Proper account of auto-correlations improves decoding performances of state-space (semi) Markov models

Authors: Bez, Nicolas, Gloaguen, Pierre, Etienne, Marie-Pierre, Lanco, Sophie, Joo, Rocío, Rivot, Etienne, Walker, Emily, Woillez, Mathieu, Mahévas, Stéphanie

Source: Peer Community Journal, Vol 5, Iss , Pp - (2025)

Subject Terms: Hidden Markov models, Hidden semi-Markov models, State decoding accuracy, Simulationestimation, Auto-regressive process, Ground truth, Archaeology, CC1-960, Science

File Description: electronic resource

Relation: https://peercommunityjournal.org/articles/10.24072/pcjournal.535/; https://doaj.org/toc/2804-3871

Access URL: https://doaj.org/article/e38919fb1a1d42b69ccec6ef0edc73f9

Investigating Interactions Between Fish and Offshore Wind Farms Using Acoustic Telemetry

Authors: Couturier, Lydie, Taormina, Bastien, Labourgade, Pierre, Herve, Hugo, Woillez, Mathieu, Boujea, Jerome, Stephan, Eric, Reubens, Jan, Trancart, Thomas, Lenfant, Philippe, Feunteun, Eric, Acou, Anthony, Gonse, Marine, Laurans, Martial, Blanpain, Olivier, Besseau, Laurence, Collin, Magali, Duval, Clementine, Figarede, Bernoit, Garnier, Lisa, Heerah, Karine, Herrouin, Guy, Jung, Armelle, Lasne, Emilien, Lecaillon, Gilles, Nogaro, Geraldine, Peignet, Nicolas, Pezy, Jean-Philippe, Praca, Emilie, Resseguier, Paul, Roy, Amedee, Serazin, Thomas, Weller, Claire, Prevot, Jehanne

Source: OCEANS 2025 Brest. :1-7 Jun, 2025

Relation: OCEANS 2025 Brest

Investigating fish reproduction phenology and essential habitats by identifying the main spatio-temporal patterns of fish distribution

Authors: Alglave, Baptiste, Olmos, Maxime, Casemajor, Juliette, Etienne, Marie-Pierre, Rivot, Etienne, Woillez, Mathieu, Vermard, Youen

Contributors: Cliquet, Catherine, Laboratoire des sciences et techniques de l'information, de la communication et de la connaissance (Lab-STICC), École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom Paris (IMT), Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut Agro Rennes Angers

Source: Ices Journal Of Marine Science (1054-3139) (Oxford University Press (OUP)), 2024-08, Vol. 81, N. 8, P. 1563-1574

Subject Terms: 0106 biological sciences, [SDV.SA.STP] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of fishery, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, 01 natural sciences, intra- and inter-variability, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, spatiotemporal modeling, 13. Climate action, [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, [SDV.SA.STP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of fishery, species distribution, [SDV.BA.ZV] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, spawning season, [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, 14. Life underwater, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, spawning phenology

File Description: application/pdf

Access URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00904/101558/112416.pdf
https://archimer.ifremer.fr/doc/00904/101558/
https://archimer.ifremer.fr/doc/00904/101558/112417.docx
https://archimer.ifremer.fr/doc/00904/101558/114658.pdf

Développement d'un indicateur d'abrasion des fonds marins par les arts de pêche trainants pour l'évaluation du bon état écologique des habitats benthiques

Authors: Georges, Vincent, Begot, Eric, Vaz, Sandrine, Duchêne, Julie, Fabri, Marie-Claire, Laffargue, Pascal, Leblond, Emilie, Rodriguez, Julien, Woillez, Mathieu, Menot, Lenaick

File Description: application/pdf; pdf

Access URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00743/85532/
https://archimer.ifremer.fr/doc/00743/85532/120048.pdf

Combining acoustic telemetry with archival tagging to investigate the spatial dynamic of the understudied pollack, Pollachius pollachius

Authors: Gonse, Marine, Laurans, Martial, Magin, Justus, Odaka, Tina, Delouis, Jean‐Marc, Martin, Stéphane, Garren, François, Lazard, Coline, Drogou, Mickael, Stamp, Thomas, Davies, Peter, Hall, Alice, Sheehan, Emma, Woillez, Mathieu

Contributors: POTHIER, Nathalie, Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire d'Océanographie Physique et Spatiale (LOPS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (IPMC), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UniCA), School of Biological and Marine Sciences, Plymouth University

Source: J Fish Biol
Journal Of Fish Biology (0022-1112) (Wiley), 2025-05, Vol. 106, N. 5, P. 1400-1421

