Multiseed Lossless Filtration

Authors: Kucherov, Gregory, Noé, Laurent, Roytberg, Mikhail

Contributors: Kucherov, Gregory, Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (LIFL), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sequential Learning (SEQUOIA), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Institute of Mathematical Problems in Biology (IMPB RAS), Russian Academy of Sciences Moscow (RAS)

Source: Lecture Notes in Computer Science ISBN: 9783540223412

Subject Terms: string matching, Molecular Sequence Data, 0206 medical engineering, [INFO.INFO-DS] Computer Science [cs]/Data Structures and Algorithms [cs.DS], 0102 computer and information sciences, 02 engineering and technology, seed family, Quantitative Biology - Quantitative Methods, 01 natural sciences, Sequence Homology, Nucleic Acid, Quantitative Methods (q-bio.QM), [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], filtration, dynamic programming, Expressed Sequence Tags, gapped q-gram, Base Sequence, oligonucleotide selection, ACM: F.: Theory of Computation/F.2: ANALYSIS OF ALGORITHMS AND PROBLEM COMPLEXITY/F.2.2: Nonnumerical Algorithms and Problems/F.2.2.3: Pattern matching, local alignment, Sequence Analysis, DNA, ACM: G.: Mathematics of Computing/G.2: DISCRETE MATHEMATICS/G.2.3: Applications, sequence similarity, multiple spaced seeds, FOS: Biological sciences, est, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], gapped seed, Sequence Alignment, Algorithms

File Description: application/pdf

Access URL: http://arxiv.org/pdf/0901.3215
https://hal.inria.fr/inria-00354810/file/KucherovNoeRoytberg.pdf
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17044164
http://arxiv.org/abs/0901.3215
https://inria.hal.science/inria-00000718v1
https://doi.org/10.1109/tcbb.2005.12
https://inria.hal.science/inria-00354810v1
https://inria.hal.science/inria-00354810v1/document
https://doi.org/10.1109/tcbb.2005.12
https://rd.springer.com/chapter/10.1007/978-3-540-27801-6_22
https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-540-27801-6_22
http://ui.adsabs.harvard.edu/abs/2009arXiv0901.3215K/abstract
https://dl.acm.org/doi/10.1109/TCBB.2005.12
http://ieeexplore.ieee.org/document/1416851/
https://ieeexplore.ieee.org/document/1416851/
http://export.arxiv.org/pdf/0901.3215
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17044164

Using Structural and Evolutionary Information to Detect and Correct Pyrosequencing Errors in Noncoding RNAs

Authors: Reinharz, Vladimir, Ponty, Yann, Waldispühl, Jérôme

Contributors: Ponty, Yann, McGill Centre for Bioinformatics (MCB), McGill University = Université McGill Montréal, Canada, Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique Palaiseau (LIX), École polytechnique (X), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms and Models for Integrative Biology (AMIB), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Inria de Saclay, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), ANR-10-BLAN-0204,MAGNUM,Méthodes Algorithmiques de Génération aléatoire Non Uniforme, Modèles et applications.(2010)

Source: Journal of Computational Biology. 20:905-919

Subject Terms: 0301 basic medicine, RNA, Untranslated, 0206 medical engineering, 02 engineering and technology, Quantitative Biology - Quantitative Methods, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, RNA, Ribosomal, 16S, Humans, Computer Simulation, Quantitative Methods (q-bio.QM), [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Models, Genetic, Sequence Analysis, RNA, RNA, Ribosomal, 5S, High-Throughput Nucleotide Sequencing, secondary structure, mutations, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], RNA, Bacterial, ROC Curve, FOS: Biological sciences, Next-Generation sequencing, isostericity, RNA, Nucleic Acid Conformation, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Algorithms

File Description: application/pdf

Access URL: https://europepmc.org/articles/pmc3822367?pdf=render
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24134390
http://arxiv.org/abs/1305.7068

