Seed Breeding Programs Development in JSC ‘‘Shchelkovo Agrochem’’ for Adaptive Crop Production in Russia

Πηγή: Научно-агрономический журнал. :05-11

Θεματικοί όροι: молекулярные маркеры, гибрид, агротехнологии, SNP типирование, сорт, адаптивная селекция, озимая пшеница, соя, индекс NDVI

Comparative Analysis of Molecular-Genetic Properties in Non-Toxigenic Vibrio cholerae O1 Strains Biovar El Tor, Isolated in Russia and on Cholera Endemic Territories ; Сравнительный анализ молекулярно-генетических свойств нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae O1 биовара Эль Тор, изолированных в России и на эндемичных по холере территориях

Συγγραφείς: A. A. Kritsky, N. I. Smirnova, T. B. Kalyaeva, N. F. Obrotkina, I. V. Gracheva, A. D. Katyshev, V. V. Kutyrev, А. А. Крицкий, Н. И. Смирнова, Т. Б. Каляева, Н. Ф. Оброткина, И. В. Грачева, А. Д. Катышев, В. В. Кутырев

Πηγή: Problems of Particularly Dangerous Infections; № 3 (2021); 72-82 ; Проблемы особо опасных инфекций; № 3 (2021); 72-82 ; 2658-719X ; 0370-1069

Θεματικοί όροι: SNP-типирование, bio-information analysis, genotype, sequence-type, SNP-typing, биоинформационный анализ, генотип, сиквенс-тип

