Dissertation/ Thesis
Context dependent selection in molecular evolution
| Τίτλος: | Context dependent selection in molecular evolution |
|---|---|
| Συγγραφείς: | Povolotskaya, Inna |
| Συνεισφορές: | University/Department: Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut |
| Thesis Advisors: | Kondrashov, Fyodor A. |
| Πηγή: | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Στοιχεία εκδότη: | Universitat Pompeu Fabra, 2015. |
| Έτος έκδοσης: | 2015 |
| Φυσική περιγραφή: | 135 p. |
| Θεματικοί όροι: | Protein evolution, Selection, Epistasis, Fitness landscape, Evolución de las proteínas, Selección, Paisaje de fitness, Evolució molecular, Evolució de les proteïnes, Selecció |
| Περιγραφή: | Se ha predicho teóreticamente que la epistasis, es decir, las interacciones genéticas entre diferentes mutaciones, cumple un rol sustancial en procesos evolutivos, tales como la emergencia de la reproducción sexual, la recombinación, la especiación y la evolución adaptativa. Sin embargo, existe poca evidencia experimental o estadística de la ubicuidad de las interacciones epistáticas en la naturaleza. Aquí, estudiamos la evolución de las proteínas a largo plazo, y demostramos que el modelo constante de selección independiente, no es capaz de describir las tasas y patrones de divergencia encontrados en las proteínas: las proteínas divergen mas allá de los límites teóricos y la tasa de divergencia es mucho mas lenta que la esperada. A su vez, demostramos que la evolución de las proteínas se explica mejor bajo la suposición de un intercambio rápido entre los valores de eficacia biológica asociados con aminoácidos individuales. Mas aún, extendemos nuestro estudio computacional y construimos un modelo teórico que captura el efecto de la selección inconstante sobre la evolución molecular. |
| Description (Translated): | Epistasis, or genetic interactions between different mutations, is theoretically predicted to play a substantial role in such evolutionary processes as emergence of sexual reproduction and recombination, speciation, adaptive evolution. However, there is little experimental or statistical evidence of the ubiquity of epistatic interactions in nature. Here, we study long-term protein evolution and show that the constant independent selection model cannot describe rates and patterns of protein divergence: protein sequences diverge beyond theoretical limits and the rate of divergence is much slower than predicted. We show that protein evolution is best explained under the assumption of rapid turnover of fitness values associated with individual amino acids. We further extend this computational study and build a theoretical model to capture the effect of non-constant selection on molecular evolution. Programa de doctorat en Biomedicina |
| Τύπος εγγράφου: | Dissertation/Thesis |
| Περιγραφή αρχείου: | application/pdf |
| Γλώσσα: | English |
| Σύνδεσμος πρόσβασης: | http://hdl.handle.net/10803/384000 |
| Rights: | ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs. |
| Αριθμός Καταχώρησης: | edstdx.10803.384000 |
| Βάση Δεδομένων: | TDX |
| FullText | Text: Availability: 0 CustomLinks: – Url: http://hdl.handle.net/10803/384000# Name: EDS - TDX (ns324271) Category: fullText Text: View record in TDX |
|---|---|
| Header | DbId: edstdx DbLabel: TDX An: edstdx.10803.384000 RelevancyScore: 1302 AccessLevel: 3 PubType: Dissertation/ Thesis PubTypeId: dissertation PreciseRelevancyScore: 1302.44543457031 |
| IllustrationInfo | |
| Items | – Name: Title Label: Title Group: Ti Data: Context dependent selection in molecular evolution – Name: Author Label: Authors Group: Au Data: <searchLink fieldCode="AR" term="%22Povolotskaya%2C+Inna%22">Povolotskaya, Inna</searchLink> – Name: Author Label: Contributors Group: Au Data: University/Department: Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut – Name: Author Label: Thesis Advisors Group: Au Data: Kondrashov, Fyodor A. – Name: TitleSource Label: Source Group: Src Data: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) – Name: Publisher Label: Publisher Information Group: PubInfo Data: Universitat Pompeu Fabra, 2015. – Name: DatePubCY Label: Publication Year Group: Date Data: 2015 – Name: PhysDesc Label: Physical Description Group: PhysDesc Data: 135 p. – Name: Subject Label: Subject Terms Group: Su Data: <searchLink fieldCode="DE" term="%22Protein+evolution%22">Protein