SPARCS: a web server to analyze (un)structured regions in coding RNA sequences

Authors: Zhang, Yang, Ponty, Yann, Blanchette, Mathieu, Lecuyer, Eric, Waldispühl, Jérôme

Contributors: Ponty, Yann, McGill Centre for Bioinformatics (MCB), McGill University = Université McGill Montréal, Canada, Institut de Recherches Cliniques de Montréal (IRCM), Université de Montréal (UdeM), Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique Palaiseau (LIX), École polytechnique (X), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms and Models for Integrative Biology (AMIB), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Inria de Saclay, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Department of Biochemistry Montréal, ANR-10-BLAN-0204,MAGNUM,Méthodes Algorithmiques de Génération aléatoire Non Uniforme, Modèles et applications.(2010)

Source: Nucleic Acids Res

Subject Terms: 0301 basic medicine, Internet, 0303 health sciences, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Saccharomyces cerevisiae Proteins, Sequence Analysis, RNA, Proteins, Articles, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Repressor Proteins, 03 medical and health sciences, Nucleic Acid Conformation, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, RNA, Messenger, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Base Pairing, Algorithms, Software, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]

File Description: application/pdf

Access URL: https://academic.oup.com/nar/article-pdf/41/W1/W480/16944176/gkt461.pdf
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23748952
https://inria.hal.science/hal-00819017v1
https://inria.hal.science/hal-00819017v1/document
https://doi.org/10.1093/nar/gkt461
https://paperity.org/p/34537783/sparcs-a-web-server-to-analyze-un-structured-regions-in-coding-rna-sequences
https://europepmc.org/articles/PMC3692110
https://dblp.uni-trier.de/db/journals/nar/nar41.html#ZhangPBLW13
https://hal.inria.fr/hal-00819017/document
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3692110/
https://hal.inria.fr/hal-00819017

RNA Locally Optimal Secondary Structures

Authors: Saffarian, Azadeh, Giraud, Mathieu, de Monte, Antoine, Touzet, Hélène

Contributors: Giraud, Mathieu, Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (LIFL), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatics and Sequence Analysis (BONSAI), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)

Source: Journal of Computational Biology. 19:1120-1133

Subject Terms: ACM: I.: Computing Methodologies/I.5: PATTERN RECOGNITION, 0301 basic medicine, Internet, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Sequence Analysis, RNA, ACM: H.: Information Systems/H.3: INFORMATION STORAGE AND RETRIEVAL, 0206 medical engineering, 02 engineering and technology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], 03 medical and health sciences, Nucleic Acid Conformation, RNA, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Algorithms, Software, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]

File Description: application/pdf

Access URL: https://hal.inria.fr/hal-00756249/file/saffarian-2012-locally-optimal.pdf
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23057822
https://inria.hal.science/hal-00756249v1/document
https://doi.org/10.1089/cmb.2010.0178
https://inria.hal.science/hal-00756249v1
https://online.liebertpub.com/doi/abs/10.1089/cmb.2010.0178
https://hal.inria.fr/hal-00756249
http://www.liebertpub.com/doi/10.1089/cmb.2010.0178
https://www.liebertpub.com/doi/abs/10.1089/cmb.2010.0178
http://online.liebertpub.com/doi/full/10.1089/cmb.2010.0178
https://hal.inria.fr/hal-00756249/document

CTRL: Extension of CTL with regular expressions and fairness operators to verify genetic regulatory networks

Authors: Mateescu, Radu, Monteiro, Pedro T., Dumas, Estelle, Jong, Hidde De

Contributors: Mateescu, Radu, System validation - Research and applications (VASY), Centre Inria de l'Université Grenoble Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modeling, simulation, measurement, and control of bacterial regulatory networks (IBIS), Laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes Grenoble (LAPM), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Inria de l'Université Grenoble Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut Jean Roget, Instituto Superior Técnico (IST / Técnico Lisboa), European Project: 39068,EC-MOAN

