Regions enriched for DNA repeats in chromosomes of Macrostomum mirumnovem, a species with a recent Whole Genome Duplication ; Районы, обогащенные повторенными последовательностями ДНК, в хромосомах Macrostomum mirumnovem – вида, недавно прошедшего полногеномную дупликацию

Συγγραφείς: K. S. Zadesenets, N. B. Rubtsov, К. С. Задесенец, Н. Б. Рубцов

Συνεισφορές: This study was supported by the Russian Science Foundation under the grant 19-14-00211. We are thankful to Professor Lukas Schärer for providing specimens of M. mirumnovem

Πηγή: Vavilov Journal of Genetics and Breeding; Том 24, № 6 (2020); 636-642 ; Вавиловский журнал генетики и селекции; Том 24, № 6 (2020); 636-642 ; 2500-3259 ; 10.18699/VJ20.647

Θεματικοί όροι: В-хромосомы, DNA probes, repetitive DNA, mobile element transposition, FISH, DNA amplification, B chromosomes, ДНК-пробы, повторенные последовательности ДНК, транспозиция мобильных элементов, амплификация ДНК

Περιγραφή αρχείου: application/pdf

Relation: https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/2779/1426; Barker M.S., Husband B.C., Pires J.C. Spreading winge and flying high: the evolutionary importance of polyploidy after a century of study. Am. J. Bot. 2016;103(7):1­7. DOI 10.3732/ajb.1600272.; Bugrov A.G., Karamysheva T.V., Perepelov E.A., Elisaphenko E.A., Rubtsov D.N., Warchalowska-Sliwa E., Tatsuta H., Rubtsov N.B. DNA content of the B chromosomes in grasshopper Podisma kanoi Storozh. (Orthoptera, Acrididae). Chromosome Res. 2007;15(3): 315­326. DOI 10.1007/s10577­007­1128­z.; Comparative Genomics. Sankoff D., Nadeau J.H. (Eds.). Kluwer Academic Publ., 2000. DOI 10.1007/978­94­011­4309­7.; Dehal P., Boore J.L. Two rounds of whole genome duplication in the ancestral vertebrate. PLoS Biol. 2005;3:e314. DOI 10.1371/journal.pbio.0030314.; Egger B., Ishida S. Chromosome fission or duplication in Macrostomum lignano (Macrostomorpha, Plathelminthes) – remarks on chromosome numbers in ‘archoophoran turbellarians’. J. Zool. Syst. Evol. Res. 2005;43(2):127-132. DOI 10.1111/j.1439­0469.2005.00300.x.; Fisher K.J., Buskirk S.W., Vignogna R.C., Marad D.A., Lang G.I. Adaptive genome duplication affects patterns of molecular evolution in Saccharomyces cerevisiae. PLoS Genet. 2018;14(5):e1007396. https//doi.org/10.1371/journal.pgen.1007396.; Glasauer S.M.K., Neuhauss S.C.F. Whole-genome duplication in teleost fishes and its evolutionary consequences. Mol. Genet. Genomics. 2014;289(6):1045­1060. DOI 10.1007/s00438­014­0889­2.; Kenny N.J., Chan K.W., Nong W., Qu Z., Maeso I., Yip H.Y., Chan T.F., Kwan H.S., Holland P.W.H., Chu K.H., Hui J.H.L. Ancestral wholegenome duplication in the marine chelicerate horseshoe crabs. Heredity. 2018;116(2):190­199. DOI 10.1038/hdy.2015.89.; Makunin A.I., Rajičić M., Karamysheva T.V., Romanenko S.A., Druzhkova A.S., Blagojević J., Vujošević M., Rubtsov N.B., Graphodatsky A.S., Trifonov V.A. Low-pass single-chromosome sequencing of human small supernumerary marker chromosomes (sSMCs) and Apodemus B chromosomes. Chromosoma. 2018;127(3):301-311. DOI 10.1007/s00412­018­0662­0.; Mayrose I., Zhan S.H., Rothfels C.J., Magnuson-Ford K., Barker M.S., Rieseberg L.H., Otto S.P. Recently formed polyploid plants diversify at lower rates. Science. 2011;60(333):1257. DOI 10.1126/science.1207205.; Moghe G.D., Hufnagel D.E., Tang H., Xiao Y., Dworkin I., Town C.T., Conner J.K., Shiu S.-H. Consequences of whole-genome triplication as revealed by comparative genomic analyses of the wild radish Raphanus raphanistrum and three other Brassicaceae species. Plant Cell. 2014;26(5):1925­1937. DOI 10.1105/tpc.114.124297.; Panopoulou G., Hennig S., Groth D., Krause A., Poustka A.J., Herwig R., Vingron M., Lehrach H. New evidence for genome-wide duplications at the origin of vertebrates using an amphioxus gene set and completed animal genomes. Genome Res. 2003;13:1056-1066. DOI 10.1101/gr.874803.; Schärer L., Brand J.N., Singh P., Zadesenets K.S., Stelzer C.­P., Viktorin G. A phylogenetically informed search for an alternative Macrostomum model species with notes on taxonomy, mating behavior, karyology, and genome size. J. Zool. Syst. Evol. Res. 2020;58:41-65. DOI 10.1111/jzs.12344.; Soltis D.E., Segovia-Salcedo M.C., Jordon-Thaden I., Majure L.C., Miles N.M., Mavrodiev E.V., Mei W., Cortez M.B., Soltis P.S., Gitzendanner M.A. Are polyploids really evolutionary dead-ends (again)? A critical reappraisal of Mayrose et al. New Phytol. 2014; 202(4):1105­1117. DOI 10.1111/nph.12756.; Wendel J.F. Genome evolution in polyploids. Plant Mol. Biol. 2000;42: 225­249. DOI 10.1023/A:1006392424384.; Zadesenets K.S., Ershov N.I., Berezikov E., Rubtsov N.B. Chromosome evolution in the free­living flatworms: first evidence of intrachromosomal rearrangements in karyotype evolution of Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Macrostomida). Genes. 2017a;8:298. DOI 10.3390/genes8110298.; Zadesenets K.S., Ershov N.I., Rubtsov N.B. Whole-genome sequencing of eukaryotes: from sequencing of DNA fragments to a genome assembly. Russ. J. Genet. 2017b;53(6):631-639. DOI 10.1134/S102279541705012X.; Zadesenets K.S., Jetybayev I.Y., Schärer L., Rubtsov N.B. Genome and karyotype reorganization after whole genome duplication in freeliving flatworms of the genus Macrostomum. Int. J. Mol. Sci. 2020; 21:680. DOI 10.3390/ijms21020680.; Zadesenets K.S., Rubtsov N.B. Genome duplication in animal evolution. Russ. J. Genet. 2018;54(10):1125-1136. DOI 10.1134/S1022795418090168.; Zadesenets K.S., Rubtsov N.B. Generation of microdissected DNA probes from metaphase chromosomes in case of an impossibility of chromosomes identification by routine staining. Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii = Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2020;24(5)519­524. DOI 10.18699/VJ20.46­o.; Zadesenets K.S., Schӓrer L., Rubtsov N.B. New insights into the karyotype evolution of the free­living flatworm Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria). Sci. Rep. 2017c;7:6066. DOI 10.1038/s41598­017­06498­0.; Zadesenets K.S., Vizoso D.B., Schlatter A., Konopatskaia I.D., Berezikov E., Schärer L., Rubtsov N.B. Evidence for karyotype polymorphism in the free­living flatworm, Macrostomum lignano, a model organism for evolutionary and developmental biology. PLoS One. 2016;11:e0164915. DOI 10.1371/journal.pone.0164915.; https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/2779