evolution</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Selection%22">Selection</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Epistasis%22">Epistasis</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Fitness+landscape%22">Fitness landscape</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Evolución+de+las+proteínas%22">Evolución de las proteínas</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Selección%22">Selección</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Paisaje+de+fitness%22">Paisaje de fitness</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Evolució+molecular%22">Evolució molecular</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Evolució+de+les+proteïnes%22">Evolució de les proteïnes</searchLink><br /><searchLink fieldCode="DE" term="%22Selecció%22">Selecció</searchLink> – Name: Abstract Label: Description Group: Ab Data: Se ha predicho teóreticamente que la epistasis, es decir, las interacciones genéticas entre diferentes mutaciones, cumple un rol sustancial en procesos evolutivos, tales como la emergencia de la reproducción sexual, la recombinación, la especiación y la evolución adaptativa. Sin embargo, existe poca evidencia experimental o estadística de la ubicuidad de las interacciones epistáticas en la naturaleza. Aquí, estudiamos la evolución de las proteínas a largo plazo, y demostramos que el modelo constante de selección independiente, no es capaz de describir las tasas y patrones de divergencia encontrados en las proteínas: las proteínas divergen mas allá de los límites teóricos y la tasa de divergencia es mucho mas lenta que la esperada. A su vez, demostramos que la evolución de las proteínas se explica mejor bajo la suposición de un intercambio rápido entre los valores de eficacia biológica asociados con aminoácidos individuales. Mas aún, extendemos nuestro estudio computacional y construimos un modelo teórico que captura el efecto de la selección inconstante sobre la evolución molecular. – Name: Abstract Label: Description (Translated) Group: Ab Data: Epistasis, or genetic interactions between different mutations, is theoretically predicted to play a substantial role in such evolutionary processes as emergence of sexual reproduction and recombination, speciation, adaptive evolution. However, there is little experimental or statistical evidence of the ubiquity of epistatic interactions in nature. Here, we study long-term protein evolution and show that the constant independent selection model cannot describe rates and patterns of protein divergence: protein sequences diverge beyond theoretical limits and the rate of divergence is much slower than predicted. We show that protein evolution is best explained under the assumption of rapid turnover of fitness values associated with individual amino acids. We further extend this computational study and build a theoretical model to capture the effect of non-constant selection on molecular evolution.<br />Programa de doctorat en Biomedicina – Name: TypeDocument Label: Document Type Group: TypDoc Data: Dissertation/Thesis – Name: Format Label: File Description Group: SrcInfo Data: application/pdf – Name: Language Label: Language Group: Lang Data: English – Name: URL Label: Access URL Group: URL Data: <link linkTarget="URL" linkTerm="http://hdl.handle.net/10803/384000" linkWindow="_blank">http://hdl.handle.net/10803/384000</link> – Name: Copyright Label: Rights Group: Cpyrght Data: ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs. – Name: AN Label: Accession Number Group: ID Data: edstdx.10803.384000 |
| PLink | https://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edstdx&AN=edstdx.10803.384000 |
| RecordInfo | BibRecord: BibEntity: Languages: – Text: English PhysicalDescription: Pagination: PageCount: 135 Subjects: – SubjectFull: Protein evolution Type: general – SubjectFull: Selection Type: general – SubjectFull: Epistasis Type: general – SubjectFull: Fitness landscape Type: general – SubjectFull: Evolución de las proteínas Type: general – SubjectFull: Selección Type: general – SubjectFull: Paisaje de fitness Type: general – SubjectFull: Evolució molecular Type: general – SubjectFull: Evolució de les proteïnes Type: general – SubjectFull: Selecció Type: general Titles: – TitleFull: Context dependent selection in molecular evolution Type: main BibRelationships: HasContributorRelationships: – PersonEntity: Name: NameFull: Povolotskaya, Inna IsPartOfRelationships: – BibEntity: Dates: – D: 16 M: 02 Type: published Y: 2015 |
| ResultId | 1 |