Source: Theoretical Computer Science. 412:2854-2883

Subject Terms: 0301 basic medicine, Model checking, [INFO.INFO-SE] Computer Science [cs]/Software Engineering [cs.SE], Temporal logic, [INFO.INFO-SE]Computer Science [cs]/Software Engineering [cs.SE], Theoretical Computer Science, 03 medical and health sciences, temporal logic, ACM: D.: Software/D.2: SOFTWARE ENGINEERING/D.2.4: Software/Program Verification/D.2.4.3: Formal methods, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], 0303 health sciences, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Verification, systems biology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], model checking, ACM: D.: Software/D.2: SOFTWARE ENGINEERING/D.2.4: Software/Program Verification/D.2.4.4: Model checking, 3. Good health, genetic regulatory networks, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], verification, Systems biology, Genetic regulatory networks, Computer Science(all)

File Description: application/pdf

Designing Efficient Spaced Seeds for SOLiD Read Mapping

Authors: Noé, Laurent, Gîrdea, Marta, Kucherov, Gregory

Contributors: Noé, Laurent, Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (LIFL), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sequential Learning (SEQUOIA), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), ANR-07-BLAN-0367,FLASH,Comparison of Complete Genomes: an algorithmic and statistical approach to investigate the mechanisms of bacterial genome evolution(2007)

Source: Adv Bioinformatics

Subject Terms: Spaced seeds, 0301 basic medicine, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Applied Biosystems SOLiD, read mapping, 0206 medical engineering, ACM: E.: Data/E.2: DATA STORAGE REPRESENTATIONS/E.2.2: Hash-table representations, ACM: G.: Mathematics of Computing/G.4: MATHEMATICAL SOFTWARE/G.4.4: Parallel and vector implementations, 02 engineering and technology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], ACM: G.: Mathematics of Computing/G.2: DISCRETE MATHEMATICS/G.2.3: Applications, 03 medical and health sciences, seed design, color space alignment, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Research Article

Access URL: http://downloads.hindawi.com/journals/abi/2010/708501.pdf
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20936175
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20936175
http://europepmc.org/articles/PMC2945724
https://www.hindawi.com/journals/abi/2010/708501/
https://www.archives-ouvertes.fr/inria-00527029v1
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20936175/
http://downloads.hindawi.com/archive/2010/708501.pdf

A New Data Mining Approach for the Detection of Bacterial Promoters Combining Stochastic and Combinatorial Methods

Authors: Eng, Catherine, Asthana, Charu, Aigle, Bertrand, Hergalant, Sébastien, Mari, Jean-Francois, Leblond, Pierre

Contributors: Mari, Jean-François, Laboratoire de génétique et microbiologie (LGM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP), Knowledge representation, reasonning (ORPAILLEUR), INRIA Lorraine, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Université Nancy 2-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Université Nancy 2-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Région Lorraine, CPER-MBI

Source: Journal of Computational Biology 9 (16), 1211-1225. (2009)

Subject Terms: [INFO.INFO-AI] Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], 0301 basic medicine, 0303 health sciences, Binding Sites, Models, Genetic, second-order hidden markov models, transcription factor binding site, Streptomyces coelicolor, STOCHASTIC MODEL, COMBINATORIAL METHODS, SECOND-ORDER HIDDEN MARKOV MODELS, BACTERIAL PROMOTERS, TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE, STREPTOMYCES COELICOLOR, Streptomyces, Markov Chains, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], fouille de données, modèle stochastique, 03 medical and health sciences, modèle mathématique, modèle de markov caché, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, Promoter Regions, Genetic, stochastic model, bacterial promoters, Genome, Bacterial, combinatorial methods

File Description: application/pdf

Access URL: https://hal.inria.fr/inria-00419969/file/jcb-eng.pdf
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19772433
https://inria.hal.science/inria-00419969v1/document
https://doi.org/10.1089/cmb.2008.0122
https://inria.hal.science/inria-00419969v1
http://prodinra.inra.fr/record/48251

