Genetic characterization of clinical Klebsiella isolates circulating in Novosibirsk ; Генетическая характеристика клинических изолятов клебсиелл, циркулирующих в Новосибирске

Authors: A. V. Bardasheva, N. V. Fomenko, T. V. Kalymbetova, I. V. Babkin, S. O. Chretien, E. V. Zhirakovskaya, N. V. Tikunova, V. V. Morozova, А. В. Бардашева, Н. В. Фоменко, Т. В. Калымбетова, И. В. Бабкин, С. О. Кретьен, Е. В. Жираковская, Н. В. Тикунова, В. В. Морозова

Contributors: The study was supported by the Russian Foundation for Basic Research, project 18-29-08015, and State Budgeted Project 0245-2021-0008 for the Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine, Novosibirsk. The strains tested were taken from the Collection of Extremophilic Microorganisms and Type Cultures, ICBFM.

Source: Vavilov Journal of Genetics and Breeding; Том 25, № 2 (2021); 234-245 ; Вавиловский журнал генетики и селекции; Том 25, № 2 (2021); 234-245 ; 2500-3259 ; 10.18699/VJ21.016

Subject Terms: генетические детерминанты антибиотикорезистентности, molecular serotyping, beta-lactam, fluoroquinolone, aminoglycoside, extended-spectrum beta-lactamases, metallo-beta-lactamases, disco-diffusion analysis, genetic determinants of antibiotic resistance, молекулярное серотипирование, бета-лактамы, фторхинолоны, аминогликозиды, беталактамазы расширенного спектра, металло-бета-лактамазы, диско-диффузионный анализ

