Dissertation/ Thesis
Immunoinformatics to guide vaccine design and biomarker discovery
| Τίτλος: | Immunoinformatics to guide vaccine design and biomarker discovery |
|---|---|
| Συγγραφείς: | Farriol Duran, Roc |
| Συνεισφορές: | University/Department: Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida |
| Thesis Advisors: | Guallar i Tasies, Víctor, Porta Pardo, Eduard, Oliva Miguel, Baldomero |
| Πηγή: | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Στοιχεία εκδότη: | Universitat Pompeu Fabra, 2025. |
| Έτος έκδοσης: | 2025 |
| Φυσική περιγραφή: | 135 p. |
| Θεματικοί όροι: | Immunoinformática, Vacunas, Biomarcador, Células T, Células B, Immunoinformàtica, Vacunes, Cèl·lules T, Cèl·lules B, Immunoinformatics, Vaccines, Biomarker, T cells, B cells |
| Περιγραφή: | La present tesi doctoral titulada "Immunoinformàtica per guiar el disseny de vacunes i el descobriment de biomarcadors" és un compendi d'articles dividit en una primera part de immunoinformàtica de cèl·lules T i una segona dedicada a estudis en cèl·lules B. Els articles de cèl·lules T engloben el desenvolupament de mètodes computacionals per a la predicció de la immunogenicitat d'epítops T i la predicció del seu processant antigènic (Article 1. PredIG i Article 2. NetCleave). A més, aquests mètodes són aplicats pel disseny de vacunes dirigides a cèl·lules T contra malalties infeccioses víriques (Articles 3 i 4) i pel descobriment de biomarcadors de resposta per a inhibidors de punts de control immunitaris en el context de les immunoteràpies de càncer (Article 5). La part de cèl·lules B està organitzada de forma similar enllaçant el desenvolupament d'un flux de treball computacional per a refinar les prediccions d'epítops B (Article 6. Brewpitopes); seguida per aplicacions en el desenvolupament d'anticossos terapèutics contra la COVID-19 (Article 7); i la composició d'una signatura d'anticossos per a la detecció precoç de càncer de pulmó (Article 8). La troballa principal d'aquest treball és el desenvolupament de predictors d'epítops i fluxos de treball computacionals focalitzats en el refinament de la immunogenicitat i l'antigenicitat d'epítops T i B respectivament. A més de la seva aplicació translacional per a guiar, de forma efectiva i comprensiva, projectes de disseny de vacunes i descobriment de biomarcadors en malalties víriques i càncer. |
| Description (Translated): | The present doctoral thesis entitled "Immunoinformatics to guide vaccine design and biomarker discovery" is an article compendium divided in a first T cell immunoinformatics part and a second dedicated to B cell studies. The T cell articles encompass computational method development efforts in T cell epitope immunogenicity and antigen processing prediction (Article 1. PredIG and Article 2. NetCleave), applications in T-cell-directed vaccine design against viral diseases (Articles 3 and 4) and to response biomarker discovery for immune checkpoint inhibitors in cancer immunotherapy (Article 5). The B cell part is organized similarly entailing the development of a pipeline to refine B cell epitope predictions (Article 6. Brewpitopes); and applications in therapeutic antibody development for COVID-19 (Article 7); and an antibody-based signature for early lung cancer detection (Article 8). The milestone of this work is the development of epitope predictors and pipelines focused on immunogenicity and antigenicity refinement and their application for an effective and comprehensive guidance in vaccine design and biomarker discovery projects in viral infection and cancer. Programa de Doctorat en Biomedicina |
| Τύπος εγγράφου: | Dissertation/Thesis |
| Περιγραφή αρχείου: | application/pdf |
| Γλώσσα: | English |
| Σύνδεσμος πρόσβασης: | http://hdl.handle.net/10803/695658 |
| Rights: | ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs. info:eu-repo/semantics/embargoedAccess |
| Αριθμός Καταχώρησης: | edstdx.10803.695658 |
| Βάση Δεδομένων: | TDX |
| FullText | Text: Availability: 0 CustomLinks: – Url: http://hdl.handle.net/10803/695658# Name: EDS - TDX (ns324271) Category: fullText Text: View record in TDX |
|---|---|
| Header | DbId: edstdx DbLabel: TDX An: edstdx.10803.695658 RelevancyScore: 1423 AccessLevel: 3 PubType: Dissertation/ Thesis PubTypeId: dissertation PreciseRelevancyScore: 1423.44909667969 |
| IllustrationInfo | |
| Items | – Name: Title Label: Title Group: Ti Data: Immunoinformatics to guide vaccine design and biomarker discovery – Name: Author Label: Authors Group: Au Data: <searchLink fieldCode="AR" term="%22Farriol+Duran%2C+Roc%22">Farriol Duran, Roc</searchLink> – Name: Author Label: Contributors Group: Au Data: University/Department: Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida – Name: Author Label: Thesis Advisors Group: Au Data: Guallar i Tasies, Víctor<br />Porta Pardo, Eduard<br />Oliva Miguel, Baldomero – Name: TitleSource Label: Source Group: Src Data: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) – Name: Publisher Label: Publisher Information Group: PubInfo Data: Universitat Pompeu Fabra, 2025. – Name: DatePubCY Label: Publication Year Group: Date Data: 2025 – Name: PhysDesc Label: Physical Description Group: PhysDesc Data: 135 p. – Name: Subject Label: Subject Terms Group: Su Data: <searchLink fieldCode="DE" term="%22Immunoinformática%22">Immunoinformática</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Vacunas%22">Vacunas</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Biomarcador%22">Biomarcador</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Células+T%22">Células