On Subset Seeds for Protein Alignment

Authors: Roytberg, Mikhail, Gambin, Anna, Noé, Laurent, Lasota, Slawomir, Furletova, Eugenia, Szczurek, Ewa, Kucherov, Gregory

Contributors: Noé, Laurent, Institute of Mathematical Problems in Biology (IMPB RAS), Russian Academy of Sciences Moscow (RAS), Faculty of Mathematics, Informatics, and Mechanics Warsaw (MIMUW), University of Warsaw (UW), Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (LIFL), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sequential Learning (SEQUOIA), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Department Computational Molecular Biology MPIMG Berlin, Max Planck Institute for Molecular Genetics (MPIMG), Max-Planck-Gesellschaft-Max-Planck-Gesellschaft, ANR-07-BLAN-0367,FLASH,Comparison of Complete Genomes: an algorithmic and statistical approach to investigate the mechanisms of bacterial genome evolution(2007)

Source: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 6:483-494

Subject Terms: 0301 basic medicine, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], 0206 medical engineering, Computational Biology, Proteins, ACM: F.: Theory of Computation/F.2: ANALYSIS OF ALGORITHMS AND PROBLEM COMPLEXITY/F.2.2: Nonnumerical Algorithms and Problems/F.2.2.3: Pattern matching, 02 engineering and technology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Quantitative Biology - Quantitative Methods, Models, Biological, ACM: G.: Mathematics of Computing/G.2: DISCRETE MATHEMATICS/G.2.3: Applications, 03 medical and health sciences, ROC Curve, Terminology as Topic, FOS: Biological sciences, Cluster Analysis, ACM: H.: Information Systems/H.2: DATABASE MANAGEMENT/H.2.8: Database Applications, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, Amino Acid Sequence, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Amino Acids, Sequence Alignment, Algorithms, Quantitative Methods (q-bio.QM), [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]

File Description: application/pdf

Access URL: http://arxiv.org/pdf/0901.3198
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19644175
http://arxiv.org/abs/0901.3198
https://inria.hal.science/inria-00354773v1/document
https://doi.org/10.1109/tcbb.2009.4
https://inria.hal.science/inria-00354773v1
http://yadda.icm.edu.pl/yadda/element/bwmeta1.element.ieee-000004752807
https://hal.inria.fr/inria-00354773
https://dl.acm.org/doi/10.1109/TCBB.2009.4
https://www.computer.org/csdl/journal/tb/2009/03/ttb2009030483/13rRUxZRbmA
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19644175
https://pure.mpg.de/pubman/faces/ViewItemOverviewPage.jsp?itemId=item_1584087

Model-based identification of Helitrons results in a new classification of their families in Arabidopsis thaliana

Authors: Tempel, Sébastien, Nicolas, Jacques, El Amrani, Abdelhak, Couée, Ivan

Contributors: Nicolas, Jacques, Biological systems and models, bioinformatics and sequences (SYMBIOSE), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Inria de l'Université de Rennes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Ecosystèmes, biodiversité, évolution Rennes (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement - CNRS Ecologie et Environnement (INEE-CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des sciences de l'environnement de Rennes (OSERen), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plate-forme Genouest de Ouest-genopole

Source: Gene. 403:18-28

Subject Terms: 0301 basic medicine, Combinatorial optimization, DNA, Plant, Bioinformatics, Molecular Sequence Data, Arabidopsis, Chromosomes, Plant, 03 medical and health sciences, Terminology as Topic, Genome dynamics, Cluster Analysis, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Plant Proteins, 0303 health sciences, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Base Sequence, Models, Genetic, Chimera, Helitron, Transposable Elements, Sequence analysis, Computational Biology, Sequence Analysis, DNA, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], DNA Transposable Elements, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Syntactical Modelling, Genome, Plant

File Description: application/pdf

Access URL: https://hal.inria.fr/inria-00180376/file/GENE.pdf
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17889452
https://hal.inria.fr/inria-00180376/document
https://europepmc.org/abstract/MED/17889452
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378111907003654
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17889452
https://hal.inria.fr/inria-00180376

