Academic Journal
Секвенирование длинных прочтений по технологии Oxford Nanopore – эффективный инструмент для изучения организации бактериальных геномов с вариабельной структурой
| Τίτλος: | Секвенирование длинных прочтений по технологии Oxford Nanopore – эффективный инструмент для изучения организации бактериальных геномов с вариабельной структурой |
|---|---|
| Πηγή: | VII Пущинская конференция «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов», шко- ла-конференция для молодых ученых, аспирантов и студентов «Генетические технологии в микробио- логии и микробное разнообразие». |
| Στοιχεία εκδότη: | Crossref, 2024. |
| Έτος έκδοσης: | 2024 |
| Θεματικοί όροι: | таксономия, контига, секвенирование, репликон |
| Περιγραφή: | В настоящее время секвенирование полных геномов является одним из основных подходов для определения генетической организации исследуемых организмов. Информация о последовательности и структуре полного генома позволяет с высокой точностью планировать молекулярно-биологические и генетические эксперименты.Результатом секвенирования коротких прочтений (в основном по технологии Illumina) и последующей сборки являются протяжённые фрагменты – контиги, которые дают общее представление о геноме изучаемого организма. Тем не менее, воссоздать полные последовательности репликонов, особенно у штаммов с большим количеством повторов, мобильных генетических элементов (МГЭ) и коротких консервативных областей, с помощью секвенирования коротких прочтений практически невозможно даже при наличии референса – полностью собранного генома родственного организма.Результатом секвенирования геномной ДНК по технологии Oxford Nanopore являются длинные прочтения, сборка которых позволяет с высокой точностью воссоздавать структуры полных репликонов даже в том случае, когда объектом исследования являются бактериальные геномы с большим количеством МГЭ и высококонсервативных повторяющихся областей. Коллективом авторов на оборудовании MinION (ONT) на базе лаборатории физиологии микроорганизмов выполняется секвенирование и сборка геномов различных актинобактерий (Gordonia, Rhodococcus), протеобактерий (Pseudomonas), а также дрожжей.Выполнено секвенирование штамма Rhodococcus (erythropolis) VT6. Собранные последовательности всех репликонов были сравнены с ранее полученными коллективом авторов сборками штаммов R. qingshengii 7B [1] и R. erythropolis X5 [2]. Интересно отметить, что, несмотря на родство протяжённых участков ДНК, расположены они в геномах штаммов по-разному. При секвенировании штамма VT6 получено 1.716.067.812 нуклеотидов, распределённых по 171.434 прочтениям, из которых 130.800 (76.3%) имели качество Q > 10. Геном этого штамма имеет сложную структуру, включающую многочисленные МГЭ, а также внехромосомные генетические элементы. Геном состоит из хромосомы (6.464.421 п.н.) и 4 плазмид: 498 т.п.н., 187 т.п.н., 133 т.п.н. (кольц.), 100 т.п.н. (кольц.). Среднее покрытие – 120. Для коррекции мелких ошибок мы используем данные Illumina. Концы кольцевых элементов достоверно перекрываются.Описанный в данной работе подход, включающий секвенирование длинных прочтений, сборку и анализ полученных данных, позволяет с достаточной точностью собирать не контиги, а полные репликоны, структура которых достоверно подтверждена. Коллектив авторов планирует расширять таксономическое разнообразие объектов, секвенируемых указанным методом, что позволит внести значительный вклад в изучение структур полных геномов микроорганизмов. |
| Τύπος εγγράφου: | Article Conference object |
| Γλώσσα: | Russian |
| DOI: | 10.34756/geos.2021.17.37953 |
| Αριθμός Καταχώρησης: | edsair.doi...........be0ccb620f9eccc12805d2c9fef75e17 |
| Βάση Δεδομένων: | OpenAIRE |
| DOI: | 10.34756/geos.2021.17.37953 |
|---|