Subject Terms: connectivity, [SDV.SA.STP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of fishery, movement ecology, habitat use, [SDV.SA.STP] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of fishery, Regular Article, 14. Life underwater, geolocation model, hidden Markov model

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38663999
https://hal.inrae.fr/hal-04647960v1
https://hal.inrae.fr/hal-04647960v1/document
https://doi.org/10.1111/jfb.15750
https://archimer.ifremer.fr/doc/00888/100008/110229.pdf
https://archimer.ifremer.fr/doc/00888/100008/110230.pdf
https://archimer.ifremer.fr/doc/00888/100008/110231.pdf
https://archimer.ifremer.fr/doc/00888/100008/
https://archimer.ifremer.fr/doc/00888/100008/110227.pdf
https://archimer.ifremer.fr/doc/00888/100008/110228.pdf

Final Report Global Fish Tracking System (GFTS)

Authors: Wiesmann, Daniel, orcid:0000-0002-3190-, Odaka, Tina Erica, Fouilloux, Anne, AUTRET, Emmanuelle, Woillez, Mathieu, Ragan-Kelley, Benjamin

Relation: https://zenodo.org/records/17208443; oai:zenodo.org:17208443; https://doi.org/10.5281/zenodo.17208443

Availability: https://doi.org/10.5281/zenodo.17208443
https://zenodo.org/records/17208443

Deliverable 5.6 - Use case Exploitation Roadmap for the Global Fish Tracking System (GFTS)

Authors: Wiesmann, Daniel, orcid:0000-0002-3190-, Odaka, Tina Erica, Fouilloux, Anne, AUTRET, Emmanuelle, Woillez, Mathieu, Ragan-Kelley, Benjamin

Relation: https://zenodo.org/records/17208413; oai:zenodo.org:17208413; https://doi.org/10.5281/zenodo.17208413

Availability: https://doi.org/10.5281/zenodo.17208413
https://zenodo.org/records/17208413

Deliverable 5.4 - User Validation Report for the Global Fish Tracking System (GFTS)

Authors: Wiesmann, Daniel, orcid:0000-0002-3190-, Odaka, Tina Erica, Fouilloux, Anne, AUTRET, Emmanuelle, Woillez, Mathieu, Ragan-Kelley, Benjamin

Relation: https://zenodo.org/records/17208380; oai:zenodo.org:17208380; https://doi.org/10.5281/zenodo.17208380

Availability: https://doi.org/10.5281/zenodo.17208380
https://zenodo.org/records/17208380

Deliverable 5.5 - GFTS Use Case Promotion Package

Authors: Wiesmann, Daniel, orcid:0000-0002-3190-, Odaka, Tina Erica, Fouilloux, Anne, Autret, Emmanuelle, Woillez, Mathieu, Ragan-Kelley, Benjamin

Relation: https://zenodo.org/records/17208349; oai:zenodo.org:17208349; https://doi.org/10.5281/zenodo.17208349

Availability: https://doi.org/10.5281/zenodo.17208349
https://zenodo.org/records/17208349

Deliverable 5.3 - GFTS Use case Application

Authors: Wiesmann, Daniel, orcid:0000-0002-3190-, Odaka, Tina Erica, Fouilloux, Anne, Autret, Emmanuelle, Woillez, Mathieu, Ragan-Kelley, Benjamin

Subject Terms: Oceanography, Big data

Relation: https://zenodo.org/records/17208336; oai:zenodo.org:17208336; https://doi.org/10.5281/zenodo.17208336

Availability: https://doi.org/10.5281/zenodo.17208336
https://zenodo.org/records/17208336

Deliverable 5.2 - Use Case Descriptor for GFTS Use Case Application

Authors: Wiesmann, Daniel, orcid:0000-0002-3190-, Odaka, Tina Erica, Fouilloux, Anne, Autret, Emmanuelle, Woillez, Mathieu, Ragan-Kelley, Benjamin

Relation: https://zenodo.org/records/17208329; oai:zenodo.org:17208329; https://doi.org/10.5281/zenodo.17208329

Availability: https://doi.org/10.5281/zenodo.17208329
https://zenodo.org/records/17208329

Deliverable 5.1 - Project Management Plan for GFTS Use Case Application

Authors: Wiesmann, Daniel, orcid:0000-0002-3190-, Odaka, Tina Erica, Fouilloux, Anne, Autret, Emmanuelle, Woillez, Mathieu, Ragan-Kelley, Benjamin

Relation: https://zenodo.org/records/17208319; oai:zenodo.org:17208319; https://doi.org/10.5281/zenodo.17208319