Qualitative analysis of the relation between DNA microarray data and behavioral models of regulation networks

Authors: Siegel, Anne, Radulescu, Ovidiu, Le Borgne, Michel, Veber, Philippe, Ouy, Julien, Lagarrigue, Sandrine

Contributors: ProdInra, Migration, SIEGEL, Anne, Biological systems and models, bioinformatics and sequences (SYMBIOSE), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Inria de l'Université de Rennes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes

Source: Biosystems. 84:153-174

Subject Terms: 0301 basic medicine, GENE EXPRESSION, REGULATION NETWORK, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV]Life Sciences [q-bio], BIOINFORMATICS, Fatty Acids, 0206 medical engineering, 02 engineering and technology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], EXPRESSION DE GENES, Models, Biological, [SDV] Life Sciences [q-bio], 03 medical and health sciences, RESEAU DE REGULATION, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Oligonucleotide Array Sequence Analysis

File Description: application/pdf

Access URL: https://hal.inria.fr/inria-00178809/file/BiosystemsSRLVOL.pdf
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16556482
https://hal.inrae.fr/hal-02656133v1
https://inria.hal.science/inria-00178809v1
https://hal.inria.fr/inria-00178809/document
https://hal.inria.fr/inria-00178809
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264705001723
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264705001723
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16556482

Topology and static response of interaction networks in molecular biology

Authors: Radulescu, Ovidiu, Lagarrigue, Sandrine, Siegel, Anne, Veber, Philippe, Le Borgne, Michel

Contributors: ProdInra, Migration, SIEGEL, Anne, Biological systems and models, bioinformatics and sequences (SYMBIOSE), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Inria de l'Université de Rennes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes

Source: Journal of The Royal Society Interface. 3:185-196

Subject Terms: 0301 basic medicine, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Models, Statistical, [SDV]Life Sciences [q-bio], BIOINFORMATICS, 0206 medical engineering, Gene Expression, 02 engineering and technology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Models, Biological, Cell Physiological Phenomena, [SDV] Life Sciences [q-bio], MOLECULAR NETWORK, 03 medical and health sciences, Protein Interaction Mapping, Animals, Humans, TRANSCRIPTOMICS, Computer Simulation, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Molecular Biology, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Signal Transduction

File Description: application/pdf

Access URL: https://europepmc.org/articles/pmc1618492?pdf=render
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16849230
https://hal.inrae.fr/hal-02654772v1
https://inria.hal.science/inria-00178842v1
https://doi.org/10.1098/rsif.2005.0092
https://inria.hal.science/inria-00178842v1/document
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1618492/
https://rsif.royalsocietypublishing.org/content/3/6/185
https://www.royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsif.2005.0092
https://hal.inria.fr/inria-00178842/document
https://europepmc.org/article/MED/16849230
https://hal.inria.fr/inria-00178842

Complex Qualitative Models in Biology: A New Approach

Authors: Veber, Philippe, Le Borgne, Michel, Siegel, Anne, Lagarrigue, Sandrine, Radulescu, Ovidiu

Contributors: SIEGEL, Anne, Biological systems and models, bioinformatics and sequences (SYMBIOSE), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Inria de l'Université de Rennes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Source: Complexus. 2:140-151

Subject Terms: 0301 basic medicine, 03 medical and health sciences, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Molecular Networks (q-bio.MN), FOS: Biological sciences, 0206 medical engineering, Quantitative Biology - Molecular Networks, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, 02 engineering and technology, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]

Access URL: https://www.karger.com/Article/Pdf/93686
http://arxiv.org/abs/q-bio/0604017
https://inria.hal.science/inria-00178819v1
https://hal.archives-ouvertes.fr/inria-00178819
https://hal.inria.fr/inria-00178819
https://www.irisa.fr/symbiose/people/asiegel/Articles/eccs.pdf

