Generating Heterogeneous Data on Gene Trees

Authors: Cortada García, Martí, Diéguez Moscardó, Adrià, Casanellas Rius, Marta, Cortada Garcia, Martí

Source: UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Subject Terms: Sequence data simulation, Àrees temàtiques de la UPC::Matemàtiques i estadística::Probabilitat, 92-10, Branch length, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, FOS: Biological sciences, Populations and Evolution (q-bio.PE), Nucleotide substitution, Quantitative Biology - Populations and Evolution

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40340442
http://arxiv.org/abs/2504.15855

The Federated European Genome–Phenome Archive as a global network for sharing human genomics data

Authors: Teresa D’Altri, Mallory Ann Freeberg, Amy J. Curwin, Ana Alonso, Ana T. Freitas, Salvador Capella-Gutierrez, Luiz Gadelha, Anna Hagwall, Eivind Hovig, Giselle Kerry, Koray Kirli, Krzysztof Kochel, Oliver Kohlbacher, Jan O. Korbel, Jaakko Leinonen, Blazej Marciniak, Jorge S. Oliveira, Kjell Petersen, Mário J. Silva, Oliver Stegle, Alfonso Valencia, Johan Viklund, Roderic Guigo, Helen Parkinson, Arcadi Navarro, Jordi Rambla, Thomas M. Keane

Contributors: Barcelona Supercomputing Center

Source: UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Subject Terms: Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Pharmacogenomics, Personalized medicine

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40033058

Advances in Biomedical Missing Data Imputation: A Survey

Authors: Míriam Barrabés, Maria Perera, Víctor Novelle Moriano, Xavier Giró-I-Nieto, Daniel Mas Montserrat, Alexander G. Ioannidis

Source: UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
IEEE Access, Vol 13, Pp 16918-16932 (2025)

Subject Terms: Data-centric AI, Bioinformatics, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Intel·ligència artificial::Aprenentatge automàtic, imputation, Nearest neighbor methods, Health record, health record, Missing value, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Machine learning, genomics, Sequential analysis, Imputation, Mathematical models, Single-cell RNA sequence, Statistics, Data models, deep learning, Computational modeling, Multivariate regression, Biomedical data imputation, Deep learning, Genomics, Àrees temàtiques de la UPC::Enginyeria biomèdica, TK1-9971, data-centric AI, Electrical engineering. Electronics. Nuclear engineering, Medical imaging

File Description: application/pdf

Access URL: https://doaj.org/article/c68b363daf28407a96cde17b9a087d53

Patient stratification reveals the molecular basis of disease co-occurrences

Authors: Beatriz Urda-García, Jon Sánchez-Valle, Rosalba Lepore, Alfonso Valencia

Source: UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Subject Terms: Epidemiology, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Diseases, Comorbidity, Network medicine, Transcriptomics

File Description: application/pdf

Assessing the impact of interregional mobility on COVID19 spread in Spain using transfer entropy

Authors: Ponce De Leon, Miguel, Pontes, Camila, Arenas, Alex, Valencia, Alfonso

Source: UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Subject Terms: Human mobility, Transfer entropy, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Epidemic, Causal inference

File Description: application/pdf

Access URL: https://hdl.handle.net/2117/440699
https://doi.org/10.1038/s41598-025-17218-4

Optimizing drug design by merging generative AI with a physics-based active learning framework

Authors: Isaac Filella-Merce, Alexis Molina, Lucía Díaz, Marek Orzechowski, Yamina A. Berchiche, Yang Ming Zhu, Júlia Vilalta-Mor, Laura Malo, Ajay S. Yekkirala, Soumya Ray, Victor Guallar

Source: UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Subject Terms: Virtual screening, Generative models (GMs), Computational chemistry, Cheminformatics, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Machine learning, Àrees temàtiques de la UPC::Enginyeria química, Drug discovery and development, Drug design

File Description: application/pdf

Access URL: https://hdl.handle.net/2117/440567
https://doi.org/10.1038/s42004-025-01635-7

3D Decision Support Tool for Brain Tumour Surgery: The STRATUM Project: The STRATUM Project