Availability: https://doi.org/10.5281/zenodo.17208319
https://zenodo.org/records/17208319

The Global Fish Tracking System for Impactful Marine Conservation

Authors: Odaka, Tina Erica, orcid:0000-0002-1500-, Fouilloux, Anne, Wiesmann, Daniel, AUTRET, Emmanuelle, Woillez, Mathieu, Ragan-Kelley, Benjamin

Relation: https://zenodo.org/records/15224060; oai:zenodo.org:15224060; https://doi.org/10.5281/zenodo.15224060

Availability: https://doi.org/10.5281/zenodo.15224060
https://zenodo.org/records/15224060

SEAwise Report on consistent targets and limits for indicators in an ecosystem context

Authors: Alexander Kempf, Marc Taylor, Bernhard Kühn, Jonas Letschert, Elliot John Brown, Vanessa Trijoulet, Morten Vinther, Pierre-Yves Hernvann, Raphaël Girardin, Marie Savina-Rolland, Sigrid Lehuta, Ghassen Halouani, Marianne Robert, Woillez, Mathieu, Stéphanie Mahevas, Morgane Travers-Trolet, Marga Andres, Dorleta Garcia, Leire Ibaibarriaga, Sonia Sánchez-Maroño, Amaia Astarloa Diaz, Miren Altuna-Etxabe, A. Mencia, Luke Batts, David Reid, Isabella Bitetto, Maria Teresa Spedicato, Giovanni Romagnonia, Guiseppe Lembo, Walter Zupa, Marianna Giannoulaki, Vasiliki Sgardeli, Georgia Papantoniou, Stavroula Tsoukali, Angelos Liontakis, Celia Vassilopoulou, Sarah Millar, J., Gert van Hoey, Klaas Sys, Karen van de Wolfshaar, Gerjan Piet, Katell Hamon, Marloes Kraan, Sophie Smout, Janneke Ransijn, Robert Thorpe, Chris Lynam, Joanna Bluemel, Rüdiger Voss, Henn Ojaveer, Kristiina Hommik, Paco Melia, Didier Gascuel, Mikaela Potier, Didzis Ustups, Maris Plikshs, Mike Heath, J.J., Logan Binch, Anna Rindorf

Subject Terms: Ecological impacts of climate change and ecological adaptation, Human impacts of climate change and human adaptation, Conservation and biodiversity, Environmental assessment and monitoring, Environmental management, Natural resource management, Fisheries management, bycatch, benthic impact, food web, management strategies, mixed fisheries models, ecosystem models, bio-economic models

Relation: https://figshare.com/articles/online_resource/SEAwise_Report_on_consistent_targets_and_limits_for_indicators_in_an_ecosystem_context/28081649

Availability: https://doi.org/10.11583/dtu.28081649.v1
https://figshare.com/articles/online_resource/SEAwise_Report_on_consistent_targets_and_limits_for_indicators_in_an_ecosystem_context/28081649

SEAwise Report on improved predictive models of growth, production and stock quality under different habitat scenarios and incorporating experimental results

Authors: Leire Ibaibarriaga, Naroa Aldanondo, Paula Álvarez, Yann Aminot, Luke Batts, Nadège Bely, Isabella Bitetto, Guillermo Boyra, Mollie Elizabeth Brooks, Tuan Anh Bui, Pierluigi Carbonara, Loredana Casciaro, Guillem Chust, Sophie Collet, Unai Cotano, Guy Claireaux, Marleen De Troch, J., Camille Detree, Paul Dolder, Heli Einberg, Maite Erauskin-Extramiana, Josean A. Fernandes, Elodie Fleury, Almudena Fontán, Cristina Garcia-Fernandez, Didier Gascuel, Paul Gatti, Maël Gernez, Mike Heath, Dominique Hervio-Heath, Kristiina Hommik, Xabier Irigoien, Bernhard Kühn, Jérémy Le Luyer, Veronique Loizeau, Solen Lozach, Lauriane Madec, David Mazurais, Karine Moisan, Olivier Mouchel, Catherine Munschy, Cosmidano Neglia, Stefan Neuenfeldt, Cyril Noël, Henn Ojaveer, Hélène Ollivier, Michele Palmisano, Dimitris Politikos, J.J., Ivars Putnis, Gunta Rubene, María Santos, Marie Savina-Rolland, José-Antonio Salmeron-Paullada, Ariana Servili, Victor Simon, Michael Spence, Klaas Sys, Fernando G. Taboada, B. Tanguy-Guillo, Marc Taylor, Robert Thorpe, Morgane Travers-Trolet, Konstantinos Tsagarakis, Andres Uriarte, Celia Vassilopoulou, Woillez, Mathieu, José-Luis Zambonino-Infante, Walter Zupa, Anna Rindorf