Computational Protein Design: trying an Answer Set Programming approach to solve the problem

Authors: Bazille, Hugo, Nicolas, Jacques

Contributors: École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nicos Angelopoulos (Imperial College, UK) , Simon de Givry (MIAT-INRA, France)

Source: 10th Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics (WCB'14)
https://inria.hal.science/hal-01063030
10th Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics (WCB'14), Nicos Angelopoulos (Imperial College, UK) Simon de Givry (MIAT-INRA, France), Sep 2014, Lyon, France

Subject Terms: Computational Protein Design, Answer Set Programming, Bioinformatics, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, ACM: I.: Computing Methodologies/I.2: ARTIFICIAL INTELLIGENCE/I.2.1: Applications and Expert Systems/I.2.1.4: Medicine and science, ACM: I.: Computing Methodologies/I.2: ARTIFICIAL INTELLIGENCE/I.2.3: Deduction and Theorem Proving/I.2.3.3: Logic programming, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]

Subject Geographic: Lyon, France

Availability: https://inria.hal.science/hal-01063030
https://inria.hal.science/hal-01063030v1/document
https://inria.hal.science/hal-01063030v1/file/main.pdf

Modeling parsimonious putative regulatory networks: complexity and heuristic approach

Authors: Acuña, Vicente, Aravena, Andrés, Maass, Alejandro, Siegel, Anne

Contributors: Center for Mathematical Modeling (CMM), Universidad de Chile = University of Chile Santiago (UCHILE), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de modélisation mathématique / Centro de Modelamiento Matemático Santiago (CMM), Universidad de Chile = University of Chile Santiago (UCHILE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centro de Regulación Génica (CRG), Pontificia Universidad Católica de Chile (UC)-Universidad Andrés Bello Santiago (UNAB)

Source: 15th conference in Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation
https://inria.hal.science/hal-00926477
15th conference in Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation, 2014, San Diego, United States. pp.322-336, ⟨10.1007/978-3-642-54013-4_18⟩

Subject Terms: ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, ACM: F.: Theory of Computation/F.2: ANALYSIS OF ALGORITHMS AND PROBLEM COMPLEXITY/F.2.2: Nonnumerical Algorithms and Problems, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]

Subject Geographic: San Diego, United States

Availability: https://inria.hal.science/hal-00926477
https://inria.hal.science/hal-00926477v1/document
https://inria.hal.science/hal-00926477v1/file/complex.pdf
https://doi.org/10.1007/978-3-642-54013-4_18

Flexible RNA design under structure and sequence constraints using formal languages

Authors: Zhou, Yu, Ponty, Yann, Vialette, Stéphane, Waldispühl, Jérôme, Zhang, Yi, Denise, Alain

Contributors: State Key Laboratory of Virology, Wuhan University China, Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Cellular and Molecular Medicine (CMM), University of California San Diego (UC San Diego), University of California (UC)-University of California (UC), Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique Palaiseau (LIX), École polytechnique (X), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms and Models for Integrative Biology (AMIB), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Inria de Saclay, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM), Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-École nationale des ponts et chaussées (ENPC)-ESIEE Paris-Fédération de Recherche Bézout (BEZOUT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), McGill University = Université McGill Montréal, Canada, McGill Centre for Bioinformatics (MCB), ABLife Inc, Institut de génétique et microbiologie Orsay (IGM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-BLAN-0204,MAGNUM,Méthodes Algorithmiques de Génération aléatoire Non Uniforme, Modèles et applications.(2010)

Source: ACM-BCB - ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics - 2013 ; https://inria.hal.science/hal-00823279 ; ACM-BCB - ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics - 2013, Sep 2013, Bethesda, Washigton DC, United States

Subject Terms: RNA design, Context-free languages, Random generation, ACM: F.: Theory of Computation/F.4: MATHEMATICAL LOGIC AND FORMAL LANGUAGES/F.4.3: Formal Languages/F.4.3.1: Classes defined by grammars or automata (e.g., regular sets, recursive sets), ACM: G.: Mathematics of Computing/G.2: DISCRETE MATHEMATICS/G.2.1: Combinatorics/G.2.1.0: Combinatorial algorithms, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]