File Description: application/pdf

Relation: https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/2887/1501; Иванов Д.В., Егоров А.М. Распространение и механизмы резистентности микроорганизмов, продуцирующих бета­лактамазы. Молекулярные механизмы устойчивости к бета­лактамным антибиотикам штаммов клебсиелл, выделенных при внутрибольничных инфекциях. Биомед. химия. 2008;54(1):104­113. DOI 10.1134/S1990750808030141.; Козлова Н.С., Баранцевич Н.Е., Баранцевич Е.П. Чувствительность к антибиотикам штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных в многопрофильном стационаре. Инфекция и иммунитет. 2018; 8(1):79­84. DOI 10.15789/2220­7619­2018­1­79­84.; Козлова Ю.Н., Фоменко Н.В., Морозова В.В., Саранина И.В., Тикунов А.Ю., Ганичев Д.А., Самохин А.Г., Павлов В.В., Рожнова О.М., Бондарь И.А., Зенкова Е.В., Нимаев В.В., Климонтов В.В., Тикунова Н.В. Идентификация стафилококков, включая метицилинрезистентные штаммы, биохимическими и генетическими методами. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2017;21(8):952­958. DOI 10.18699/VJ17.318.; Машковский М.Д. Лекарственные средства. М.: Новая Волна, 2005.; Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Иванчик Н.В., Склеенова Е.Ю., Шайдуллина Э.Р., Азизов И.С., Шек Е.А., Кузьменков А.Ю., Дехнич А.В., Козлов Р.С., Семенова Н.В., … Звонарева О.В., Корнилова П.А., Крянга В.Г., Портнягина У.С., Шамаева С.Х., Попов Д.А., Вострикова Т.Ю. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacterales в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН 2015–2016». Клин. микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019;21(2): 147­159. DOI 10.36488/cmac.2019.2.147­159.; Тапальский Д.В., Осипов В.А., Жаворонок С.В. Карбапенемазы грамотрицательных бактерий: распространение и методы детекции. Мед. журн. 2012;2(40):10­15.; Чеботарь И.В., Бочарова Ю.А., Подопригора И.В., Шагин Д.А. Почему Klebsiella pneumoniae становится лидирующим оппортунистическим патогеном. Клин. микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020;22(1):4­19. DOI 10.36488/cmac.2020.1.4­19.; Эйдельштейн М.В. Выявление β­лактамаз расширенного спектра у грамотрицательных бактерий с помощью фенотипических методов. Клин. микробиология и антимикробная химиотерапия. 2001;3(2):183­189.; Brisse S., Passet V., Haugaard A.B., Babosan A., Kassis­Chikhani N., Struve C., Decré D. wzi gene sequencing, a rapid method for determination of capsulartype for Klebsiella strains. J. Clin. Microbiol. 2013;51:4073­4078. DOI 10.1128/JCM.01924­13.; Broberg C.A., Palacios M., Miller V.L. Klebsiella: a long way to go towards understanding this enigmatic jet­setter. F1000Prime Rep. 2014;6:64. DOI 10.12703/P6­64.; Bush K., Jacoby G.A. Updated functional classification of beta­lactamases. Antimicrob. Agents Chemother. 2010;54(3):969­976. DOI 10.1128/AAC.01009­09.; Galal L., Abdel Aziz N.A., Hassan W.M. Defining the relationship between phenotypic and genotypic resistance profiles of multidrugresistant enterobacterial clinical isolates. Adv. Exp. Med. Biol. 2019; 1214:9­21. DOI 10.1007/5584_2018_208.; Gharrah M.M., El­Mahdy A.M., Barwa R.F. Association between virulence factors and extended spectrum beta­lactamase producing Kleb siella pneumoniae compared to nonproducing isolates. Interdiscip. Perspect. Infect. Dis. 2017:7279830. DOI 10.1155/2017/7279830.; Hoa P.L., Chowa K.H., Yuena K.Y., Ngb W.S., Chaua P.Y. Comparison of a novel, inhibitor­potentiated disc­diffusion test with other methods for the detection of extended­spectrum beta­lactamases in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. J. Antimicrob. Chemother. 1998;42:49­54.; Hooper D.C., Jacoby G.A. Mechanisms of drug resistance: quinolone resistance. Ann. N.Y. Acad. Sci. 2015;1354(1):12­31. DOI 10.1111/nyas.12830.; Lee H.C., Chuang Y.C., Yu W.L., Lee N.Y., Chang C.M., Ko N.Y., Wang L.R., Ko W.C. Clinical implications of hypermucoviscosity phenotype in Klebsiella pneumoniae isolates: association with invasive syndrome in patients with community­acquired bacteraemia. J. Intern. Med. 2006;259(6):606­614. DOI 10.1111/j.1365­2796.2006.01641.x.; Lee K., Chong Y., Shin H.B., Kim Y.A., Yong D., Yum J.H. Modified Hodge and EDTA­disk synergy tests to screen metallo­lactamaseproducing strains of Pseudomonas and Acinetobacter species. Clin. Microbiol. Infect. 2001;7:88­91.; Liakopoulos A., Mevius D., Ceccarelli D. A review of SHV extendedspectrum β­lactamases: neglected yet ubiquitous. Front. Microbiol. 2016;5(7):1374. DOI 10.3389/fmicb.2016.01374.; Morozova V.V., Babkin I.V., Kozlova Y.N., Baykov I.K., Bokovaya O.V., Tikunov A.Yu., Ushakova T.А., Bardasheva A.V., Ryabchikova E.I., Zelentsova E., Tikunova N.V. Isolation and characterization of a novel Klebsiella pneumoniae N4­like bacteriophage KP8. Viruses. 2019;11(12):1115. DOI 10.3390/v11121115.; Mukherjee S., Naha S., Bhadury P., Saha B., Dutta M., Dutta S., Basu S. Emergence of OXA­232­producing hypervirulent Klebsiella pneumoniae ST23 causing neonatal sepsis. J. Antimicrob. Chemother. 2020;75(7):2004­2006. DOI 10.1093/jac/dkaa080.; Podschun R., Ullmann U. Klebsiella spp. as nosocomial pathogens: epidemiology, taxonomy, typing methods, and pathogenicity factors. Clin. Microbiol. Rev. 1998;11(4):589­603.; Ramirez M.S., Tolmasky M.E. Aminoglycoside modifying enzymes. Drug. Resist. Updat. 2010;13(6):151­171.; Robicsek A., Jacoby G.A., Hooper D.C. The worldwide emergence of plasmid­mediated quinolone resistance. Lancet Infect. Dis. 2006;6: 629­640.; Walsh T.R., Toleman M.A., Poirel L., Nordmann P. Metallo­beta­lactamases: the quiet before the storm? Clin. Microbiol. Rev. 2005;18(2): 306­325.; Yang H.Y., Nam Y.S., Lee H.J. Prevalence of plasmid­mediated quinolone resistance genes among ciprofloxacin­nonsusceptible Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolated from blood cultures in Korea. Can. J. Infect. Dis. Med. Microbiol. 2014;25(3): 163­169.; Yong D., Lee K., Yum J.H., Shin H.B., Rossolini G.M., Chong Y. Imipenem­EDTA disk method for differentiation of metallo­betalactamase­producing clinical isolates of Pseudomonas spp. and Acinetobacter spp. J. Clin. Microbiol. 2002;40(10):3798­3801.; https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/2887

Availability: https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/2887
https://doi.org/10.18699/VJ21.49-o