Περιγραφή αρχείου: application/pdf

Relation: https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1550/1235; Hu D., Liu B., Feng L., Ding P., Guo X., Wang M., Cao B., Reeves P.R., Wang L. Origins of the current seventh cholera pandemic. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2016; 113(48):Е7730–Е7739. DOI:10.1073/pnas.1608732113.; Москвитина Э.А., Янович Е.Г., Куриленко М.Л., Кругликов В.Д., Титова С.В., Левченко Д.А., Водопьянов А.С., Лопатин А.А., Иванова С.М., Мишанькин Б.М., Кривенко А.С., Анисимова Г.Б., Носков А.К. Холера: мониторинг эпидемиологической обстановки в мире и России (2010–2019 гг.). Прогноз на 2020 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 2:38–47. DOI:10.21055/0370-1069-2020-2-38-47.; Миронова Л.В. Современные представления о закономерностях эпидемического процесса при холере: экологические и молекулярно-биологические аспекты. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2018; 23(5):242–50. DOI:10.18821/1560-9525-2018-23-5-242-250.; Karaolis D.K., Johnson J.A., Bailey C.C., Boedeker E.C., Kaper J.B., Reeves P.R. A Vibrio cholerae pathogenicity island associated with epidemic and pandemic strains. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1998; 95(6):3134–9. DOI:10.1073/pnas.95.6.3134.; Waldor M.K., Mekalanos J.J. Lysogenic conversion by a flamentous phage encoding cholera toxin. Science. 1996; 272(5270):1910–4. DOI:10.1126/science.272.5270.1910.; Jermyn W.S., Boyd E.F. Characterization of a novel Vibrio pathogenicity island (VPI-2) encoding neuraminidase (nanH) among toxigenic Vibrio cholerae isolates. Microbiology (Reading). 2002; 148(Pt 11):3681–93. DOI:10.1099/00221287-148-11-3681.; Dziejman M., Balon E., Boyd D., Fraser C.M., Heidelberg J.F., Mekalanos J.J. Comparative genomic analysis of Vibrio cholerae: genes that correlate with cholera endemic and pandemic disease. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2002; 99(3):1556–61. DOI:10.1073/pnas.042667999.; Смирнова Н.И., Кульшань Т.А., Баранихина Е.Ю., Краснов Я.М., Агафонов Д.А., Кутырев В.В. Структура генома и происхождение нетоксигенных штаммов Vibrio choleraе биовара Эль Тор с различной эпидемиологической значимостью. Генетика. 2016; 52(9):1029–41. DOI:10.7868/S0016675816060126.; Siriphap A., Leekitcharoenphon P., Kaas R.S., Theethakaew Ch., Aarestrup F.M., Sutheinkul O., Hendriksen R.S. Characterization and genetic variation of Vibrio cholerae isolated from clinical and environmental sources in Thailand. PLoS ONE. 2017; 12(1):eb169324. DOI:10.1371/journal.pone.0169324.; Wang H., Yang Ch., Sun Z., Zheng W., Yu H., Wu Y., Didelot X., Yang R., Pan J., Cui Y. Genomic epidemiology of Vibrio cholerae reveals the regional and global spread of two epidemic nontoxigenic lineages. PLoS Negl. Trop. Dis. 2020; 14(2):e0008046. DOI:10.1371/journal.pntd.0008046.; Левченко Д.А., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Титова С.В., Архангельская И.В., Непомнящая Н.Б., Ежова М.И. ГИС: возможности анализа данных фено- и генотипирования холерных вибрионов О1 серогруппы Эль Тор, изолированных из водных объектов окружающей среды на территории Российской Федерации. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2016; 6:19–25. DOI:10.36233/0372-9311-2016-6-19-25.; Кулешов К.В., Маркелов М.Л., Дедков В.Г., Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Керманов А.В., Писанов Р.В., Кругликов В.Д., Мазрухо А.Б., Малеев В.В., Шипулин Г.А. Филогенетический анализ геномов штаммов Vibrio cholerae, выделенных на территории Ростовской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2013; 6:13–20.; Зубкова Д.А., Кругликов В.Д., Архангельская И.В., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б., Водопьянов С.О. Генетические особенности штаммов холерных вибрионов О1 серогруппы ctxA–tcpA+, выделенных из водных объектов Российской Федерации, охарактеризованные с помощью новой геоинформационной системы. Здоровье населения и среда обитания. 2014; 9:32–5.; Титова С.В., Монахова Е.В. О потенциальной опасности нетоксигенных штаммов холерных вибрионов, содержащих гены токсин-коррегулируемых пилей адгезии. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2016; 5:65–72.; Миронова Л.В., Пономарева А.С., Хунхеева Ж.Ю., Гладких А.С., Балахонов С.В. Генетическое разнообразие Vibrio cholerae О1 El Tor при эпидемических осложнениях в Сибирском и Дальневосточном регионах. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2019; 37(4):165–72. DOI:10.17116/molgen201937041165.; MukhopadhyayA.K., Chakraborty S., Takeda Y., Nair G.B., Berg D.E. Characterization of VPI pathogenicity island and CTXphi prophage in environmental strains of Vibrio cholerae. J. Bacteriol. 2001; 183(16):4737–46. DOI:10.1128/JB.183.16.4737-4746.2001.; Faruque S.M., Chowdhury N., Kamruzzaman M., Dziejman M., Rahman M.H., Sack D.A., Nair G.B., Mekalanos J.J. Genetic diversity and virulence potential of environmental Vibrio cholerae population in a cholera-endemic area. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2004; 101(7):2123–8. DOI:10.1073/pnas.0308485100.; O’Shea Y.A., Reen F.J., Quirke A.M., Boyd E.F. Evolutionary genetic analysis of the emergence of epidemic Vibrio cholerae isolates on the basis of comparative nucleotide sequence analysis and multilocus virulence gene profles. J. Clin. Microbiol. 2004; 42(10):4657–71. DOI:10.1128/JCM.42.10.4657-4671.2004.; Pang B., Yan M., Cui Z., Ye X., Diao B., Ren Y., Gao S., Zhang L., Kan B. Genetic diversity of toxigenic and nontoxigenic Vibrio cholerae serogrups O1 and O139 revealed by array-based comparative genomic hybridization. J. Bacteriol. 2007; 189(13):4837–49. DOI:10.1128/JB.01959-06.; Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Мишанькин М.Б., Сучков И.Ю., Мишанькин Б.Н. Вариабельные тандемные повторы, выявленные при компьютерном анализе генома Vibrio choleraе. Биотехнология. 2001; 6:85–8.; Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Олейников И.П., Мишанькин Б.Н. INDEL-типирование штаммов Vibrio cholerae. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2017; 22(4):195–200. DOI:10.18821/1560-9529-2017-22-4-195-200.; Baddam R., Sarker N., Ahmed D., Mazumder R., Abdullah A., Morshed R., Hussain A., Begum S., Shahrin L., Khan A.I., Islam M.S., Ahmed T., Alam M., Clemens J.D., Ahmed N. Genome dynamics of Vibrio cholerae isolates linked to seasonal outbreaks of cholera in Dhaka, Bangladesh. mBio. 2020; 11(1):e03339-19. DOI:10.1128/mBio.03339-19.; Mavian C., Paisie T.K., Alam M.T., Browne C., Beau De Rochars V.M., Nembrini S., Cash M.N., Nelson E.J., Azarian T., Ali A., Morris J.G. Jr, Salemi M. Toxigenic Vibrio cholerae evolution and establishment of reservoirs in aquatic ecosystems. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2020; 117(14):7897–904. DOI:10.1073/pnas.1918763117.; Левченко Д.А., Архангельская И.В., Кругликов В.Д., Гаевская Н.Е., Ежова М.И., Ренгач М.В. Результаты мониторинга холерных вибрионов на территории Республики Калмыкия в 2013–2017 гг. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2019; 9(4):6–11. DOI:10.18565/epidem.2019.94.6-11.; Смирнова Н.И., Агафонова Е.Ю., Щелканова Е.Ю., Агафонов Д.А., Краснов Я.М., Ливанова Л.Ф., Кутырев В.В. Геномное разнообразие нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae O1, выделенных на территории России и сопредельных стран. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2018; 36(2):76–86. DOI:10.18821/0208-0613-2018-36-2-76-84.; Миронова Л.В., Афанасьев М.В., Гольдапель Э.Г., Балахонов С.В. Мультилокусное сиквенс-типирование штаммов Vibrio cholerae разной эпидемической значимости. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2015; 33(2):26–32.; Миронова Л.В., Бочалгин Н.О., Гладких А.С., Феранчук С.И., Пономарева А.С., Балахонов С.В. Филогенетическое положение и особенности структуры геномов ctxAB–tcpA+ Vibrio cholerae из поверхностных водоемов на неэндемичной по холере территории. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 1:115–23. DOI:10.21055/0370-1069-2020-1-115-123.; https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1550

