Dissertation/ Thesis
Charting the heterogeneity of healthy and malignant immune cells, one cell at a time
| Title: | Charting the heterogeneity of healthy and malignant immune cells, one cell at a time |
|---|---|
| Authors: | Massoni Badosa, Ramon |
| Contributors: | University/Department: Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida |
| Thesis Advisors: | Heyn, Holger, Martín-Subero, José Ignacio |
| Source: | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Publisher Information: | Universitat Pompeu Fabra, 2023. |
| Publication Year: | 2023 |
| Physical Description: | 264 p. |
| Subject Terms: | Single-cell RNA-sequencing, Sampling artifacts, Tonsil, Human Cell Atlas, Richter’s transformation, Seqüenciació d’ARN de cèl·lules individuals, Artefactes de mostreig, Amígdala, Atles de Cèl·lules Humanes, Transformació de Richter |
| Description: | Specialization and plasticity are hallmarks of immune cells. Thus, charting their heterogeneity is crucial to understand their function and role in diseases. In this setting, single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) has emerged as the leading technology to map cell-cell variability at unprecedented resolution. However, scRNA-seq suffers from numerous technical artifacts, which can lead to false conclusions if not accounted for. This thesis uses scRNA-seq in three studies. First, we study the effect of time at room temperature before cryopreservation on single-cell transcriptomes, and propose experimental and computational solutions to mitigate it. Second, we created an atlas of cell types and states in human tonsils, which are a model secondary lymphoid organ (SLO). We discover previously uncharacterized heterogeneity in slan+ cells and T-cells. In the third and final chapter, we chart the clonal evolution of chronic lymphocytic leukemia (CLL) to Richter’s transformation (RT). We show that RT cells are present already at diagnosis and are detectable with scRNA-seq. In addition, we quantify the transcriptomic changes associated with RT, revealing a characteristic OXPHOShighBCRlow axis of variability. Finally, all the code, data and papers derived from this thesis follow the FAIR principles: findable, accessible, interoperable, and reusable; which are vital features of responsible scientific research. |
| Description (Translated): | Les cèl·lules del sistema immunitari es caracteritzen per la seva alta especialització i plasticitat. Per tant, estudiar la seva heterogeneïtat és essencial per entendre la seva funció i paper en les malalties. En aquest context, la seqüenciació d’ARN de cèl·lules individuals (scRNA-seq) s’ha convertit en la tecnologia líder per caracteritzar les cèl·lules i distingir així els diferents perfils d’expressió gènica. No obstant això, aquesta tecnologia presenta varis artefactes tècnics que poden conduir a interpretacions errònies si no es contemplen. En aquesta tesi doctoral s’ha emprat la tecnologia de scRNA-seq en tres estudis diferents. En primer lloc, hem estudiat l’efecte del temps que les cèl·lules passen a temperatura ambient abans de criopreservar-se sobre el seu transcriptoma, tot proposant estratègies de processament per mitigar el seu impacte en dades de scRNA-seq. En segon lloc, hem creat un atles de tipus i estats cel·lulars d’una amígdala humana, un model d’òrgan limfoide secundari. Gràcies al mateix, hem descobert nous estats de cèl·lules mieloides i limfòcits T. Finalment, hem desxifrat l’evolució clonal de la leucèmia limfàtica crònica (LLC) que es transforma i dóna lloc al síndrome de Richter, al mateix temps que hem detectat per scRNA-seq que les cèl·lules de Richter estan ja presents en els estadis inicials de la malaltia. Tanmateix, hem descrit els canvis transcriptomics associats amb el síndrome de Richter, que inclouen un nou eix de variabilitat caracteritzat per un OXPHOSaltBCRbaix. En conjunt, cal destacar que tots els projectes anteriorment mencionats s’han dut a terme seguint els principis de les dades FAIR: localitzable, accessible, interoperable i reutilitzable; característiques que són vitals per a qualsevol investigació científica. Programa de doctorat en Biomedicina |
| Document Type: | Dissertation/Thesis |
| File Description: | application/pdf |
| Language: | English |
| Access URL: | http://hdl.handle.net/10803/687944 |
| Rights: | L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ |
| Accession Number: | edstdx.10803.687944 |
| Database: | TDX |
| FullText | Text: Availability: 0 CustomLinks: – Url: http://hdl.handle.net/10803/687944# Name: EDS - TDX (ns324271) Category: fullText Text: View record in TDX |
|---|---|
| Header | DbId: edstdx DbLabel: TDX An: edstdx.10803.687944 RelevancyScore: 1367 AccessLevel: 3 PubType: Dissertation/ Thesis PubTypeId: dissertation PreciseRelevancyScore: 1366.83459472656 |
| IllustrationInfo | |
| Items | – Name: Title Label: Title Group: Ti Data: Charting the heterogeneity of healthy and malignant immune cells, one cell at a time – Name: Author Label: Authors Group: Au Data: <searchLink fieldCode="AR" term="%22Massoni+Badosa%2C+Ramon%22">Massoni Badosa, Ramon</searchLink> – Name: Author Label: Contributors Group: Au Data: University/Department: Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida – Name: Author Label: Thesis Advisors Group: Au Data: Heyn, Holger<br />Martín-Subero, José Ignacio – Name: TitleSource Label: Source Group: Src Data: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) – Name: Publisher Label: Publisher Information Group: PubInfo Data: Universitat Pompeu Fabra, 2023. – Name: DatePubCY Label: Publication Year Group: Date Data: 2023 – Name: PhysDesc Label: Physical Description Group: PhysDesc Data: 264 p. – Name: Subject Label: Subject Terms Group: Su Data: <searchLink fieldCode="DE" term="%22Single-cell+RNA-sequencing%22">Single-cell RNA-sequencing</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Sampling+artifacts%22">Sampling