγγράφου: | Dissertation/Thesis |
| Περιγραφή αρχείου: | application/pdf |
| Γλώσσα: | English |
| Σύνδεσμος πρόσβασης: | https://hdl.handle.net/10803/696662 |
| Rights: | ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs. info:eu-repo/semantics/embargoedAccess |
| Αριθμός Καταχώρησης: | edstdx.10803.696662 |
| Βάση Δεδομένων: | TDX |
| FullText | Text: Availability: 0 CustomLinks: – Url: https://hdl.handle.net/10803/696662# Name: EDS - TDX (ns324271) Category: fullText Text: View record in TDX |
|---|---|
| Header | DbId: edstdx DbLabel: TDX An: edstdx.10803.696662 RelevancyScore: 1424 AccessLevel: 3 PubType: Dissertation/ Thesis PubTypeId: dissertation PreciseRelevancyScore: 1424.46826171875 |
| IllustrationInfo | |
| Items | – Name: Title Label: Title Group: Ti Data: From genomics to imaging: integrative approaches to study chromatin organization and function – Name: Author Label: Authors Group: Au Data: <searchLink fieldCode="AR" term="%22Fernández+Merino%2C+Manuel%22">Fernández Merino, Manuel</searchLink> – Name: Author Label: Thesis Advisors Group: Au Data: Neguembor, Marie Victoire<br />Cosma, Maria Pia – Name: TitleSource Label: Source Group: Src Data: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) – Name: Publisher Label: Publisher Information Group: PubInfo Data: Universitat Pompeu Fabra, 2026. – Name: DatePubCY Label: Publication Year Group: Date Data: 2026 – Name: PhysDesc Label: Physical Description Group: PhysDesc Data: 177 p. – Name: Subject Label: Subject Terms Group: Su Data: <searchLink fieldCode="DE" term="%22Genòmica%22">Genòmica</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Genomics%22">Genomics</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Genómica%22">Genómica</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Organització+de+la+cromatina%22">Organització de la cromatina</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Chromatin+organization%22">Chromatin organization</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Organización+de+la+cromatina%22">Organización de la cromatina</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Modelitzación+computacional%22">Modelitzación computacional</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Computational+modeling%22">Computational modeling</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Modelización+computacional%22">Modelización computacional</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Microscòpia+de+super-resolució%22">Microscòpia de super-resolució</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Super-resolution+microscopy%22">Super-resolution microscopy</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Microscopía+de+super-resolució%22">Microscopía de super-resolució</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Regulació+gènica%22">Regulació gènica</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Gene+regulation%22">Gene regulation</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Regulación+génica%22">Regulación génica</searchLink> – Name: Abstract Label: Description Group: Ab Data: La cromatina s’organitza d’una manera jeràrquica que possibilita elevats nivells de compactació, la qual cosa és necessària perquè el genoma complet càpiga dins del nucli. Alhora, la cromatina també es remodela dinàmicament perquè puguin tenir lloc canvis en la regulació gènica, la transcripció i la replicació, entre altres processos. Tot i que s’ha identificat una certa relació entre l’arquitectura de la cromatina i el control de la transcripció, els mecanismes precisos que connecten ambdós fenòmens continuen sense estar completament clars. En aquesta tesi, explorem les tècniques disponibles per estudiar l’organització de la cromatina, que sovint representen un coll d’ampolla en aquest camp científic. Després, presentem una estratègia computacional de modelatge integratiu per evitar algunes de les limitacions d’aquestes tècniques sense sacrificar la qualitat o l’eficiència en les anàlisis de cèl·lules individuals. Combinant el nostre nou mètode amb anàlisis genòmiques i d’imatge a mida, explorem els canvis estructurals del genoma en cèl·lules mare i somàtiques. D’aquesta manera, hem identificat un grup de gens corregulats associats a la pluripotència i en què l’aïllament en diferents dominis de contactes genòmics pot tenir un paper en el control de l’expressió gènica. – Name: Abstract Label: Description (Translated) Group: Ab Data: La cromatina se organiza de una manera jerárquica que posibilita elevados niveles de compactación, lo cual es necesario para que el genoma completo quepa dentro del núcleo. A la vez, la cromatina también se remodela dinámicamente para que puedan tener lugar cambios en la regulación génica, transcripción y replicación, entre otros procesos. Aunque se ha identificado cierta relación entre la arquitectura de la cromatina y el control de la transcripción, los mecanismos precisos que conectan ambos fenómenos siguen sin estar completamente claros. En esta tesis, exploramos las técnicas disponibles para estudiar la organización de la cromatina, que a menudo representan un cuello de botella en este campo científico. Después, presentamos una estrategia computacional de modelado integrativo para evitar algunas de las limitaciones de estas técnicas sin sacrificar la calidad o la eficiencia en los análisis de células individuales. Combinando nuestro nuevo método con análisis genómicos y de imagen a medida, exploramos los cambios estructurales del genoma en células madre y somáticas. De esta manera, hemos identificado un grupo de genes corregulados asociados a la pluripotencia y en los que el aislamiento en diferentes dominios de contactos genómicos puede tener un papel en el control de la expresión génica.<br />Chromatin is organized in a hierarchical manner that enables exceptional levels of compaction, allowing the entire genome to fit in the cell nucleus. At the same time, it needs to be dynamically remodeled to ensure changes in gene regulation, transcription and replication, among other processes. While some links have been identified between chromatin architecture and transcriptional control, the precise mechanism connecting shape and function is not clear. In this thesis, we explore the available approaches to probe chromatin organization, often a bottleneck in this scientific field. Next, we propose an integrative modeling computational approach to bypass some of their limitations without sacrificing quality or throughput in single-cell measurements. Combining our newly developed method with custom genomic and imaging experiments, we explore the structural rearrangements of chromatin in stem and somatic cells. Thus, we were able to identify a cluster of coregulated pluripotency-associated genes in which contact domain insulation might be linked to expression control.<br />Universitat Pompeu Fabra. Doctorat en Biomedicina – Name: TypeDocument Label: Document Type Group: TypDoc Data: Dissertation/Thesis – Name: Format Label: File Description Group: SrcInfo Data: application/pdf – Name: Language Label: Language Group: Lang Data: English – Name: URL Label: Access URL Group: URL Data: <link linkTarget="URL" linkTerm="https://hdl.handle.net/10803/696662" linkWindow="_blank">https://hdl.handle.net/10803/696662</link> – Name: Copyright Label: Rights Group: Cpyrght Data: ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.<br />info:eu-repo/semantics/embargoedAccess – Name: AN Label: Accession Number Group: ID Data: edstdx.10803.696662 |
| PLink | https://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edstdx&AN=edstdx.10803.696662 |
| RecordInfo | BibRecord: BibEntity: Languages: – Text: English PhysicalDescription: Pagination: PageCount: 177 Subjects: – SubjectFull: Genòmica Type: general – SubjectFull: Genomics Type: general – SubjectFull: Genómica Type: general – SubjectFull: Organització de la cromatina Type: general – SubjectFull: Chromatin organization Type: general – SubjectFull: Organización de la cromatina Type: general – SubjectFull: Modelitzación computacional Type: general – SubjectFull: Computational modeling Type: general – SubjectFull: Modelización computacional Type: general – SubjectFull: Microscòpia de super-resolució Type: general – SubjectFull: Super-resolution microscopy Type: general – SubjectFull: Microscopía de super-resolució Type: general – SubjectFull: Regulació gènica Type: general – SubjectFull: Gene regulation Type: general – SubjectFull: Regulación génica Type: general Titles: – TitleFull: From genomics to imaging: integrative approaches to study chromatin organization and function Type: main BibRelationships: HasContributorRelationships: – PersonEntity: Name: NameFull: Fernández Merino, Manuel IsPartOfRelationships: – BibEntity: Dates: – D: 14 M: 01 Type: published Y: 2026 |
| ResultId | 1 |