Subject Geographic: Bethesda, Washigton DC, United States

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/arxiv/1305.3830; ARXIV: 1305.3830

Availability: https://inria.hal.science/hal-00823279
https://inria.hal.science/hal-00823279v2/document
https://inria.hal.science/hal-00823279v2/file/design.pdf

A spectral clustering approach of vegetation components for describing plant topology and geometry from terrestrial waveform LiDAR data

Authors: Boltcheva, Dobrina, Casella, Eric, Cumont, Rémy, Hétroy, Franck

Contributors: Geometry and Lighting (ALICE), Centre Inria de l'Université de Lorraine, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Department of Algorithms, Computation, Image and Geometry (LORIA - ALGO), Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre for Sustainable Forestry and Climate Change, Forest Research Great Britain, Capture and Analysis of Shapes in Motion (MORPHEO), Centre Inria de l'Université Grenoble Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Jean Kuntzmann (LJK), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Projet PlantScan3D, Anna Lintunen

Source: FSPM2013 - 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models ; https://inria.hal.science/hal-00817508 ; FSPM2013 - 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland

Subject Terms: ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, [INFO.INFO-GR]Computer Science [cs]/Graphics [cs.GR]

Subject Geographic: Saariselkä, Finland

Availability: https://inria.hal.science/hal-00817508
https://inria.hal.science/hal-00817508v1/document
https://inria.hal.science/hal-00817508v1/file/742-3717-1-PB.pdf

Compareads: comparing huge metagenomic experiments

Authors: Maillet, Nicolas, Lemaitre, Claire, Chikhi, Rayan, Lavenier, Dominique, Peterlongo, Pierre

Contributors: Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Centre Inria de l'Université de Rennes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-COSI-0004,MAPPI,Nouvelles approches algorithmiques et bioinformatiques pour l'analyse des grandes masses de données issues des séquenceurs de nouvelle génération.(2010)

Source: RECOMB Comparative Genomics 2012 ; https://inria.hal.science/hal-00720951 ; RECOMB Comparative Genomics 2012, Oct 2012, Niterói, Brazil

Subject Terms: ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, ACM: E.: Data/E.1: DATA STRUCTURES, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [INFO.INFO-DS]Computer Science [cs]/Data Structures and Algorithms [cs.DS]

Subject Geographic: Niterói, Brazil

Availability: https://inria.hal.science/hal-00720951
https://inria.hal.science/hal-00720951v1/document
https://inria.hal.science/hal-00720951v1/file/compareads_recomb_cg.pdf

Impact Of The Energy Model On The Complexity Of RNA Folding With Pseudoknots

Authors: Sheikh, Saad, Backofen, Rolf, Ponty, Yann

Contributors: Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique Palaiseau (LIX), École polytechnique (X), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms and Models for Integrative Biology (AMIB), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Inria de Saclay, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Albert-Ludwigs-Universität Freiburg = University of Freiburg, Juha Kärkkäinen, Juha Kärkkäinen and Jens Stoye, ANR-10-BLAN-0204,MAGNUM,Méthodes Algorithmiques de Génération aléatoire Non Uniforme, Modèles et applications.(2010)

Source: CPM - 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching - 2012 ; https://inria.hal.science/hal-00670232 ; CPM - 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching - 2012, Juha Kärkkäinen, Jul 2012, Helsinki, Finland. pp.321--333, ⟨10.1007/978-3-642-31265-6_26⟩

