Dissertation/ Thesis
Studium záměny kovů S1 nukleasy metodami anomálního rozptylu ; Analysis of Exchange of Metals in S1 Nuclease using Anomalous Dispersion
| Title: | Studium záměny kovů S1 nukleasy metodami anomálního rozptylu ; Analysis of Exchange of Metals in S1 Nuclease using Anomalous Dispersion |
|---|---|
| Authors: | Jakub Hrubý |
| Contributors: | Kolenko Petr, škerlová Jana |
| Publisher Information: | České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum. Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre. |
| Publication Year: | 2023 |
| Collection: | Czech Technical University in Prague: Digital Library / České vysoké učení technické v Praze: Digitální knihovna ČVUT |
| Subject Terms: | S1 nukleasa, záměna kovu, krystalizace, rentgenová difrakce, anomální rozptyl, strukturní analýza, synchrotron, zpracování difrakčních dat, rentgenová krystalografie, makromolekulární krystalografie, S1 nuclease, metal ion exchange, crystallisation, X-ray diffraction, anomalous scattering, structure analysis, diffraction data processing, X-ray crystallography, macromolecular crystallography |
| Description: | S1 nukleasa je metaloenzym široce využívaný v biotechnologických aplikacích. Aktivita S1 nukleasy závisí na přítomnosti třech iontů zinku v aktivním místě. V této práci byla S1 nukleasa, ovlivněná chelatačním činidlem kyselinou ethylendiamintetraoctovou, krystalizována v přítomnosti NiCl2, resp. CdCl2. Se získanými krystaly byly provedeny difrakční experimenty za využití různých energií rentgenového záření. Úspěšná záměna kovových iontů byla potvrzena pomocí anomálního signálu. Záměna za Ni2+ proběhla na jedné pozici, Cd2+ ionty byly pozorovány na dvou ze tří pozic. V obou případech proběhla záměna bez výrazných strukturních změn v aktivním místě. ; S1 nuclease is a metalloenzyme commonly used in various biotechnology applications. The activity of S1 nuclease depends on the presence of three zinc ions in the active site. In this work, S1 nuclease treated with a chelating agent ethylenediaminetetraacetic acid was crystallised in the presence of NiCl2 or CdCl2. A diffraction experiment using multiple X-ray energies was performed with the obtained crystals. The successful exchange of metal ions was confirmed using anomalous scattering. Ni2+ ion was observed at a single position, whereas Cd2+ ions were observed at two out of three positions. In both cases, the structure of the surrounding amino acid residues remained mostly intact. |
| Document Type: | master thesis |
| File Description: | application/pdf |
| Language: | unknown |
| Relation: | http://hdl.handle.net/10467/108243 |
| Availability: | http://hdl.handle.net/10467/108243 |
| Rights: | A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html ; Vysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html |
| Accession Number: | edsbas.13D33110 |
| Database: | BASE |
Be the first to leave a comment!