Διαθεσιμότητα: https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/2779
https://doi.org/10.18699/VJ20.657

VISUALIZATION OF CHROMOSOME-SPECIFIC DNA SEQUENCES BY FLUORESCENCE IN SITU HYBRIDIZATION OF MICRODISSECTION DNA PROBES WITH METAPHASE CHROMOSOMES ; ВИЗУАЛИЗАЦИЯ ХРОМОСОМОСПЕЦИФИЧНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДНК ПРИ ПРОВЕДЕНИИ FISH МИКРОДИССЕКЦИОННЫХ ДНК-ПРОБ С МЕТАФАЗНЫМИ ХРОМОСОМАМИ

Συγγραφείς: A. G. Bogomolov, K. S. Zadesenets, T. V. Karamysheva, N. L. Podkolodnyi, N. B. Rubtsov, А. Г. Богомолов, К. С. Задесенец, Т. В. Карамышева, Н. Л. Подколодный, Н. Б. Рубцов

Πηγή: Vavilov Journal of Genetics and Breeding; Том 16, № 2 (2012); 348-357 ; Вавиловский журнал генетики и селекции; Том 16, № 2 (2012); 348-357 ; 2500-3259

Θεματικοί όροι: флюоресцентная гибридизации in, Metorchis xanthosomus, Homo sapiens, meiotic chromosomes, interspersed repetitive DNA, chromosome-specific DNA sequences, fluorescence in situ hybridization (FISH), chromosomal in situ suppression hybridization (CISS-hybridization), мейотические хромосомы, диспергированные повторенные последовательности ДНК, хромосомоспецифичные последовательности ДНК, супрессионная гибридизация in situ (CISS)