Subject Terms: RNA folding, General pseudoknots, Hardness, Inapproximability, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, ACM: G.: Mathematics of Computing/G.2: DISCRETE MATHEMATICS/G.2.2: Graph Theory/G.2.2.0: Graph algorithms, ACM: F.: Theory of Computation/F.2: ANALYSIS OF ALGORITHMS AND PROBLEM COMPLEXITY/F.2.2: Nonnumerical Algorithms and Problems/F.2.2.1: Computations on discrete structures, ACM: F.: Theory of Computation/F.2: ANALYSIS OF ALGORITHMS AND PROBLEM COMPLEXITY/F.2.2: Nonnumerical Algorithms and Problems/F.2.2.3: Pattern matching, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]

Subject Geographic: Helsinki, Finland

Availability: https://inria.hal.science/hal-00670232
https://inria.hal.science/hal-00670232v3/document
https://inria.hal.science/hal-00670232v3/file/NPCompleteness-Stacking.pdf
https://doi.org/10.1007/978-3-642-31265-6_26

Small-sample brain mapping: sparse recovery on spatially correlated designs with randomization and clustering

Authors: Varoquaux, Gaël, Gramfort, Alexandre, Thirion, Bertrand

Contributors: Laboratoire de Neuroimagerie Assistée par Ordinateur (LNAO), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Modelling brain structure, function and variability based on high-field MRI data (PARIETAL), Service NEUROSPIN (NEUROSPIN), Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre Inria de Saclay, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Andrew McCallum, John, Langford and Joelle, Pineau

Source: International Conference on Machine Learning ; https://inria.hal.science/hal-00705192 ; International Conference on Machine Learning, Andrew McCallum, Jun 2012, Edimbourg, United Kingdom

Subject Terms: brain imaging, fMRI, Sparse recovery, correlated design, clustering, randomization, ACM: G.: Mathematics of Computing/G.3: PROBABILITY AND STATISTICS/G.3.5: Multivariate statistics, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, ACM: I.: Computing Methodologies/I.5: PATTERN RECOGNITION/I.5.1: Models/I.5.1.4: Statistical, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], [STAT.TH]Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH]

Subject Geographic: Edimbourg, United Kingdom

Availability: https://inria.hal.science/hal-00705192
https://inria.hal.science/hal-00705192v1/document
https://inria.hal.science/hal-00705192v1/file/paper.pdf

Weighted random generation of context-free languages: Analysis of collisions in random urn occupancy models

Authors: Gardy, Danièle, Ponty, Yann

Contributors: Parallélisme, Réseaux, Systèmes, Modélisation (PRISM), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms and Models for Integrative Biology (AMIB), Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique Palaiseau (LIX), École polytechnique (X), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Inria de Saclay, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LACIM, UQAM, ANR-07-BLAN-0330,GAMMA,Génération Aléatoire : Modèles, Méthodes et Algorithmes(2007)

Source: Proceedings of GASCOM'10 ; GASCOM - 8th conference on random generation of combinatorial structures - 2010 ; https://inria.hal.science/inria-00543150 ; GASCOM - 8th conference on random generation of combinatorial structures - 2010, LACIM, UQAM, Sep 2010, Montréal, Canada. 14pp

Subject Terms: Coupon collector, Birthday paradox, Random generation, Context-free languages, ACM: G.: Mathematics of Computing/G.2: DISCRETE MATHEMATICS/G.2.1: Combinatorics/G.2.1.2: Generating functions, ACM: F.: Theory of Computation/F.2: ANALYSIS OF ALGORITHMS AND PROBLEM COMPLEXITY/F.2.2: Nonnumerical Algorithms and Problems/F.2.2.1: Computations on discrete structures, ACM: J.: Computer Applications/J.3: LIFE AND MEDICAL SCIENCES/J.3.0: Biology and genetics, [INFO.INFO-DS]Computer Science [cs]/Data Structures and Algorithms [cs.DS]

Subject Geographic: Montréal

Time: Montréal, Canada

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/arxiv/1012.1129; ARXIV: 1012.1129

Availability: https://inria.hal.science/inria-00543150
https://inria.hal.science/inria-00543150v1/document
https://inria.hal.science/inria-00543150v1/file/GASCOM-2010-Allocations.pdf