Authors: Fabelo, Himar, Leon, Raquel, Torti, Emanuele, Marco, Santiago, Verbers, Max, Falevoz, Yann, Ramallo-Fariña, Yolanda, Weis, Christian, Wägner, Ana M, Juarez, Eduardo, Rial, Claudio, Lagares, Alfonso, Burström, Gustav, Leporati, Francesco, Marenzi, Elisa, Cervero, Teresa, Moreto, Miquel, Danese, Giovanni, Zinger, Sveta, Manni, Francesca, Alvarez-Male, Maria Luisa, Morera, Jesus, Clavo, Bernardino, Callico, Gustavo M., Consortium, Stratum

Contributors: NO DATA, No ID, WOS:Fabelo, H, WOS:Leon, R, WOS:Torti, E, WOS:Marco, S, WOS:Verbers, M, WOS:Falevoz, Y, WOS:Ramallo-Fariña, Y, WOS:Weis, C, WOS:Wägner, AM, WOS:Juarez, E, WOS:Rial, C, WOS:Lagares, A, WOS:Burström, G, WOS:Leporati, F, WOS:Marenzi, E, WOS:Cervero, T, WOS:Moreto, M, WOS:Danese, G, WOS:Zinger, S, WOS:Manni, F, WOS:Alvarez-Male, ML, WOS:Morera, J, WOS:Clavo, B, WOS:Callico, GM, BU-TEL

Source: Proceedings-2024 27th Euromicro Conference on Digital System Design, DSD 2024[EISSN ], p. 443-450, (Enero 2024)
accedaCRIS portal de investigación de la Universidad de las Palmas de Gran Canaria
instname
UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
2024 27th Euromicro Conference on Digital System Design (DSD)

Subject Terms: Artificial intelligence, 3314 Tecnología médica, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Intel·ligència artificial, Neurosurgery, Brain tumour, Brain Tumour, Multimodal Imaging, European Project, Brain tumor, High-Performance Computing, Artificial Intelligence, Multimodal imaging, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, European project, Point-of-care computing, High-performance computing, Point-Of-Care Computing

File Description: application/pdf

Access URL: http://hdl.handle.net/10553/135469

Profiling Bacteria in the Lungs of Patients with Severe Influenza Versus COVID-19 with or without Aspergillosis

Authors: Simon Feys, Martina Cardinali-Benigni, Hanne Moon Lauwers, Cato Jacobs, Annelies Stevaert, Samuel M. Gonçalves, Cristina Cunha, Yves Debaveye, Greet Hermans, Jannes Heylen, Stephanie Humblet-Baron, Katrien Lagrou, Lenn Maessen, Philippe Meersseman, Marijke Peetermans, Alvaro Redondo-Rios, Laura Seldeslachts, Marick R. Starick, Karin Thevissen, Greetje Vande Velde, Christophe Vandenbriele, Lore Vanderbeke, Alexander Wilmer, Lieve Naesens, Frank L. van de Veerdonk, Johan Van Weyenbergh, Toni Gabaldón, Joost Wauters, Agostinho Carvalho

Contributors: Universidade do Minho, Barcelona Supercomputing Center

Source: Am J Respir Crit Care Med
UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, 210, 10, pp. 1230-1242
American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine

Subject Terms: Male, Respiratory System, Immunology, microbiome, COVID-19 (Malaltia), immunology, COVID-19 (Disease), Critical Care Medicine, General & Internal Medicine, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, RNA, Ribosomal, 16S, Influenza, Human, Aspergillosis, Humans, aspergillosis, COHORT, Internal Medicine - Radboud University Medical Center, Lung, 11 Medical and Health Sciences, Retrospective Studies, Aged, Science & Technology, SARS-CoV-2, Coinfection, Microbiota, 3202 Clinical sciences, COVID-19, Original Articles, Middle Aged, Influenza, 3. Good health, Female, COINFECTION, Microbiome, Pulmonary Aspergillosis, influenza, 3201 Cardiovascular medicine and haematology, Life Sciences & Biomedicine, Bronchoalveolar Lavage Fluid