Διαθεσιμότητα: https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1550
https://doi.org/10.21055/0370-1069-2021-3-72-82

Biological Properties and Genetic Characteristics of Francisella tularensis Strains Isolated in the Territory of the Rostov Region in 2020 ; Биологические свойства и генетическая характеристика штаммов Francisella tularensis, изолированных на территории Ростовской области в 2020 г.

Συγγραφείς: M. V. Tsimbalistova, V. M. Sorokin, N. V. Aronova, A. S. Anisimova, N. L. Pichurina, N. I. Pasyukova, N. A. Selyanskaya, S. O. Vodop’yanov, A. S. Vodop’yanov, R. V. Pisanov, N. V. Pavlovich, E. V. Kovalev, A. K. Noskov, М. В. Цимбалистова, В. М. Сорокин, Н. В. Аронова, А. С. Анисимова, Н. Л. Пичурина, Н. И. Пасюкова, Н. А. Селянская, С. О. Водопьянов, А. С. Водопьянов, Р. В. Писанов, Н. В. Павлович, Е. В. Ковалев, А. К. Носков

Πηγή: Problems of Particularly Dangerous Infections; № 3 (2021); 134-140 ; Проблемы особо опасных инфекций; № 3 (2021); 134-140 ; 2658-719X ; 0370-1069

Θεματικοί όροι: SNP-типирование, isolation of strains, biological properties, INDEL-typing, VNTR-typing, SNP-typing, выделение штаммов, биологические свойства, INDEL-типирование, VNTR-типирование