artifacts</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Tonsil%22">Tonsil</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Human+Cell+Atlas%22">Human Cell Atlas</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Richter%27s+transformation%22">Richter’s transformation</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Seqüenciació+d%27ARN+de+cèl·lules+individuals%22">Seqüenciació d’ARN de cèl·lules individuals</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Artefactes+de+mostreig%22">Artefactes de mostreig</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Amígdala%22">Amígdala</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Atles+de+Cèl·lules+Humanes%22">Atles de Cèl·lules Humanes</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Transformació+de+Richter%22">Transformació de Richter</searchLink> – Name: Abstract Label: Description Group: Ab Data: Specialization and plasticity are hallmarks of immune cells. Thus, charting their heterogeneity is crucial to understand their function and role in diseases. In this setting, single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) has emerged as the leading technology to map cell-cell variability at unprecedented resolution. However, scRNA-seq suffers from numerous technical artifacts, which can lead to false conclusions if not accounted for. This thesis uses scRNA-seq in three studies. First, we study the effect of time at room temperature before cryopreservation on single-cell transcriptomes, and propose experimental and computational solutions to mitigate it. Second, we created an atlas of cell types and states in human tonsils, which are a model secondary lymphoid organ (SLO). We discover previously uncharacterized heterogeneity in slan+ cells and T-cells. In the third and final chapter, we chart the clonal evolution of chronic lymphocytic leukemia (CLL) to Richter’s transformation (RT). We show that RT cells are present already at diagnosis and are detectable with scRNA-seq. In addition, we quantify the transcriptomic changes associated with RT, revealing a characteristic OXPHOShighBCRlow axis of variability. Finally, all the code, data and papers derived from this thesis follow the FAIR principles: findable, accessible, interoperable, and reusable; which are vital features of responsible scientific research. – Name: Abstract Label: Description (Translated) Group: Ab Data: Les cèl·lules del sistema immunitari es caracteritzen per la seva alta especialització i plasticitat. Per tant, estudiar la seva heterogeneïtat és essencial per entendre la seva funció i paper en les malalties. En aquest context, la seqüenciació d’ARN de cèl·lules individuals (scRNA-seq) s’ha convertit en la tecnologia líder per caracteritzar les cèl·lules i distingir així els diferents perfils d’expressió gènica. No obstant això, aquesta tecnologia presenta varis artefactes tècnics que poden conduir a interpretacions errònies si no es contemplen. En aquesta tesi doctoral s’ha emprat la tecnologia de scRNA-seq en tres estudis diferents. En primer lloc, hem estudiat l’efecte del temps que les cèl·lules passen a temperatura ambient abans de criopreservar-se sobre el seu transcriptoma, tot proposant estratègies de processament per mitigar el seu impacte en dades de scRNA-seq. En segon lloc, hem creat un atles de tipus i estats cel·lulars d’una amígdala humana, un model d’òrgan limfoide secundari. Gràcies al mateix, hem descobert nous estats de cèl·lules mieloides i limfòcits T. Finalment, hem desxifrat l’evolució clonal de la leucèmia limfàtica crònica (LLC) que es transforma i dóna lloc al síndrome de Richter, al mateix temps que hem detectat per scRNA-seq que les cèl·lules de Richter estan ja presents en els estadis inicials de la malaltia. Tanmateix, hem descrit els canvis transcriptomics associats amb el síndrome de Richter, que inclouen un nou eix de variabilitat caracteritzat per un OXPHOSaltBCRbaix. En conjunt, cal destacar que tots els projectes anteriorment mencionats s’han dut a terme seguint els principis de les dades FAIR: localitzable, accessible, interoperable i reutilitzable; característiques que són vitals per a qualsevol investigació científica.<br />Programa de doctorat en Biomedicina – Name: TypeDocument Label: Document Type Group: TypDoc Data: Dissertation/Thesis – Name: Format Label: File Description Group: SrcInfo Data: application/pdf – Name: Language Label: Language Group: Lang Data: English – Name: URL Label: Access URL Group: URL Data: <link linkTarget="URL" linkTerm="http://hdl.handle.net/10803/687944" linkWindow="_blank">http://hdl.handle.net/10803/687944</link> – Name: Copyright Label: Rights Group: Cpyrght Data: L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ – Name: AN Label: Accession Number Group: ID Data: edstdx.10803.687944 |
| PLink | https://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edstdx&AN=edstdx.10803.687944 |
| RecordInfo | BibRecord: BibEntity: Languages: – Text: English PhysicalDescription: Pagination: PageCount: 264 Subjects: – SubjectFull: Single-cell RNA-sequencing Type: general – SubjectFull: Sampling artifacts Type: general – SubjectFull: Tonsil Type: general – SubjectFull: Human Cell Atlas Type: general – SubjectFull: Richter’s transformation Type: general – SubjectFull: Seqüenciació d’ARN de cèl·lules individuals Type: general – SubjectFull: Artefactes de mostreig Type: general – SubjectFull: Amígdala Type: general – SubjectFull: Atles de Cèl·lules Humanes Type: general – SubjectFull: Transformació de Richter Type: general Titles: – TitleFull: Charting the heterogeneity of healthy and malignant immune cells, one cell at a time Type: main BibRelationships: HasContributorRelationships: – PersonEntity: Name: NameFull: Massoni Badosa, Ramon IsPartOfRelationships: – BibEntity: Dates: – D: 13 M: 03 Type: published Y: 2023 |
| ResultId | 1 |