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38865563
https://hdl.handle.net/https://repository.ubn.ru.nl/handle/2066/313755
https://doi.org/10.1164/rccm.202401-0145OC
https://lirias.kuleuven.be/handle/20.500.12942/745039
https://doi.org/10.1164/rccm.202401-0145oc
https://repository.ubn.ru.nl//bitstream/handle/2066/313755/313755.pdf
https://hdl.handle.net/2066/313755
https://hdl.handle.net/2117/421042
https://doi.org/10.1164/rccm.202401-0145oc
https://hdl.handle.net/1822/96543

Decentralized databases in biomedical research: lessons from recent events: The recent shutdown of critical health databases by the US CDC is a wake-up call for the research community about the vulnerability of centralised databases

Authors: Valencia, Alfonso

Source: EMBO Rep
UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Subject Terms: Public health, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Disease Control and Prevention (CDC), Biological databases, Science & Society

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40102589

QUETZAL: Vector Acceleration Framework for Modern Genome Sequence Analysis Algorithms

Authors: Pavon, Julian, Vargas Valdivieso, Ivan, Rojas, Carlos, Hernandez, César, Aslan, Mehmet, Figueras, Roger, Yuan, Yichao, Lindegger, Joel, Alser, Mohammed, Moll, Francesc, Marco-Sola, Santiago, Ergin, Oguz, Talati, Nishil, Mutlu, Onur, UNSAL, OSMAN, Valero, Mateo, Cristal, Adrian

Source: UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
2024 ACM/IEEE 51st Annual International Symposium on Computer Architecture (ISCA)

Subject Terms: Flexible domain specific accelerator, Generation, Search, CPU microarchitecture, Genomics, Scratchpad memory, Blast, Vector architecture, Genome sequence analysis, Genòmica, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Arquitectura de computadors, Conjunts de dades, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Data sets, Vector acceleration framework

File Description: application/pdf

Access URL: https://hdl.handle.net/2117/414268
https://doi.org/10.1109/isca59077.2024.00050
https://hdl.handle.net/20.500.11851/11848
https://doi.org/10.1109/ISCA59077.2024.00050

Bridging Domains in Melanoma Diagnostics: Predicting BRAF Mutations and Sentinel Lymph Node Positivity with Attention-Based Models in Histological Images

Authors: Hernández Pérez, Carlos, Jiménez Martín, Lauren, Vilaplana Besler, Verónica

Source: UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Subject Terms: Predictive models, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Intel·ligència artificial::Aprenentatge automàtic, Pathology, Biological system modeling, Adaptation models, Analytical models, Melanoma, Supervised learning

File Description: application/pdf

Access URL: https://hdl.handle.net/2117/419471
https://doi.org/10.1109/cvprw63382.2024.00520

Geometric Diagrams of Genomes: constructing a visual grammar for 3D genomics

Authors: Molins Pitarch, Carla, Khao, Jonathan, Bonet, Santiago, Justicia, Yolanda, Altube, Clementina, Goodstadt, Mike, Ribot Puntí, Francesc, Aiden, Erez Lieberman, Neretti, Nicola, McGill, Gaël G., Martí Renom, Marc A.

Source: Genome Biol
UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
Genome Biology, Vol 26, Iss 1, Pp 1-13 (2025)

Subject Terms: Genòmica, Human genome, QH301-705.5, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Brief Report, Genetics, Three-dimensional imaging, Genomics, Biology (General), QH426-470, Genoma humà, Imatgeria tridimensional

File Description: application/pdf

Access URL: https://doaj.org/article/151006ce5c5046d0b855067fb8702bce

Systematic assessment of long-read RNA-seq methods for transcript identification and quantification

