Molecular Dynamics in the Force Field FF14SB in Water TIP4P-Ew, and in the Force Field FF15IPQ in Water SPC/Eb: a Comparative Analysis on GPU and CPU ; Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-EW, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb: сравнительный анализ на GPU и CPU

Authors: Суплатов, Дмитрий Андреевич, Шарапова, Яна Александровна, Попова, Нина Николаевна, Копылов, Кирилл Евгеньевич, Воеводин, Владимир Валентинович, Швядас, Витас Каятоно

Contributors: Russian Foundation for Basic Research grant No. 17-07-00751, Russian Science Foundation grant No. 15-14-00069-P, РФФИ №17-07-00751, РНФ №15-14-00069-П

Source: Computational Mathematics and Software Engineering; Том 8, № 1 (2019); 71-88 ; Вычислительная математика и информатика; Том 8, № 1 (2019); 71-88 ; 2410-7034 ; 2305-9052 ; 10.14529/cmse1901

Subject Terms: classical molecular dynamics, AMBER, force fields FF14SB and FF15IPQ, water models TIP4P-Ew, TIP3P and SPC/Eb, GPU-accelerators Kepler and Pascal, классическая молекулярная динамика, силовые поля FF14SB и FF15IPQ, модели воды TIP4P-Ew, TIP3P и SPC/Eb, GPU-ускорители Kepler и Pascal

File Description: application/pdf

Relation: https://vestnik.susu.ru/cmi/article/view/7732/6851; https://vestnik.susu.ru/cmi/article/downloadSuppFile/7732/1125; https://vestnik.susu.ru/cmi/article/downloadSuppFile/7732/1126; https://vestnik.susu.ru/cmi/article/view/7732

Availability: https://vestnik.susu.ru/cmi/article/view/7732
https://doi.org/10.14529/cmse190105

Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Еь: сравнительный анализ на GPU и CPU

Authors: Suplatov, D.A., Sharapova, Ya.A., Popova, N.N., Kopylov, K.E., Voevodin, VI.V., Svedas, V.K.

Subject Terms: классическая молекулярная динамика, УДК 004.382.2, GPU-ускорители Kepler и Pascal, TIP3P and SPC/Еь, classical molecular dynamics, TIP3P и SPC/Еь, force fields FFlfSB and FF15IPQ, water models TlPfP- Ew, GPU-accelerators Kepler and Pascal, УДК 577.151, силовые поля FF11SB и FF15IPQ, AMBER, модели воды TIPlP-Ew

File Description: application/pdf

Access URL: http://dspace.susu.ru/xmlui/handle/0001.74/34899

Hybrid Computing Clusters to Study Protein Structure, Function and Regulation ; Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков

Authors: Суплатов, Дмитрий Андреевич, Попова, Нина Николаевна, Копылов, Кирилл Евгеньевич, Шегай, Максим Викторович, Воеводин, Владимир Валентинович, Швядас, Витас Каятоно

Contributors: Russian Foundation for Basic Research (Grant №17-07-00751) and Russian Science Foundation (Grant №15-14-00069), РФФИ (грант №17-07-00751) и РНФ (грант №15-14-00069)

Source: Computational Mathematics and Software Engineering; Том 6, № 4 (2017); 74-90 ; Вычислительная математика и информатика; Том 6, № 4 (2017); 74-90 ; 2410-7034 ; 2305-9052

Subject Terms: Hybrid HPC clusters, bioinformatics, molecular modelling, codesign, GPU accelerators, гибридные вычислительные кластеры, биоинформатика, молекулярное моделирование, последовательные этапы, кодизайн, GPU-ускорители

File Description: application/pdf

Relation: https://vestnik.susu.ru/cmi/article/view/6622/5856; https://vestnik.susu.ru/cmi/article/downloadSuppFile/6622/840; https://vestnik.susu.ru/cmi/article/downloadSuppFile/6622/852; https://vestnik.susu.ru/cmi/article/downloadSuppFile/6622/853; https://vestnik.susu.ru/cmi/article/view/6622

Availability: https://vestnik.susu.ru/cmi/article/view/6622
https://doi.org/10.14529/cmse170406