Search Results - "метагеномное секвенирование"

1

Academic Journal

Микобиота валежных стволов Picea abies по результатам метагеномного анализа (заповедник 'Кивач', Республика Карелия

Authors: Нуколова, А. Ю., Кикеева, А. В., Фомина, Е. В., Ромашкин, И. В., Крышень, А. М.

Subject Terms: микобиота, валежная древесина, метагеномный анализ, видовое разнообразие, метагеномное секвенирование, микология

File Description: application/pdf

Relation: https://elib.belstu.by/handle/123456789/72041; 630*443(470.22)

Availability: https://elib.belstu.by/handle/123456789/72041

View record from BASE

2

Academic Journal

Features of Microbiocenoses of Various Biotopes in Women as Potential Miscarriage Risk Factor ; Особенности микробиоценозов различных биотопов у женщин как потенциальный фактор риска невынашивания беременности

Source: Epidemiology and Vaccinal Prevention; Том 20, № 5 (2021); 107-114 ; Эпидемиология и Вакцинопрофилактика; Том 20, № 5 (2021); 107-114 ; 2619-0494 ; 2073-3046

Subject Terms: метагеномное секвенирование, reproductive tract, gastrointestinal tract, spontaneous miscarriage, pregnancy, metagenomic sequencing No conflict of interest to declare, репродуктивный тракт, желудочно-кишечный тракт, самопроизвольный выкидыш, беременность