Authors: Francisco J. Pardo-Palacios, Dingjie Wang, Fairlie Reese, Mark Diekhans, Sílvia Carbonell-Sala, Brian Williams, Jane E. Loveland, Maite De María, Matthew S. Adams, Gabriela Balderrama-Gutierrez, Amit K. Behera, Jose M. Gonzalez Martinez, Toby Hunt, Julien Lagarde, Cindy E. Liang, Haoran Li, Marcus Jerryd Meade, David A. Moraga Amador, Andrey D. Prjibelski, Inanc Birol, Hamed Bostan, Ashley M. Brooks, Muhammed Hasan Çelik, Ying Chen, Mei R. M. Du, Colette Felton, Jonathan Göke, Saber Hafezqorani, Ralf Herwig, Hideya Kawaji, Joseph Lee, Jian-Liang Li, Matthias Lienhard, Alla Mikheenko, Dennis Mulligan, Ka Ming Nip, Mihaela Pertea, Matthew E. Ritchie, Andre D. Sim, Alison D. Tang, Yuk Kei Wan, Changqing Wang, Brandon Y. Wong, Chen Yang, If Barnes, Andrew E. Berry, Salvador Capella-Gutierrez, Alyssa Cousineau, Namrita Dhillon, Jose M. Fernandez-Gonzalez, Luis Ferrández-Peral, Natàlia Garcia-Reyero, Stefan Götz, Carles Hernández-Ferrer, Liudmyla Kondratova, Tianyuan Liu, Alessandra Martinez-Martin, Carlos Menor, Jorge Mestre-Tomás, Jonathan M. Mudge, Nedka G. Panayotova, Alejandro Paniagua, Dmitry Repchevsky, Xingjie Ren, Eric Rouchka, Brandon Saint-John, Enrique Sapena, Leon Sheynkman, Melissa Laird Smith, Marie-Marthe Suner, Hazuki Takahashi, Ingrid A. Youngworth, Piero Carninci, Nancy D. Denslow, Roderic Guigó, Margaret E. Hunter, Rene Maehr, Yin Shen, Hagen U. Tilgner, Barbara J. Wold, Christopher Vollmers, Adam Frankish, Kin Fai Au, Gloria M. Sheynkman, Ali Mortazavi, Ana Conesa, Angela N. Brooks

Contributors: Department of Computer Science, Algorithmic Bioinformatics, Barcelona Supercomputing Center

Source: Nat Methods
UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
Nature Methods, vol 21, iss 7

Subject Terms: 0301 basic medicine, Technology, RNA-Seq (mesh), 3102 Bioinformatics and Computational Biology (for-2020), 02 engineering and technology, 11 Medical and Health Sciences (for), Medical and Health Sciences, 3105 Genetics (for-2020), Mice, Simulació per ordinador, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, 31 Biological sciences (for-2020), Animals (mesh), RNA-Seq, Developmental Biology (science-metrix), Humans (mesh), Computer and information sciences, Generic health relevance (hrcs-hc), Mice (mesh), RNA sequencing, Biological Sciences, Gene expression profiling, 06 Biological Sciences (for), Sequence annotation, Registered Report, RNA (mesh), 10 Technology (for), Sequence Analysis, Biotechnology, 0206 medical engineering, Bioinformatics and Computational Biology, RNA sequence, Biotechnology (rcdc), 03 medical and health sciences, Supercomputadors, Molecular Sequence Annotation (mesh), Genetics, Humans, Animals, Biochemistry, cell and molecular biology, 31 Biological Sciences (for-2020), Genetics (rcdc), Sequence Analysis, RNA, Gene Expression Profiling, Human Genome, Molecular Sequence Annotation, Transcriptome (mesh), Human Genome (rcdc), Gene Expression Profiling (mesh), RNA, Generic health relevance, Transcriptome, Genomics and bioinformatics, Software, Developmental Biology

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38849569
http://hdl.handle.net/10138/577347
https://hdl.handle.net/2117/410550
https://doi.org/10.1038/s41592-024-02298-3
https://escholarship.org/uc/item/2hg7004n
https://escholarship.org/content/qt2hg7004n/qt2hg7004n.pdf

A multimodal approach using fundus images and text meta-data in a machine learning classifier with embeddings to predict years with self-reported diabetes – An exploratory analysis

Authors: Rodrigo M. Carrillo-Larco, Gusseppe Bravo-Rocca, Manuel Castillo-Cara, Xiaolin Xu, Antonio Bernabe-Ortiz

Contributors: e-Spacio UNED, Universitat Politècnica de Catalunya. Doctorat en Intel·ligència Artificial, Barcelona Supercomputing Center, Universitat Politècnica de Catalunya. CROMAI - Computing Resources Orchestration and Management for AI