Περιγραφή αρχείου: application/pdf

Relation: https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/51/49; Гонсалес Р., Вудс Р. Цифровая обработка изображений. М.: Техносфера, 2005. С. 350–351, 989–991.; Журавель И.М. Краткий курс теории обработки изображений. 2012. Доступен на: http://matlab.exponenta.ru/imageprocess/book2/index.php.; Карамышева Т.В., Матвеева В.Г., Шорина А.Р., Рубцов Н.Б. Клинический и молекулярно-цитогенетический анализ редкого случая мозаицизма по частичной моносомии 3р и частичной трисомии 10q у человека // Генетика. 2001. Т. 37. № 6. С. 811–816.; Рубцов Н.Б., Карамышева Т.В., Гайнер Т.А. Современные методы молекулярно-цитогенетического анализа и диагностика хромосомных патологий // Геномика – медицине. М.: Академкнига, 2005. С. 219–235.; Рубцов Н.Б., Карамышева Т.В. Многоцветие современной цитогенетики или multicolor FISH today // Информ. вестник ВОГиС. 2000. № 1. С. 13–15.; Софьер В.А. Компьютерная обработка изображений. Ч. 2.; Методы и алгоритмы // Сорос. образоват. журнал. 1996. № 3. С. 111.; Третьяк Л.Н. Обработка результатов наблюдений. Оренбург: ГОУ ОГУ, 2004. C. 44–45.; Шапиро Л., Стокман Дж. Компьютерное зрение. М.: БИНОМ, 2006. C. 87, 120–124.; Calvard S., Ridler T.W. Picture thresholding using an iterative selection method // IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics. 1978. V. 8. No. 8. P. 630–632.; Henegariu O., Heerema N., Wright L. et al. Improvements in cytogenetic slide preparation: controlled chromosome spreading, chemical aging and gradual denaturing // Cytometry. 2001. V. 43. P. 101–109.; Ji L. Intelligent splitting in the chromosome domain // Pattern Recognition. 1989. V. 22. No. 5. P. 519–532.; Lichter P., Cremer T., Borden J. et al. Delineation of individual human chromosomes in metaphase and interphase cells by in situ suppression hybridization using recombinant DNA libraries // Hum. Genet. 1988. V. 80. No. 3. P. 224–234.; Morozkin E.S., Loseva E.M., Karamysheva T.V. et al. A method for generating selective DNA probes for the analysis of C-negative regions in human chromosomes // Cytogenet. Genome Res. 2011. V. 135. No. 1. P. 1–11.; Otsu N. A threshold selection method for gray-levels histograms // IEEE Trans. on Pat. Anal. and Machine Int. 1979. V. 13. Р. 583–598.; Rubtsov N., Riemann I., Trifonov V. et al. Chromosome microdissection using NIR femtosecond laserpulses and generation of band specific DNA-libraries with DOP-PCR // Cell Mol. Biol. 2000. V. 46. Abstr. 200.; Zack G.W., Rogers W.E., Latt S.A. Automatic measurement of sister chromatid exchange frequency // J. Histochem. Cytochem. 1977. V. 25. No. 7. P. 741–753.; Zadesenets K.S., Karamysheva T.V., Katokhin A.V. et al. Distribution of repetitive DNA sequences in chromosomes of five opisthorchid species (Trematoda, Opisthorchiidae) // Parasitol. Internat. 2012. V. 61. No. 1. P. 84–86.; https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/51

Διαθεσιμότητα: https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/51

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ РАЙОНОВ ПРИКРЕПЛЕНИЯ ХРОМОСОМ К ОБОЛОЧКЕ ЯДРА ТРОФОЦИТОВ ЯИЧНИКОВ МАЛЯРИЙНЫХ КОМАРОВ ANOPHELES КОМПЛЕКСА MACULIPENNIS

Συγγραφείς: Артемов, Глеб, Стегний, Владимир

Θεματικοί όροι: ПРОСТРАНСТВЕННАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ЯДРА, ПОЛИТЕННЫЕ ХРОМОСОМЫ, МОБИЛЬНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ, ПОВТОРЕННЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК

Περιγραφή αρχείου: text/html

Διαθεσιμότητα: http://cyberleninka.ru/article/n/molekulyarno-geneticheskiy-analiz-rayonov-prikrepleniya-hromosom-k-obolochke-yadra-trofotsitov-yaichnikov-malyariynyh-komarov
http://cyberleninka.ru/article_covers/13978672.png

Молекулярно-генетический анализ районов прикрепления хромосом к оболочке ядра трофоцитов яичников малярийных комаров Anopheles комплекса maculipennis

Πηγή: Вестник Томского государственного университета. Биология.

Θεματικοί όροι: ПРОСТРАНСТВЕННАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ЯДРА, ПОЛИТЕННЫЕ ХРОМОСОМЫ, МОБИЛЬНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ, ПОВТОРЕННЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК

Περιγραφή αρχείου: text/html

Σύνδεσμος πρόσβασης: http://cyberleninka.ru/article/n/molekulyarno-geneticheskiy-analiz-rayonov-prikrepleniya-hromosom-k-obolochke-yadra-trofotsitov-yaichnikov-malyariynyh-komarov
http://cyberleninka.ru/article_covers/13978672.png