Analysis of element composition of DNA-protein crystals in vitro ; Анализ элементного состава ДНК-белковых кристаллов in vitro

Authors: A. V. Moiseenko, N. G. Loiko, O. V. Chertkov, A. V. Feofanov, Yu. F. Krupyanskii, O. S. Sokolova, А. В. Моисеенко, Н. Г. Лойко, О. В. Чертков, А. В. Феофанов, Ю. Ф. Крупянский, О. С. Соколова

Contributors: Аналитическая электронная и флуоресцентная микроскопии выполнены при финансовой поддержке Российского научного фонда (проект № 19-74-30003). Экспрессия и очистка белка Dps проводились в рамках государственного задания Минобрнауки России (тема 0082-2014-0001, №АААА-А17-117040610310-6 и тема 0104-20190005). Электронная микроскопия проводилась с использованием аналитического электронного микроскопа JEOL2100 (JEOL, Япония) в составе уникальной научной установки «Трёхмерная электронная микроскопия и спектроскопия» биологического факультета МГУ

Source: Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya; Том 74, № 4 (2019); 301–307 ; Вестник Московского университета. Серия 16. Биология; Том 74, № 4 (2019); 301–307 ; 0137-0952

Subject Terms: флуоресцентная микроскопия, nucleoid, Dps, electronic analytical microscopy, biocrystallization, fluorescence microscopy, нуклеоид, электронная аналитическая микроскопия, биокристаллизация

File Description: application/pdf

Relation: https://vestnik-bio-msu.elpub.ru/jour/article/view/799/493; Almiron M., Link A.J., Furlong D., Kolter R. A novel DNA-binding protein with regulatory and protective roles in starved Escherichia coli // Genes Dev. 1992. Vol. 6. P. 2646-2654.; AntipovS.S., TutukinaM.N., Preobrazhenskaya E.V., Kondrashov F.A., Patrushev M.V., Toschakov; S. V., Dominova I., Shvyreva U.S., Vrublevskaya V.V., Morenkov O.S., Sukharicheva N.A., Panyukov V.V., Ozoline O.N. The nucleoid protein Dps binds genomic DNA of Escherichia coli in a nonrandom manner // Plos One. 2017. Vol. 12. N 8: e0182800.; Shen B.A., Landick R. Transcription of bacterial chromatin // J. Mol. Biol. 2019. N S0022-2836(19).30325-0.; Martinez A., Kolter R. Protection of DNA during oxidative stress by the nonspecific DNA-binding protein Dps // J. Bacteriol. 1997. Vol. 179. N 16. P. 5188-5194.; Minsky A., Shimoni E, Frenkiel-Krispin D. Stress, order and survival // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2002. Vol. 3. P. 50-60.; Loiko N.G., Suzina N.E., Soina V.S., Smirnova T. A., Zubasheva M.V., Azizbekyan R.R., Sinitsyn D.O., Tereshkina K.B., Nikolaev Y.A., Krupyanskiy Y.F., El’-Registan G.I. Biocrystalline structures in nucleoids of stationary and dormant cells of procariot // Microbiology. 2017. Vol. 86. N 6. P. 714-727.; Frenkiel-Krispin D, Levin-Zaidman S, Shimoni E, Wolf S.G., Wachtel E.J., Arad T, Finkel S.E., Kolter R, Minsky A. Regulated phase transitions of bacterial chromatin: A non-enzymatic pathway for generic DNA protection // EMBO J. 2001. Vol. 20. N 5. P. 1184-1191.; Antipov S, Turishchev S, Purtov Y, Shvyreva U. Sinelnikov A., Semov Y., Preobrazhenskaya E, Berezhnoy A., Shusharina N, Novolokina N, Vakhtel V., Artyukhov V., Ozoline O. The oligomeric form of the Escherichia coli Dps protein depends on the availability of iron ions // Molecules. 2017. Vol. 22. N 11: 1904.; Moiseenko A., Loiko N., Tereshkina K., Danilova Y., Kovalenko V., Chertkov O., Feofanov A.V., Krupyanskii Y.F., Sokolova O.S. Projection structures reveal the position of the DNA within DNA-Dps co-crystals // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2019. Vol. 517. N 3. P. 463-469.; Egerton R.F. Electron energy-loss spectroscopy in the electron microscope, third edition. N.Y.: Springer, 2011. 491 pp.; Dadinova L.A., Chesnokov Y.M., Kamyshinsky R.A., Orlov I.A., Petoukhov M.V., Mozhaev A.A., Soshinskaya E.Y., Lazarev V.N., Manuvera V.A., Orekhov A.S., Vasiliev A.L., Shtykova EV. Protective Dps-DNA co-crystallization in stressed cells: an in vitro structural study by small-angle X-ray scattering and cryo-electron tomography // FEBS Lett. 2019. Vol. 593. N 12. P. 1360-1371.; Loiko N.G., Danilova Ya.A., Moiseenko A.V., Demkina E.V., Kovalenko V.V., Tereshkina K.B., El’-Registan G.I., Sokolova O.S., Krupyanskii Yu.F. Condensation of nucleoid in Escherichia coli cell as a result of prolonged starvation // ArXiV Quantitative Biol. 2019. Vol. 1901: 11322.; Garvie L.A.J., Craven A.J., Brydson R. Use of electron-energy loss near-edge fine structure in the study of minerals // Am. Mineral. 1994. Vol. 79. N 5-6. P. 411-425.

Availability: https://vestnik-bio-msu.elpub.ru/jour/article/view/799