Source: e-spacio. Repositorio Institucional de la UNED
Universidad Nacional de Educación a Distancia
e-spacio (DSpace). Repositorio Institucional de la UNED
instname
UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Subject Terms: Male, Adult, Artificial intelligence, Time Factors, Databases, Factual, Fundus Oculi, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Intel·ligència artificial::Aprenentatge automàtic, Machine Learning, 32 Ciencias Médicas, Predictive Value of Tests, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Image Interpretation, Computer-Assisted, Diabetes Mellitus, Humans, Data Mining, Non-communicable diseases, 10. No inequality, Aged, 2. Zero hunger, Diabetis, Diabetic Retinopathy, Diabetes, deep learning, Reproducibility of Results, Deep learning, Middle Aged, artificial intelligence, non-communicable diseases, 3. Good health, Female, Self Report, Brazil, Aprenentatge profund, 33 Ciencias Tecnológicas

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38616442
https://hdl.handle.net/20.500.14468/22199

Synthesis of All-Peptide-Based Rotaxane from a Proline-Containing Cyclic Peptide

Authors: Taichi Kurita, Masahiro Higashi, Joan Gimenez-Dejoz, Seiya Fujita, Hirotaka Uji, Hirofumi Sato, Keiji Numata

Contributors: Barcelona Supercomputing Center

Source: UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Subject Terms: Biodegradability, Rotaxanes, Proline, Microplastics, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Rotaxane cross-linkers, Molecular Dynamics Simulation, Peptides, Peptides, Cyclic

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38807574
https://hdl.handle.net/2117/424627

Drugst.One — a plug-and-play solution for online systems medicine and network-based drug repurposing

Authors: Andreas Maier, Michael Hartung, Mark Abovsky, Klaudia Adamowicz, Gary D Bader, Sylvie Baier, David B Blumenthal, Jing Chen, Maria L Elkjaer, Carlos Garcia-Hernandez, Mohamed Helmy, Markus Hoffmann, Igor Jurisica, Max Kotlyar, Olga Lazareva, Hagai Levi, Markus List, Sebastian Lobentanzer, Joseph Loscalzo, Noel Malod-Dognin, Quirin Manz, Julian Matschinske, Miles Mee, Mhaned Oubounyt, Chiara Pastrello, Alexander R Pico, Rudolf T Pillich, Julian M Poschenrieder, Dexter Pratt, Nataša Pržulj, Sepideh Sadegh, Julio Saez-Rodriguez, Suryadipto Sarkar, Gideon Shaked, Ron Shamir, Nico Trummer, Ugur Turhan, Rui-Sheng Wang, Olga Zolotareva, Jan Baumbach

Contributors: Barcelona Supercomputing Center

Source: Nucleic Acids Res
UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
Nucleic Acids Research

Subject Terms: Internet, Pharmaceutical treatment research, Bioinformatics, Computational systems, Systems Biology, Drug Repositioning, Computational Biology, 7. Clean energy, 3. Good health, Simulació per ordinador, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Computational systems medicine tools, Web Server Issue, Drug Discovery, Humans, Drugst.One, Software

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38783119
https://portal.findresearcher.sdu.dk/da/publications/7af2b4d8-0d21-48b9-9546-652bfe9a50d6
https://doi.org/10.1093/nar/gkae388
https://hdl.handle.net/2117/411056
https://doi.org/10.1093/nar/gkae388

Germline NPAT inactivating variants as cause of hereditary colorectal cancer

Authors: Mariona Terradas, Stephanie A. Schubert, Julen Viana-Errasti, Dina Ruano, Gemma Aiza, Maartje Nielsen, Paula Marciel, Carli M. Tops, Genís Parra, Hans Morreau, David Torrents, Monique E. van Leerdam, Gabriel Capellá, Noel F. C. C. de Miranda, Laura Valle, Tom van Wezel

Contributors: Barcelona Supercomputing Center

Source: UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Subject Terms: Adult, Male, Middle Aged, Colorectal cancer, Colorectal Neoplasms, Hereditary Nonpolyposis, Pedigree, 3. Good health, Loss of Function Mutation, Simulació per ordinador, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Humans, Female, Colorectal Neoplasms, Cancer genetics, Genomics and bioinformatics, Germ-Line Mutation, Aged

