Academic Journal
Сравнение геномов бактериофагов рода Tequatrovirus методом генетического штрихкодирования
| Τίτλος: | Сравнение геномов бактериофагов рода Tequatrovirus методом генетического штрихкодирования |
|---|---|
| Πηγή: | Школа-конференция молодых ученых, аспирантов и студентов «Генетические технологии в микробиологии и микробное разнообразие». |
| Στοιχεία εκδότη: | Crossref, 2024. |
| Έτος έκδοσης: | 2024 |
| Θεματικοί όροι: | генетическое штрихкодирование, мультиплексная ПЦР, биоинформатический метод исследования геномов |
| Περιγραφή: | Проведено сравнительное исследование родства фагов с помощью метода генетического штрихкодирования на основе проведения виртуальной мультиплексной ПЦР. Данный метод анализа ранее применялся авторами для сравнения геномов растений и пород собак (размеры геномов от нескольких млн до млрд п.н.) [1–2], однако он не был апробирован на геномах длиной несколько сотен тыс. п.н. С помощью метода без использования выравнивания, описанного в [3], были исследованы все геномы фагов класса Caudoviricetes. Для анализа были взяты 63 генома бактериофагов из рода Tequatrovirus, которые были отобраны в базе данных Refseq c помощью ряда критериев, основанных на проверке аннотаций геномов методом пангеномного анализа [4]. В качестве внешних групп были добавлены геномы 2 фагов из рода Mosigvirus (RB69, vB_EcoM_JS09) и 2 фагов из рода Dhakavirus (JS10, JS98). Всего было использовано 67 геномов. Для оценки филогенетического родства авторами был использован метод виртуального мультиплексного RAPD-анализа [5] с 4 праймерами GCTGAT, GGACTT, GGTCAA, GTCGTA. Был проведен поиск всех возможных ампликонов для вышеуказанных праймеров при проведении мультиплексной ПЦР в размере от 51 до 500 нуклеотидов. Найденные размеры ампликонов были переведены в бинарный формат, где «1» означает наличие ампликона определённой длины, «0» – отсутствие ампликона определённой длины. На основе полученной бинарной последовательности были построены генетические штрихкоды и составлена матрица попарных расстояний между геномами. Пример результатов анализа для каждого генома представлен в табл. 1. Далее на основе матрицы попарных расстояний с помощью метода UPGMA было построено филогенетическое дерево (рис. 1). На представленном дереве видно, что представители родов Mosigvirus и Dhakavirus (обведены чёрным треугольником), как и ожидалось, выделяются в виде отдельной группы, что указывает на их меньшую степень родственности к фагам рода Tequatrovirus. То есть в целом метод выявления родственности геномов на основе моделирования виртуальной ПЦР может быть применим для геномов небольшого размера, но в дальнейшем важно провести более детальное сравнение с деревом, полученным на основе матрицы попарных расстояний между геномами по нуклеотидным 10-мерам. Однако проведенный анализ показал, что предложенный метод ДНК-штрихкодирования может быть использован для ДНК-паспортизации фагов Т4-типа. |
| Τύπος εγγράφου: | Article Conference object |
| Γλώσσα: | Russian |
| DOI: | 10.34756/geos.2023.17.38768 |
| Αριθμός Καταχώρησης: | edsair.doi...........0fc98c9fbcd1b82ca5e9d4513c5a0cdb |
| Βάση Δεδομένων: | OpenAIRE |
| DOI: | 10.34756/geos.2023.17.38768 |
|---|