File Description: application/pdf

Relation: https://www.epidemvac.ru/jour/article/view/1369/788; Wang X, Chen C, Wang L, et al. Conception, early pregnancy loss, and time to clinical pregnancy: a population-based prospective study. Fertil Steril. 2003;79(3):577-84. https://doi:10.1016/s0015-0282 (02) 04694-0.; Larsen EC, Christiansen OB, Kolte AM, et al. New insights into mechanisms behind miscarriage. BMC Med. 2013;11:154-65. https://doi:10.1186/1741-7015-11-154.; Hillier SL, Nugent RP, Eschenbach DA, et al. Association between bacterial vaginosis and preterm delivery of a low-birth-weight infant. The Vaginal Infections and Prematurity Study Group. N Engl J Med. 1995; 333(26):1737-1742. https://doi:10.1056/NEJM199512283332604.; Moore DE, Soules MR, Klein NA, et al. Bacteria in the transfer catheter tip influence the live-birth rate after in vitro fertilization. Fertil Steril. 2000;74(6):1118-1124. https://doi:10.1016/S0015- 0282(00)01624-1.; Hyman RW, Herndon CN, Jiang H, et al. The dynamics of the vaginal microbiome during infertility therapy with in vitro fertilization-embryo transfer. J Assist Reprod Genet. 2012; 29(2):105-115. https:// doi:10.1007 /s10815-011-9694-6.; Hyman RW, Fukushima M, Jiang H, et al. Diversity of the vaginal microbiome correlates with preterm birth. Reprod Sci. 2014; 21(1):32-40. https://doi:10,1177 / 1933719113488838.; Sobel JD. Vaginitis. N Engl J Med. 1997;337(26):1896-1903. https://doi:10.1056/NEJM199712253372607.; Cicinelli E, Matteo M, Tinelli R, et al. Chronic endometritis due to common bacteria is prevalent in women with recurrent miscarriage as confirmed by improved pregnancy outcome after antibiotic treat- ment. Reprod Sci. 2014; 21(5):640-647. https://doi:10.1177/1933719113508817.; Gevers D, Knight R, Petrosino JF, et al. The Human Microbiome Project: a community resource for the healthy human microbiome. PLoS Biol. 2012; 10(8):e1001377. https://doi:10.1371/journal. pbio.1001377.; Lloyd-Price J., Abu-Ali G., Huttenhower C. The healthy human microbiome. Genome medicine. 2016;8(1):1-11. https://doi:10.1186/s13073-016-0307-y; Anderson G. Endometriosis pathoetiology and pathophysiology: roles of vitamin A, estrogen, immunity, adipocytes, gut microbiome and melatonergic pathway on mitochondria regulation. Biomolecular concepts. 2019;10(1): 133-149. https://doi:10.1515/bmc-2019-0017.; Magoč T., Salzberg S. L. FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies. Bioinformatics. 2011;27(21):2957-2963. https://doi:10.1093/bioinformatics/btr507.; Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, et al. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nat Biotechnol. 2019;37(8):852-857. https://doi:10.1038/s41587-019-0209-9.; Callahan BJ, McMurdie PJ, Rosen MJ, et al. DADA2: high‐resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nat Methods. 2016;13:581‐583. https://doi:10.1038/nmeth.3869.; Bokulich NA, Kaehler BD, Rideout JR, Dillon M, Bolyen E, Knight R, et al. Optimizing taxonomic classification of marker-gene amplicon sequences with QIIME 2’s q2-feature-classifier plugin. Microbiome. 2018; 6(1):1-17. https://doi:10.1186/s40168-018-0470-z.; McDonald D, Price MN, Goodrich J, et al. An improved Greengenes taxonomy with explicit ranks for ecological and evolutionary analyses of bacteria and archaea. ISME J. 2012;6: 610‐618. https:// doi:10.1038/ismej.2011.139.; Faith DP. Conservation evaluation and phylogenetic diversity. Biol Cons. 1992;61:1‐10. https://doi:10.1016/0006-3207(92)91201-3.; Ravel J, Gajer P, Abdo Z, et al. Vaginal microbiome of reproductive-age women. Proc Natl Acad Sci U S A. 2011;108:4680–4687. https://doi:10.1073/pnas.1002611107.; Spear GT, French AL, Gilbert D, et al. Human alpha‐amylase present in lower‐genital‐tract mucosal fluid processes glycogen to support vaginal colonization by Lactobacillus. J Infect Dis. 2014; 210(7):1019–1028. https://doi:10.1093/infdis/ jiu231.; Smith S. B., Ravel J. The vaginal microbiota, host defence and reproductive physiology. The Journal of physiology. 2017; 595(2):451-463. https://doi:10.1113/JP271694.; Wira CR, Fahey JV, Sentman CL, et al. Innate and adaptive immunity in female genital tract: cellular responses and interactions. Immunol Rev. 2005; 206(1):306–335. https://doi:10.1111/j.0105- 2896.2005.00287.x.; Petricevic L, Domig KJ, Nierscher FJ, et al. Characterisation of the vaginal Lactobacillus microbiota associated with preterm delivery. Sci Rep. 2014;4(1):1-6. https://doi:10.1038/srep05136.; Santacruz A, Collado MC, Garcia-Valdes L, et al. Gut microbiota composition is associated with body weight, weight gain and biochemical parameters in pregnant women. The British Journal of Nutrition. 2010;104(1):83-92. https://doi:10.1017 / S0007114510000176.; Cani PD, Osto M, Geurts L, et al. Involvement of gut microbiota in the development of low-grade inflammation and type 2 diabetes associated with obesity. Gut Microbes. 2012;3(4):279-288. https:// doi:10.4161/gmic.19625.; Koren O, Goodrich JK, Cullender TC, et al. Host remodeling of the gut microbiome and metabolic changes during pregnancy. Cell. 2012;150(3):470-80. https://doi:10.1016/j.cell.2012.07.008.; https://www.epidemvac.ru/jour/article/view/1369

Availability: https://www.epidemvac.ru/jour/article/view/1369
https://doi.org/10.31631/2073-3046-2021-20-5-107-114

View record from BASE

3

Academic Journal

Bacterial-viral Urine Microbiota in Uncomplicated Recurrent Infection of the Lower Urinary Tract: Results of Pilot Study ; Бактериально-вирусная микробиота мочи при неосложнённой рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей (пилотное исследование)

Authors: Ju. L. Naboka, M. I. Kogan, S. V. Mordanov, Kh. S. Ibishev, A. V. Ilyash, I. A. Gudima, Ю. Л. Набока, М. И. Коган, С. В. Морданов, Х. С. Ибишев, А. В. Ильяш, И. А. Гудима

Contributors: The study was carried out as part of the state scientific assignment «Virusuria and its etiological value in the development of urinary tract infection (UTI)», No. AAAA-A18-118013090197-8 of 01.30.2018. The authors have declared no conflicts of interest., Исследование выполнено в рамках государственного задания «Вирусурия и её этиологическое значение в развитии инфекции мочевых путей (ИМП)», № АААА-А18-118013090197-8 от 30.01.2018 года. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Source: Urology Herald; Том 7, № 4 (2019); 13-19 ; Вестник урологии; Том 7, № 4 (2019); 13-19 ; 2308-6424 ; 10.21886/2308-6424-2019-7-4