Περιγραφή αρχείου: application/pdf

Relation: https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1558/1243; Мещерякова И.С., Добровольский А.А., Демидова Т.Н., Кормилицына М.И., Михайлова Т.В. Трансмиссивная эпидемическая вспышка туляремии в г. Ханты-Мансийске в 2013 году. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2014; 5(78):14–20.; Мокриевич А.Н., Кравченко Т.Б., Фирстова В.В., Титарева Г.М., Дятлов И.А., Тимофеев В.С. Туляремия: состояние проблемы и методы исследования. Оболенск; М.: Династия; 2019. 263 с.; Кудрявцева Т.Ю., Попов В.П., Мокриевич А.Н., Пакскина Н.Д., Холин А.В., Мазепа А.В., Куликалова Е.С., Косилко С.А., Бирковская Ю.А., Транквилевский Д.В., Храмов М.В., Дятлов И.А. Эпидемическая активность природных очагов туляремии на территории Российской Федерации в 2018 г. и прогноз ситуации на 2019 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2019; 1:32–41. DOI:10.21055/0370-1069-2019-1-32-41.; Ковалев Е.В., Карпущенко Г.В., Швагер М.М., Полонский А.В., Сидельников В.В., Гончаров А.Ю., Половинка Н.В. Особенности распространения туляремийной инфекции в Ростовской области. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2017; 16(6):37–40. DOI:10.31631/2073-3046-2017-16-6-37-40.; Родионова И.В. Дифференциация географических рас Francisella tularensis на основании активности цитруллинуреидазы. Лабораторное дело. 1970; 1:42–3.; Цимбалистова М.В., Павлович Н.В. Фосфатазная активность у представителей рода Francisella. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1998; 1:10–3.; Цимбалистова М.В., Павлович Н.В. Особенности формирования устойчивости Francisella tularensis subsp. mediasiatica к ß-лактамным антибиотикам. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2014; 1:3–8.; Директива 2010/63/EU Европейского парламента и Совета Европейского Союза по охране животных, используемых в научных целях. СПб.; 2010. 48 с.; Vogler A.J., Birdsell D., Wagner D.M., Keim P. An optimized, multiplexed multi‐locus variable‐number tandem repeat analysis system for genotyping Francisella tularensis. Lett. Appl. Microbiol. 2009; 48(1):140–4. DOI:10.1111/j.1472-765X.2008.02484.x.; Grissa I., Bouchon P., Pourcel C., Vergnaud G. On-line resources for bacterial micro-evolution studies using MLVA or CRISPR typing. Biochimie. 2008; 90(4):660–8. DOI:10.1016/j.biochi. 2007.07.014.; Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28:2731–9. DOI:10.1093/molbev/msr121.; Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Водопьянов С.О., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П., Кругликов В.Д., Титова С.В. Молекулярная эпидемиология Vibrio cholerae – разработка алгоритма анализа данных полногеномного секвенирования. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2016; 21(3):146–52. DOI:10.18821/1560-9529-2016-21-3-146-152.; Транквилевский Д.В., Царенко В.А., Жуков В.И. Современное состояние эпизоотологического мониторинга за природными очагами инфекций в Российской Федерации. Медицинская паразитология и паразитарные болезни. 2016; 2:19–24.; Павлович Н.В., Цимбалистова М.В., Аронова Н.В., Горбатов А.А. Способ оценки вирулентности in vitro штаммов туляремийного микроба подвидов Francisella tularensis subsp. tularensis, subsp. mediasiatica, subsp. holarctica. Патент РФ № 2018118456, опубл. 25.07.2019. Бюл. № 21.; Цимбалистова М.В., Павлович Н.В., Аронова Н.В., Чайка И.А., Чайка С.О., Водопьянов А.С. Масс-спектрометрический анализ природных и антиген-измененных штаммов туляремийного микроба. Проблемы особо опасных инфекций. 2017; 4:92–6. DOI:10.21055/0370-1069-2017-4-92-96.; Gyuranecz M., Birdsell D.N., Splettstoesser W., Seibold E., Beckstrom-Sternberg S.M., Makrai L., Fodor L., Fabbi M., Vicari N., Johansson A., Busch J.D., Vogler A.J., Keim P., Wagner D.M. Phylogeography of Francisella tularensis subsp. holarctica, Europe. Emerg. Infect. Dis. 2012; 18(2):290–3. DOI:10.3201/eid1802.111305.; Sissonen S., Rossow H., Karlsson E., Hemmilä H., Henttonen H., Isomursu M., Kinnunen P.M., Pelkola K., Pelkonen S., Tarkka E., Myrtennäs K., Nikkari S., Forsman M. Phylogeography of Francisella tularensis subspecies holarctica in Finland, 1993–2011. Infect. Dis. (Lond). 2015; 47:701–6. DOI:10.3109/23744235.2015.1049657.; Johansson A., Farlow J., Larsson P., Dukerich M., Chambers E., Byström M., Fox J., Chu M.C., Forsman M., Sjöstedt A., Keim P. Worldwide genetic relationships among Francisella tularensis isolates determined by multiple-locus variable-number tandem repeat analysis. J. Bacteriol. 2004; 186:5808–18. DOI:10.1128/JB.186.17.5808-5818.2004.; Schulze C., Heuner K., Myrtennäs K., Karlsson E., Jacob D., Kutzer P., Große K., Forsman M., Grunow R. High and novel genetic diversity of Francisella tularensis in Germany and indication of environmental persistence. Epidemiol. Infect. 2016; 144(14):3025–36. DOI:10.1017/S0950268816001175.; ГнусареваО.А.,КотеневЕ.С., Волынкина А.С.,Чишенюк Т.И., Кулиниченко А.Н. Молекулярно-эпидемиологический анализ вспышки туляремии в Ставропольском крае в 2017 г. Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. 2018; 7(3):57–61. DOI:10.24411/2305-3496-2018-13008.; https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1558

Διαθεσιμότητα: https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1558
https://doi.org/10.21055/0370-1069-2021-3-134-140

К ХАРАКТЕРИСТИКЕ СОРТОВ ОЗИМОЙ ПШЕНИЦЫ ОРЛОВСКОГО БИОТИПА

Θεματικοί όροι: 2. Zero hunger, ИНДЕКС NDVI, ОЗИМАЯ ПШЕНИЦА, ПОЛНОГЕНОМНОЕ SNP ТИПИРОВАНИЕ, МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ, СОРТ