Subject Terms: Ecological impacts of climate change and ecological adaptation, Growth, Marine fish, Environment, Temperature, Predictive ability

Relation: https://figshare.com/articles/online_resource/SEAwise_Report_on_improved_predictive_models_of_growth_production_and_stock_quality_under_different_habitat_scenarios_and_incorporating_experimental_results/28049597

Availability: https://doi.org/10.11583/dtu.28049597.v1
https://figshare.com/articles/online_resource/SEAwise_Report_on_improved_predictive_models_of_growth_production_and_stock_quality_under_different_habitat_scenarios_and_incorporating_experimental_results/28049597

Elucidating the migrations of European seabass from the southern north sea using mark-recapture data, acoustic telemetry and data storage tags

Authors: Goossens, Jolien^{Aff1, IDs41598024633477_cor1}, Woillez, Mathieu, Wright, Serena, Edwards, Jena E.^{Aff4, Aff5}, De Putter, Georges, Torreele, Els, Verhelst, Pieterjan, Sheehan, Emma, Moens, Tom, Reubens, Jan

Source: Scientific Reports. 14(1)

Acoustic telemetry suggests the lesser spotted dogfish Scyliorhinus canicula stays and uses habitats within a French offshore wind farm

Authors: Labourgade, Pierre ^{a, b}, Couturier, Lydie I.E. ^{a, ∗}, Bourjea, Jérôme ^c, Woillez, Mathieu ^d, Feunteun, Eric ^b, Reubens, Jan T. ^e, Trancart, Thomas ^b

Source: In Marine Environmental Research November 2024 202

Seasonal migration, site fidelity, and population structure of European seabass (Dicentrarchus labrax)

Authors: de Pontual, Helene, Heerah, Karine, Goossens, Jolien, Garren, François, Martin, Stephane, Le Ru, Loic, Le Roy, Didier, Woillez, Mathieu

Contributors: LE PERCHEC, Sophie, Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), France Energies Marines Brest, Marine Biology Research Group, Universiteit Gent = Ghent University = Université de Gand (UGENT), Unité Sciences et Technologies Halieutiques (STH), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)

Source: Ices Journal Of Marine Science (1054-3139) (Oxford university press), 2023-08, Vol. 80, N. 6, P. 1606-1618

Subject Terms: [SDE] Environmental Sciences, depth, stock structure, temperature, geolocation model, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, biologging, [SDE]Environmental Sciences, movement ecology, Dicentrarchus labrax, 14. Life underwater, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, European sea bass, large-scale electronic tagging, spawning site fidelity, DST data storage tag

File Description: application/pdf

Access URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00841/95273/
https://archimer.ifremer.fr/doc/00841/95273/103030.zip
https://archimer.ifremer.fr/doc/00841/95273/103029.pdf

Identifying mature fish aggregation areas during spawning season by combining catch declarations and scientific survey data

Authors: Alglave, Baptiste, Vermard, Youen, Rivot, Etienne, Etienne, Marie-Pierre, Woillez, Mathieu

Contributors: Hervé, Dominique, Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), None, ANR-11-LABX-0020,LEBESGUE,Centre de Mathématiques Henri Lebesgue : fondements, interactions, applications et Formation(2011)

Source: Canadian Journal Of Fisheries And Aquatic Sciences (0706-652X) (Canadian Science Publishing), 2023-05, Vol. 80, N. 5, P. 808-824

Subject Terms: 0106 biological sciences, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], species distribution model, 0207 environmental engineering, [SDV.SA.STP] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of fishery, 02 engineering and technology, 01 natural sciences, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [STAT.AP] Statistics [stat]/Applications [stat.AP], aggregation areas, [SDV.SA.STP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of fishery, hierarchical model, VMS and logbook data, 14. Life underwater, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, fish reproduction areas, spatio-temporal model, 0105 earth and related environmental sciences

File Description: application/pdf

Access URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00817/92910/
https://archimer.ifremer.fr/doc/00817/92910/99342.pdf

Global Fish Tracking Service EGU24 Poster

Authors: Wiesmann, Daniel, Odaka, Tina Erica, Fouilloux, Anne, Autret, Emmanuelle, Woillez, Mathieu, Ragan-Kelley, Benjamin

Subject Terms: 13. Climate action, 14. Life underwater