T</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Células+B%22">Células B</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Immunoinformàtica%22">Immunoinformàtica</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Vacunes%22">Vacunes</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Cèl·lules+T%22">Cèl·lules T</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Cèl·lules+B%22">Cèl·lules B</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Immunoinformatics%22">Immunoinformatics</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Vaccines%22">Vaccines</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Biomarker%22">Biomarker</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22T+cells%22">T cells</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22B+cells%22">B cells</searchLink> – Name: Abstract Label: Description Group: Ab Data: La present tesi doctoral titulada "Immunoinformàtica per guiar el disseny de vacunes i el descobriment de biomarcadors" és un compendi d'articles dividit en una primera part de immunoinformàtica de cèl·lules T i una segona dedicada a estudis en cèl·lules B. Els articles de cèl·lules T engloben el desenvolupament de mètodes computacionals per a la predicció de la immunogenicitat d'epítops T i la predicció del seu processant antigènic (Article 1. PredIG i Article 2. NetCleave). A més, aquests mètodes són aplicats pel disseny de vacunes dirigides a cèl·lules T contra malalties infeccioses víriques (Articles 3 i 4) i pel descobriment de biomarcadors de resposta per a inhibidors de punts de control immunitaris en el context de les immunoteràpies de càncer (Article 5). La part de cèl·lules B està organitzada de forma similar enllaçant el desenvolupament d'un flux de treball computacional per a refinar les prediccions d'epítops B (Article 6. Brewpitopes); seguida per aplicacions en el desenvolupament d'anticossos terapèutics contra la COVID-19 (Article 7); i la composició d'una signatura d'anticossos per a la detecció precoç de càncer de pulmó (Article 8). La troballa principal d'aquest treball és el desenvolupament de predictors d'epítops i fluxos de treball computacionals focalitzats en el refinament de la immunogenicitat i l'antigenicitat d'epítops T i B respectivament. A més de la seva aplicació translacional per a guiar, de forma efectiva i comprensiva, projectes de disseny de vacunes i descobriment de biomarcadors en malalties víriques i càncer. – Name: Abstract Label: Description (Translated) Group: Ab Data: The present doctoral thesis entitled "Immunoinformatics to guide vaccine design and biomarker discovery" is an article compendium divided in a first T cell immunoinformatics part and a second dedicated to B cell studies. The T cell articles encompass computational method development efforts in T cell epitope immunogenicity and antigen processing prediction (Article 1. PredIG and Article 2. NetCleave), applications in T-cell-directed vaccine design against viral diseases (Articles 3 and 4) and to response biomarker discovery for immune checkpoint inhibitors in cancer immunotherapy (Article 5). The B cell part is organized similarly entailing the development of a pipeline to refine B cell epitope predictions (Article 6. Brewpitopes); and applications in therapeutic antibody development for COVID-19 (Article 7); and an antibody-based signature for early lung cancer detection (Article 8). The milestone of this work is the development of epitope predictors and pipelines focused on immunogenicity and antigenicity refinement and their application for an effective and comprehensive guidance in vaccine design and biomarker discovery projects in viral infection and cancer.<br />Programa de Doctorat en Biomedicina – Name: TypeDocument Label: Document Type Group: TypDoc Data: Dissertation/Thesis – Name: Format Label: File Description Group: SrcInfo Data: application/pdf – Name: Language Label: Language Group: Lang Data: English – Name: URL Label: Access URL Group: URL Data: <link linkTarget="URL" linkTerm="http://hdl.handle.net/10803/695658" linkWindow="_blank">http://hdl.handle.net/10803/695658</link> – Name: Copyright Label: Rights Group: Cpyrght Data: ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.<br />info:eu-repo/semantics/embargoedAccess – Name: AN Label: Accession Number Group: ID Data: edstdx.10803.695658 |
| PLink | https://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edstdx&AN=edstdx.10803.695658 |
| RecordInfo | BibRecord: BibEntity: Languages: – Text: English PhysicalDescription: Pagination: PageCount: 135 Subjects: – SubjectFull: Immunoinformática Type: general – SubjectFull: Vacunas Type: general – SubjectFull: Biomarcador Type: general – SubjectFull: Células T Type: general – SubjectFull: Células B Type: general – SubjectFull: Immunoinformàtica Type: general – SubjectFull: Vacunes Type: general – SubjectFull: Cèl·lules T Type: general – SubjectFull: Cèl·lules B Type: general – SubjectFull: Immunoinformatics Type: general – SubjectFull: Vaccines Type: general – SubjectFull: Biomarker Type: general – SubjectFull: T cells Type: general – SubjectFull: B cells Type: general Titles: – TitleFull: Immunoinformatics to guide vaccine design and biomarker discovery Type: main BibRelationships: HasContributorRelationships: – PersonEntity: Name: NameFull: Farriol Duran, Roc IsPartOfRelationships: – BibEntity: Dates: – D: 19 M: 09 Type: published Y: 2025 |
| ResultId | 1 |