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38778081
https://hdl.handle.net/1887/3764674

Parallel Algorithm for Discovering and Comparing Three-Dimensional Proteins Patterns

Authors: Alejandro Valdés-Jiménez, Miguel Reyes-Parada, Gabriel Núñez-Vivanco, Daniel Jiménez-González

Contributors: Universitat Politècnica de Catalunya. Doctorat en Arquitectura de Computadors, Universitat Politècnica de Catalunya. Departament d'Arquitectura de Computadors, Universitat Politècnica de Catalunya. PM - Programming Models

Source: UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Subject Terms: Models, Molecular, Parallel and distributed programming, Protein Conformation, Proteins, Computational Biology, OpenMP, CUDA, Visualització tridimensional (Informàtica), Sequence Analysis, Protein, Proteïnes -- Estructura, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Proteins -- Structure, MPI, Three-dimensional display systems, Three-dimensional patterns discovering, Databases, Protein, Algorithms

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38408003

Cortical microinfarcts in adults with Down syndrome assessed with 3T‐MRI

Authors: Aranha, Mateus Rozalem, Montal, Victor, van den Brink, Hilde, Pegueroles, Jordi, Carmona-Iragui, Maria, Videla, Laura, Maure Blesa, Lucia, Benejam, Bessy, Arranz, Javier, Valldeneu, Sílvia, Barroeta, Isabel, Fernández, Susana, Ribas, Laia, Alcolea, Daniel, González-Ortiz, Sofía, Bargalló, Núria, Biessels, Geert Jan, Blesa, Rafael, Lleó, Alberto, Coutinho, Artur Martins, Leite, Cláudia Costa, Bejanin, Alexandre, Fortea, Juan

Contributors: Universitat Autònoma de Barcelona, Projectafdeling VCI, Neurologen, Brain, Circulatory Health, Barcelona Supercomputing Center

Source: Alzheimers Dement
Dipòsit Digital de Documents de la UAB
Universitat Autònoma de Barcelona
UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
Alzheimer's & Dementia

Subject Terms: Male, Adult, Epidemiology, Down syndrome, Síndrome de, Clinical Neurology, Neuroimaging, Cortical microinfarcts, Cellular and Molecular Neuroscience, Magnetic resonance imaging, Developmental Neuroscience, Alzheimer Disease, Risk Factors, cerebral microbleeds, Simulació per ordinador, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Journal Article, Prevalence, magnetic resonance imaging, Humans, Cerebral amyloid angiopathy, cerebral amyloid angiopathy, Research Articles, Aged, Cerebral Cortex, neuroimaging, Health Policy, cortical microinfarcts, Cerebral Infarction, Alzheimer's disease, Small vessel diseases, Middle Aged, small vessel diseases, Down, Síndrome de, Magnetic Resonance Imaging, Àrees temàtiques de la UPC::Ciències de la salut::Medicina::Neurologia, 3. Good health, Psychiatry and Mental health, Cerebral Amyloid Angiopathy, Down, Female, Geriatrics and Gerontology, Alzheimer disease, Down Syndrome, Cerebral microbleeds

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38644660
https://dspace.library.uu.nl/handle/1874/453580
https://hdl.handle.net/2117/408016
https://doi.org/10.1002/alz.13797

Frustraevo: a web server to localize and quantify the conservation of local energetic frustration in protein families

Authors: Parra, r. Gonzalo, Freiberger, Maria I, Poley Gil, Miriam, Fernandez Martin, Miguel, Radusky, Leandro G, Ruiz Serra, Victoria, Wolynes, Peter G, Ferreiro, Diego U, Valencia, Alfonso

Contributors: Barcelona Supercomputing Center

Source: Nucleic Acids Res
UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Subject Terms: Models, Molecular, 0301 basic medicine, Protein Folding, Internet, 0303 health sciences, Folded proteins, Protein Conformation, Protein, Proteins, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, Protein structure prediction, Simulació per ordinador, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Web Server Issue, Thermodynamics, Software, Principle of Minimal Frustration

File Description: application/pdf

Access URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38587198
https://hdl.handle.net/2117/413331
https://doi.org/10.1093/nar/gkae244