Dissertation/ Thesis
Computational engineering of biomolecules
| Τίτλος: | Computational engineering of biomolecules |
|---|---|
| Συγγραφείς: | Cianferoni, Damiano |
| Συνεισφορές: | University/Department: Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida |
| Thesis Advisors: | Serrano Pubull, Luis |
| Πηγή: | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Στοιχεία εκδότη: | Universitat Pompeu Fabra, 2023. |
| Έτος έκδοσης: | 2023 |
| Φυσική περιγραφή: | 159 p. |
| Θεματικοί όροι: | Protein engineering, FoldX, COVID-19, RNA docking, AlphaFold2, Enginyeria de proteïnes, Acoblament d'ARN |
| Περιγραφή: | Aquesta tesi presenta diversos avenços que inclouen: (i) noves funcionalitats afegides a la “suite” d'eines de disseny de proteïnes FoldX per permetre als usuaris treballar amb qualsevol tipus de molècula; (ii) estudis utilitzant FoldX per explicar la susceptibilitat de diferents espècies al COVID-19 examinant l'energia d'interacció entre el SARS-CoV-2 i l'ACE2; (iii) RnaX, una eina que prediu els llocs de unió de l'RNA i permet enginyeritzar la interfície RNA-proteïna; (iv) ProteinFishing, una eina que genera complexes de proteïnes a nivell atòmic per al disseny de la interfície; i (v) TriCombine, una eina que classifica les combinacions de mutants utilitzant triplets de residus cristal·logràfics per redissenyar amb èxit un domini SH3. Amb l'aparició de les tècniques de “deep learning” per a la modelització de proteïnes, el camp del disseny computacional de biomolècules està en constant desenvolupament. Aquesta tesi mostra com el disseny basat en coneixement i les eines basades en dades, com AlphaFold2, es poden combinar per a un disseny precís de proteïnes. En conjunt, aquests desenvolupaments creen una base i proporcionen un anàlisi de la validació d'una plataforma de disseny biomolecular computacional. |
| Description (Translated): | This thesis presents advancements in biomolecular engineering. These developments include: (i) novel functionalities added to the FoldX protein design tool suite to enable users to work with any kind of molecule; (ii) studies using FoldX to explain species susceptibility to COVID-19 by examining the interaction energy between SARS-CoV-2 and ACE2; (iii) RnaX, a tool that predicts RNA-binding sites and enables RNA-protein interface engineering; (iv) ProteinFishing, a tool that generates atomic-level protein complexes for interface design; and (v) TriCombine, a tool that ranks mutant combinations using crystallographic residue triplets to successfully redesign an SH3 domain. With the advent of deep learning techniques for protein modeling, the field of computational design is thriving. This thesis shows how knowledge-based design and data-driven tools, such as AlphaFold2 can be combined for accurate design. Altogether, these developments create a foundation and provide a validation analysis for a biomolecular design computational platform. Programa de Doctorat en Biomedicina |
| Τύπος εγγράφου: | Dissertation/Thesis |
| Περιγραφή αρχείου: | application/pdf |
| Γλώσσα: | English |
| Σύνδεσμος πρόσβασης: | http://hdl.handle.net/10803/689148 |
| Rights: | ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs. |
| Αριθμός Καταχώρησης: | edstdx.10803.689148 |
| Βάση Δεδομένων: | TDX |
| FullText | Text: Availability: 0 CustomLinks: – Url: http://hdl.handle.net/10803/689148# Name: EDS - TDX (ns324271) Category: fullText Text: View record in TDX |
|---|---|
| Header | DbId: edstdx DbLabel: TDX An: edstdx.10803.689148 RelevancyScore: 1370 AccessLevel: 3 PubType: Dissertation/ Thesis PubTypeId: dissertation PreciseRelevancyScore: 1370.455078125 |
| IllustrationInfo | |
| Items | – Name: Title Label: Title Group: Ti Data: Computational engineering of biomolecules – Name: Author Label: Authors Group: Au Data: <searchLink fieldCode="AR" term="%22Cianferoni%2C+Damiano%22">Cianferoni, Damiano</searchLink> – Name: Author Label: Contributors Group: Au Data: University/Department: Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida – Name: Author Label: Thesis Advisors Group: Au Data: Serrano Pubull, Luis – Name: TitleSource Label: Source Group: Src Data: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) – Name: Publisher Label: Publisher Information Group: PubInfo Data: Universitat Pompeu Fabra, 2023. – Name: DatePubCY Label: Publication Year Group: Date Data: 2023 – Name: PhysDesc Label: Physical Description Group: PhysDesc Data: 159 p. – Name: Subject Label: Subject Terms Group: Su Data: <searchLink fieldCode="DE" term="%22Protein+engineering%22">Protein engineering</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22FoldX%22">FoldX</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22COVID-19%22">COVID-19</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22RNA+docking%22">RNA docking</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22AlphaFold2%22">AlphaFold2</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Enginyeria+de+proteïnes%22">Enginyeria de proteïnes</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Acoblament+d'ARN%22">Acoblament d'ARN</searchLink> – Name: Abstract Label: Description Group: Ab Data: Aquesta tesi presenta diversos avenços que inclouen: (i) noves funcionalitats afegides a la “suite” d'eines de disseny de proteïnes FoldX per permetre als usuaris treballar amb qualsevol tipus de molècula; (ii) estudis utilitzant FoldX per explicar la susceptibilitat de diferents espècies al COVID-19 examinant l'energia d'interacció entre el SARS-CoV-2 i l'ACE2; (iii) RnaX, una eina que prediu els llocs de unió de l'RNA i permet enginyeritzar la interfície RNA-proteïna; (iv) ProteinFishing, una eina que genera complexes de proteïnes a nivell atòmic per al disseny de la interfície; i (v) TriCombine, una eina que classifica les combinacions de mutants utilitzant triplets de residus cristal·logràfics per redissenyar amb èxit un domini SH3. Amb l'aparició de les tècniques de “deep learning” per a la modelització de proteïnes, el camp del disseny computacional de biomolècules està en constant desenvolupament. Aquesta tesi mostra com el disseny basat en coneixement i les eines basades en dades, com AlphaFold2, es poden combinar per a un disseny precís de proteïnes. En conjunt, aquests desenvolupaments creen una base i proporcionen un anàlisi de la validació d'una plataforma de disseny biomolecular computacional. – Name: Abstract Label: Description (Translated) Group: Ab Data: This thesis presents advancements in biomolecular engineering. These developments include: (i) novel functionalities added to the FoldX protein design tool suite to enable users to work with any kind of molecule; (ii) studies using FoldX to explain species susceptibility to COVID-19 by examining the interaction energy between SARS-CoV-2 and ACE2; (iii) RnaX, a tool that predicts RNA-binding sites and enables RNA-protein interface engineering; (iv) ProteinFishing, a tool that generates atomic-level protein complexes for interface design; and (v) TriCombine, a tool that ranks mutant combinations using crystallographic residue triplets to successfully redesign an SH3 domain. With the advent of deep learning techniques for protein modeling, the field of computational design is thriving. This thesis shows how knowledge-based design and data-driven tools, such as AlphaFold2 can be combined for accurate design. Altogether, these developments create a foundation and provide a validation analysis for a biomolecular design computational platform.<br />Programa de Doctorat en Biomedicina – Name: TypeDocument Label: Document Type Group: TypDoc Data: Dissertation/Thesis – Name: Format Label: File Description Group: SrcInfo Data: application/pdf – Name: Language Label: Language Group: Lang Data: English – Name: URL Label: Access URL Group: URL Data: <link linkTarget="URL" linkTerm="http://hdl.handle.net/10803/689148" linkWindow="_blank">http://hdl.handle.net/10803/689148</link> – Name: Copyright Label: Rights Group: Cpyrght Data: ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs. – Name: AN Label: Accession Number Group: ID Data: edstdx.10803.689148 |
| PLink | https://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edstdx&AN=edstdx.10803.689148 |
| RecordInfo | BibRecord: BibEntity: Languages: – Text: English PhysicalDescription: Pagination: PageCount: 159 Subjects: – SubjectFull: Protein engineering Type: general – SubjectFull: FoldX Type: general – SubjectFull: COVID-19 Type: general – SubjectFull: RNA docking Type: general – SubjectFull: AlphaFold2 Type: general – SubjectFull: Enginyeria de proteïnes Type: general – SubjectFull: Acoblament d'ARN Type: general Titles: – TitleFull: Computational engineering of biomolecules Type: main BibRelationships: HasContributorRelationships: – PersonEntity: Name: NameFull: Cianferoni, Damiano IsPartOfRelationships: – BibEntity: Dates: – D: 09 M: 10 Type: published Y: 2023 |
| ResultId | 1 |