Subject Terms: культуральное исследование мочи, lower urinary tract, microbiota, microbial relationships, virobiota, viruses metagenomic sequencing, urine culture, нижние мочевые пути, микробиота, микробные взаимосвязи, виробиота, вирусы, метагеномное секвенирование

File Description: application/pdf

Relation: https://www.urovest.ru/jour/article/view/279/223; Палагин И.С., Сухорукова М.В., Дехнич А.В., Эйдельштейн М.В., Перепанова Т.С., Козлов Р.С. и исследовательская группа «ДАРМИС-2018». Антибиотикорезистентность возбудителей внебольничных инфекций мочевых путей в России: результаты многоцентрового исследования «ДАРМИС-2018». Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019;21(2):134- 146. DOI:10.36488/cmac.2019.2.134-146; Рафальский В.В. Антибиотикорезистентность возбудителей неосложненных инфекций мочевых путей в Российской Федерации. Вестник урологии. 2018;6(3):50-56. DOI:10.21886/2308-6424-2018-6-3-50-56; Urological InfecTIons. EAU Guidelines 2018. Доступно по: https://uroweb.org/guideline/urological-infecTIons/?type= archive Ссылка активна на 07.11.2019; Набока Ю.Л., Гудима И.А. Коган М.И., Черницкая М.Л. Микробный спектр мочи молодых здоровых женщин. Урология. 2010;5:7-10. eLIBRARY ID: 15242297; Urological InfecTIons. EAU Guidelines 2019. Доступно по: hTTps://uroweb.org/guideline/urological-infecTIons/ Ссылка активна на 07.11.2019; NIH Human Microbiome Project. Доступно по: https://hmpdacc.org/hmp/ Ссылка активна на 07.11.2019.; Крахоткин Д.В., Иванов С.Н., Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А., Ильяш А.В., М.Э. Савкин, В.В. Красулин, Д.В. Сизякин. Вирусные патогены при урологических заболеваниях. Медицинский вестник Юга России. 2018;9(4):14- 21. DOI 10.21886/2219-8075-2018-9-4-14-21; Набока Ю.Л., Коган М.И., Васильева Л.И., Гудима И.А., Мирошниченко Е.А., Ибишев Х.С. Бактериальная микстинфекция у женщин с хроническим рецидивирующим циститом. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2011;1:8-12. eLIBRARY ID: 19059389; Ибишев Х.С., Крахоткин Д.В., Васильев А.А., Крайний П.А. Рецидивирующая инфекция нижних мочевых путей вирусной этиологии. Вестник урологии. 2017;5(1):26-31. DOI:10.21886/2308-6424-2017-5-1-26-31; Козлов Р.С., Меньшиков В.В., Михайлова В.С., Шуляк Б.Ф., Долгих Т.И., Круглов А.Н., Алиева Е.В., В.Е. Маликова. Бактериологический анализ мочи: клинические рекомендации. М., 2014.; Патент РФ на изобретение № 2452773/ 10.06.2012 Бюл. № 16. Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А. Ковалева Е.А., Ибишев Х.С., Васильева Л.И., Газаев З.И., Остапенко Н.С. Способ определения бактериологической обсемененности мочи, секрета предстательной железы, эякулята. Доступно по: https://patents.s3.yandex. net/RU2452773C1_20120610.pdf Ссылка активна на 07.11.2019.; Патент РФ на изобретение 2452774/10.06.2012 Бюл. № 16. Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А., Мирошниченко Е.А., Ибишев Х.С., Брагина Л.Е., Фирзаули А.Х., Джалагония О.Т. Способ определения бактериологической обсеменённости мочи, секрета предстательной железы, эякулята. Доступно по: https://patents.s3.yandex. net/RU2452774C1_20120610.pdf Ссылка активна на 07.11.2019.; Набока Ю.Л., Ильяш А.В., Крахоткин Д.В. Вирусо-бактеральные ассоциации, верифицированные в моче здоровых людей (пилотное исследование). Вестник урологии. 2018;6(3):44-49. DOI:10.21886/2308-6424-2018-6-3-44-49; https://www.urovest.ru/jour/article/view/279

Availability: https://www.urovest.ru/jour/article/view/279
https://doi.org/10.21886/2308-6424-2019-7-4-13-19

View record from BASE

4

Report