A method for constructing interpretable hidden Markov models for the task of identifying binding cores in sequences

Authors: D. A. Kleverov, A. A. Shalyto, M. N. Artyomov

Source: Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики, Vol 23, Iss 5, Pp 989-1000 (2024)

Subject Terms: предсказание связывающей способности, скрытые марковские модели, алгоритм витерби, анализ данных, поиск мотива, выравнивание последовательностей, Information technology, T58.5-58.64

File Description: electronic resource

Relation: https://ntv.elpub.ru/jour/article/view/187; https://doaj.org/toc/2226-1494; https://doaj.org/toc/2500-0373

Access URL: https://doaj.org/article/d7f4674fa6e541f6807ff0e82ac8a0bc

Simple Essential Improvements to the ROUGE-W Algorithm

Authors: Sergej V. Znamenskij

Source: Journal of Siberian Federal University. Mathematics & Physics. 8:497-501

Subject Terms: 2. Zero hunger, длиннейшая общая подпоследовательность, 0209 industrial biotechnology, complexity bounds, edit distance, 02 engineering and technology, оптимизация, 16. Peace & justice, sequence alignment, схожесть строк, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, longest common subsequence, ROUGE-W, string similarity, выравнивание последовательностей, расстояние редактирования, optimization, оценки сложности

Access URL: https://openrepository.ru/article?id=420787
http://elib.sfu-kras.ru/bitstream/2311/19864/1/Znamenskij.pdf
http://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/19864
https://cyberleninka.ru/article/n/simple-essential-improvements-to-the-rouge-w-algorithm

Методы биоинформационного анализа

Authors: Огурцов, Александр Николаевич

Subject Terms: биотехнология, биоинформатика, точечная матрица, матрицы РАМ, биологические последовательности, выравнивание последовательностей, марковские модели, гомология, филогения, фенетика

File Description: application/pdf

Relation: Огурцов А. Н. Методы биоинформационного анализа : учеб. пособие / А. Н. Огурцов; Нац. техн. ун-т "Харьков. политехн. ин-т". – Харьков : НТУ "ХПИ", 2011. – 114 с.; http://repository.kpi.kharkov.ua/handle/KhPI-Press/28158

Availability: http://repository.kpi.kharkov.ua/handle/KhPI-Press/28158

ВЫРАВНИВАНИЕ ДВУХ ДНК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ, ОПТИМАЛЬНОЕ ДЛЯ РЕАЛИЗАЦИИ НА ГРАФИЧЕСКОМ ПРОЦЕССОРЕ

Authors: Григорьев, А.

Subject Terms: ГЕНЕТИКА, ДНК, ВЫРАВНИВАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ, НАИБОЛЬШАЯ ОБЩАЯ ПОДПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ, МНОГОПОТОЧНОСТЬ

File Description: text/html

Availability: http://cyberleninka.ru/article/n/vyravnivanie-dvuh-dnk-posledovatelnostey-optimalnoe-dlya-realizatsii-na-graficheskom-protsessore
http://cyberleninka.ru/article_covers/14631364.png

Методы биоинформационного анализа

Subject Terms: фенетика, филогения, марковские модели, биоинформатика, биологические последовательности, гомология, точечная матрица, выравнивание последовательностей, биотехнология, матрицы РАМ

Access URL: http://repository.kpi.kharkov.ua/handle/KhPI-Press/28158

Выравнивание двух ДНК последовательностей, оптимальное для реализации на графическом процессоре

Source: Вестник Саратовского государственного технического университета.

Subject Terms: ГЕНЕТИКА, ДНК, ВЫРАВНИВАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ, НАИБОЛЬШАЯ ОБЩАЯ ПОДПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ, МНОГОПОТОЧНОСТЬ

File Description: text/html

Access URL: http://cyberleninka.ru/article/n/vyravnivanie-dvuh-dnk-posledovatelnostey-optimalnoe-dlya-realizatsii-na-graficheskom-protsessore
http://cyberleninka.ru/article_covers/14631364.png

Simple Essential Improvements to the ROUGE-W Algorithm ; Простые существенные улучшения алгоритма ROUGE-W

Authors: Znamenskij, Sergej V., Знаменский, Сергей В.

Subject Terms: sequence alignment, longest common subsequence, ROUGE-W, edit distance, string similarity, optimization, complexity bounds, длиннейшая общая подпоследовательность, выравнивание последовательностей, расстояние редактирования, схожесть строк, оптимизация, оценки сложности

Relation: Журнал Сибирского федерального университета. Математика и физика. Journal of Siberian Federal University. Mathematics & Physics;2015 8 (4)

Availability: https://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/19864